Cây phát sinh chủng loài dưới đây chỉ ra mối quan hệ được nhiều tác giả công nhận đối với các đơn vị phân loại của động vật miệng thứ sinh. Chứng cứ bộ gen phát sinh chủng loài gợi ý về mối quan hệ họ hàng gần của họ Torquaratoridae với họ Ptychoderidae trong lớp Enteropneusta. Cây này dựa theo các dữ liệu trình tự 16S +18S rRNA và các nghiên cứu bộ gen phát sinh chủng loài từ nhiều nguồn.[3][4][5][6][7][8][9][10][11] Các dữ liệu niên đại gần đúng cho sự phân tỏa thành nhánh mới được cung cấp theo triệu năm trước (Ma).[12]
^Kapli, Paschalia; Natsidis, Paschalis; Leite, Daniel J.; Fursman, Maximilian; Jeffrie, Nadia; Rahman, Imran A.; Philippe, Hervé; Copley, Richard R.; Telford, Maximilian J. (ngày 19 tháng 3 năm 2021). "Lack of support for Deuterostomia prompts reinterpretation of the first Bilateria". Science Advances (bằng tiếng Anh). Quyển 7 số 12. tr. eabe2741. Bibcode:2021SciA....7.2741K. doi:10.1126/sciadv.abe2741. ISSN2375-2548. PMC7978419. PMID33741592.
^Philippe, Hervé; Poustka, Albert J.; Chiodin, Marta; Hoff, Katharina J.; Dessimoz, Christophe; Tomiczek, Bartlomiej; Schiffer, Philipp H.; Müller, Steven; Domman, Daryl; Horn, Matthias; Kuhl, Heiner (ngày 3 tháng 6 năm 2019). "Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria". Current Biology (bằng tiếng Anh). Quyển 29 số 11. tr. 1818–1826.e6. doi:10.1016/j.cub.2019.04.009. ISSN0960-9822. PMID31104936.
^Robertson, Helen E.; Lapraz, François; Egger, Bernhard; Telford, Maximilian J.; Schiffer, Philipp H. (ngày 12 tháng 5 năm 2017). "The mitochondrial genomes of the acoelomorph worms Paratomella rubra, Isodiametra pulchra and Archaphanostoma ylvae". Scientific Reports (bằng tiếng Anh). Quyển 7 số 1. tr. 1847. Bibcode:2017NatSR...7.1847R. doi:10.1038/s41598-017-01608-4. ISSN2045-2322. PMC5431833. PMID28500313.
^Philippe, Hervé; Brinkmann, Henner; Copley, Richard R.; Moroz, Leonid L.; Nakano, Hiroaki; Poustka, Albert J.; Wallberg, Andreas; Peterson, Kevin J.; Telford, Maximilian J. (ngày 10 tháng 2 năm 2011). "Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella". Nature (bằng tiếng Anh). Quyển 470 số 7333. tr. 255–258. Bibcode:2011Natur.470..255P. doi:10.1038/nature09676. ISSN0028-0836. PMC4025995. PMID21307940.
^Paschalia Kapli; Maximilian J. Telford (ngày 11 tháng 12 năm 2020). "Topology-dependent asymmetry in systematic errors affects phylogenetic placement of Ctenophora and Xenacoelomorpha". Science Advances. Quyển 6 số 50. tr. eabc5162. Bibcode:2020SciA....6.5162K. doi:10.1126/sciadv.abc5162. PMC7732190. PMID33310849.