Місто відоме з 973 року, коли імператор Оттон II Рудий подарував територію в горах Лока єпископу Фрайзінгу. Через це поселення отримало назву Шкофя-Лока (словен.škof — єпископ). У середні віки поселення росло, займаючи територію навколо місця злиття річок Селешка Сора і Полянська Сора.
У 1274 році поселення отримало статус міста. На початку XIV століття була збудована міська стіна. У 1511 році місто було сильно пошкоджено землетрусом в Індрії.
У XVI—XVIII століттях в місто було збудовано велику кількість кам'яних будівель, більшість з яких збереглася, що принесло старому місту Шкофя-Локи славу найкращого із середньовічних міст Словенії, що збереглися.