| 雍正時期，皇后烏拉那拉氏為三阿哥弘時選福晉推薦但無果。四阿哥弘歷選福晉時欲為嫡福晉，但因皇后烏拉那拉氏一事受牽連而被禁足。後在弘歷積極勸說皇帝下同意做為側福晉（第1集）。
雍正駕崩後，弘歷登基為新帝，烏拉那拉氏為保青櫻而選擇服毒自盡，太后（鈕祜祿氏）暫留青櫻一命，以為其表姑母服喪禁足於王府潛邸三年（第3集）。
在排除皇帝與太后之間的隔閡後，太后免除禁足，下令青櫻入宮。一連串的前朝往事與鬥爭後，青櫻懇求太后賜與新名以斬斷過往，太后遂賜青櫻新名「如懿」，意為美好安靜，太后告誡世間完滿美好難求，有時候退而求其次便是滿足。然而最後一語成謔，如懿一生也未能如意。後妃嬪分封時冊為嫻妃，入住延禧宮（第4集）。
入宮前期為避人耳目而恩寵淡薄，後因皇后與慧貴妃陷害玫答應之事而備受誣陷，但在海蘭力證下還了清白（第9集），弘歷才意識到儘管假意冷落如懿還是會使其身為危害，故對她寵愛有加。為解皇帝心事而建議追封前朝妃嬪，包含皇帝生母李氏，既名正言順亦不頂狀太后，了卻皇帝心願（第10集）。
皇后厲行節儉裁，撤擷芳殿下人導致大阿哥永璜照顧不周，皇帝為找適合的養母從皇后、慧貴妃與如懿三人中給永璜自選，永璜選擇如懿作為自己的額娘，如懿成為永璜養母（第11集）。
玫貴人與儀貴人接連失子後，在嘉貴人的設計下遭皇后、慧貴妃聯手指使阿箬誣陷是如懿所為，皇帝為難下太后下旨降為貴人，幽禁延禧宮（第18集）。為求真相及保如懿周全，皇帝與太后商議將如懿貶為庶人打入冷宮，同時將大阿哥移去鍾粹宮，交由純妃扶養（第20集）。
冷宮時期，皇后、慧貴妃與阿箬為根除如懿（包含嘉貴人策謀），以毒蛇、放火等暗害如懿，但幸由凌雲徹相助脫困險境。父親意外過世，宮外卻送來紙錢與冥紙意圖陷害如懿詛咒太后，險被賜死。如懿察覺端倪偷天換日焚燒六字真言，意為祈福才算罷休。而此時吉太嬪突然跑出意圖刺殺太后，如懿捨身救下太后而獲賞識，並被告知以待來日（第25集）。江太醫把脈時意外從皇后贈送的手鐲中發現掉落的零凌香，長期配戴會使女子不孕，得知後看清皇后面目（第25集）。海蘭為救出冷宮而自服硃砂，證明謀害皇嗣的兇手另有其人。同時如懿為出冷宮自行服下砒霜，皇帝決定重新徹查往年之事，待康復後復位為嫻妃並遷居翊坤宮（第27集）。
而後將凌雲徹調離冷宮，提拔其成為坤寧宮侍衛。皇帝用硃砂計使玫貴人與儀貴人滑胎之事告白天下，阿箬遭到廢黜被皇上毒啞，交由如懿處置，在如懿與阿箬對質後施以貓刑，最終於冷宮上吊自盡（第29集），此時海蘭生下五阿哥永琪晉為愉嬪，又主動提出將五阿哥交給如懿撫養（第30集）。
慎嬪死後設計翊坤宮鬧鬼事件，加上太后加藥，使慧貴妃心神不寧、身體每況愈下，心虛而胡言亂語，致使皇帝知道了慧貴妃多年的所作所為。最後如懿在慧貴妃死前告知不孕真相及自己被皇上謀害越病越重的真相（第33集）。慧貴妃病逝後皇帝為了體面加封為皇貴妃並加封各妃嬪，如懿與純妃一同升為貴妃（第33集）。
在凌雲澈與衛嬿婉分手後，提醒他應為自己打算，提拔他為御前侍衛（第36集）。之後蒙古科爾沁部欲求娶大清嫡出公主，在適齡人選中如懿獻計將皇后生的皇三女璟瑟嫁去，留住太后的恆媞長公主，令太后誇讚（第38集）。
在皇后之子七阿哥早夭及遠嫁女兒之事痛不欲生，加重病情的情況下仍強忍病痛隨皇帝東巡，其中因計失足落水後中途崩逝後，如懿晉為皇貴妃，攝六宮事（第42集）。
嘉貴妃嫁禍如懿與南域聖地安吉大師私通而被禁足，貼身侍女惢心也被送入慎刑司受盡酷刑，直接導致喜歡惢心的李玉和江與彬恨上嘉貴妃（第44集）。海蘭得其暗示聯合李玉和凌雲徹借八寶手串洗刷冤屈，成功解圍（第45集）。後惢心在江與彬細心照料下身體慢慢恢復但也撂下腿疾，江與彬向皇上賜婚下，如懿送惢心出嫁（第46集）。
另外，大阿哥永璜被嘉嬪挑唆生母哲妃為孝賢皇后所害，在喪儀上態度漠然而被皇帝譴責無繼承大統之位（第41集），最終受驚而亡（第46集）。
如懿感嘆之餘也將永璜受嘉嬪挑撥之事與皇上坦白。皇帝感慨，認為自己的疑心也害了永璜。皇上對如懿說「自己身處萬人之上，無人之巅，所以自己常常深感孤單。」讓如懿來自己身邊，許如懿為皇后（第46集）。封后之後，皇帝顧忌朝鮮顏面及嘉嬪喪子之痛在次日復嘉嬪為嘉貴妃並給予穿耳之「賞」（第48集）。南巡出遊與皇帝一同在杭州微服私訪，享受了一日平凡夫妻的生活。
位居中宮時恪盡皇后職責，監管後宮勸諫皇帝，阻止皇帝在永壽宮與炩妃等五人飲鹿血酒顛鸞倒鳳時反被皇帝呵斥，並有了第一次動手，帝后關係出現裂痕。卻在此時意外發現有孕（第53集）。新人入宮友善以待，讓蒙古嬪妃對其心懷好感。母親進宮探望，為避免腹中嫡子被人加害而在孕期以誕下公主的種種產前現象為掩護，得以平安誕下十二阿哥（第54集）。
與皇帝同去木蘭圍場後，再度有孕，同時十阿哥卻因體弱夭折，舒妃絕望自焚。心傷早產生下有先天心症的五公主（第57集）。在炩妃的設計下，慶嬪借嘉貴妃賞賜的衣料之手給如懿的阿哥與五公主製成新衣，利用嘉貴妃養的狗「富貴兒」撲向十二阿哥，卻意外嚇死了患有心病的五公主，使如懿悲痛欲絕（第62集）。
後再次懷孕，嘉貴妃因爭奪太子之位失勢，多年罪行被拆穿，廢為庶人囚禁於自己宮中。在嘉貴妃死前如懿探望知曉嘉貴妃與素練勾結的真相（第64集）。
炩妃與田姥姥密謀在如懿懷孕時推拿使其胎位不正，而後接生十三阿哥時摀住其口而死，皇帝卻聽信天象諂言是如懿克死皇子而開始疏遠（第65集）。炩妃將此事嫁禍給愉妃，愉妃被皇帝關進慎刑司盤問最後也得清白。後聯合純貴妃與穎妃查到此事可能出自炩妃手筆，並使母女分離、褫奪封號與妃位（第68集）。
寒部提給公主寒香見入宮引起後宮大亂，三阿哥永璋心中不滿被皇帝呵斥病倒，純貴妃前去求情，反因皇帝疑其昔日弒后徹底失寵，在如懿和穎妃的一再規勸下皇帝才答應將純貴妃升為皇貴妃（第71集）。而後如懿探望皇貴妃，皇貴妃向如懿傾訴多年苦悶，遺憾而終（第72集）。
因皇上對寒氏的瘋迷而引發後宮眾嬪妃不滿，跪在皇后宮前乞求送寒香見出宮。後來在皇帝一再懇求下如懿親自勸寒香見侍寢，並因與寒香見性情相投結為好友（第72集）。奉太后之命如懿送絕育湯給寒香見被皇帝掌毆，並下令炩嬪復升為妃，命之協理六宮分走其權力，如懿對皇帝心灰意冷（第73集）。至此，炩妃讓帝后離心的裂痕撕裂的更大。由於心傷與皇帝漸漸疏遠，與皇帝頻繁發生口角，十二阿哥也被迫交由愉妃撫養，太后有意撮合也無濟於事。
東巡期間皇帝解禁豫妃陪駕木蘭圍場，不久十二阿哥被豫妃所派刺客所截，凌雲徹捨身保護而如懿心懷感激，卻讓皇帝看見凌雲徹與如懿抱在一起產生更大的疑心（第75集）。回宮後炩妃與豫妃開始散播謠言，雖然早察覺到凌雲徹喜歡自己但因心裡只有皇帝而屢屢對凌雲徹暗示死心卻無用，最終成了炩妃上位的利器。後期凌雲徹慘遭皇帝憤世嫉俗被施以淨身貶至翊坤宮當太監差。愉妃為幫其洗清嫌疑殺了凌雲徹，如懿得知後內疚不已（第79集）。此時如懿與皇帝已經恩情不再，也與炩妃正式不共戴天。
皇帝再次南巡時，炩貴妃聯合進忠召集了幾位歌姬，乾隆與以歌姬水玲瓏為首的幾人在西湖上夜夜笙歌，沿岸百姓議論紛紛。追查發現與炩貴妃有關，而後如懿怒登禦舟因勸阻皇帝不成一怒斷髮與皇帝徹底決裂，被皇帝先行送回京師並裁減宮人吃穿用度，更命收回寶冊，形同廢后（第81集）。幽禁翊坤宮一年後患上癆症，命不久矣。
永琪凸顯才華能力被封為親王，皇帝有意立儲，皇貴妃為防止如懿東山再起授意胡芸角暗害永琪得上附骨疽之症（第82集），而後更指使胡芸角殺害永琪，胡芸角深愛永琪因此沒能下手，但永琪因病以致薨逝，如懿趕去時永琪已死加之胡芸角臨死前誣陷如懿，使得皇帝更加指責如懿。此時皇貴妃又把如懿廢后之事傳於如懿母親那夫人，那夫人由於擔憂如懿當場氣鬱身亡，如懿間接得知後在佛像前沉默不語（第83集）。
因永琪及母親之事如懿決定反擊，借眾人之力設局，成功讓皇貴妃招認所有罪行，並讓皇貴妃給她害死的每個人的經幡磕頭認罪（第86集）。
皇帝怒氣大動讓皇貴妃從此生不如死，心中愧疚難當請求與如懿重修舊好，但此時如懿已看破男女之愛「蘭因絮果」。與容珮在庭院中討論宮中舊事，在容珮的陪伴中安詳離世，獨留給與永璂的絕筆信與皇帝贈與的綠梅（第87集）。
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