Základní část se hrála od září do února, kdy se všechny týmy utkaly každý s každým celkem čtyřikrát. Poté následovalo play-off. Nejprve se hrálo předkolo play-off, ve kterém se utkaly sedmý s desátým a osmý s devátým umístěným klubem v tabulce po základní části. Předkolo play off se hrálo na 3 vítězné zápasy. Poté následovalo klasické play-off, kdy hrál první s osmým, druhý se sedmým, třetí s šestým a čtvrtý s pátým. Od čtvrtfinále se hrálo na 4 vítězné zápasy. Čtyři vítězné týmy ze čtvrtfinále postoupily do semifinále. Vítězní semifinalisté do finále. Vítěz finále se stává Mistrem extraligy, konečné druhé až desáté místo je určeno úspěšností týmů v play-off.
Jedenáctý až čtrnáctý tým tabulky po základní části hráli play-out skupinu o udržení, ve které se každý s každým utkal čtyřikrát, přičemž se započítávaly všechny body ze základní části. Tým, který skončil ve skupině o udržení poslední, hrál baráž o udržení v extralize s vítězem 1. ligy. Tato baráž se hrála na čtyři vítězná utkání.
Při utkání 7. kola Litvínov–Plzeň se v 34. minutě sudí Radek Husička srazil s plzeňským Michalem Dvořákem. Sudí Husička byl s podezřením na zlomená žebra odvezen do mostecké nemocnice. Povinnosti Hlavního rozhodčího převzali čaroví rozhodčí Lukáš Bejček a Rudolf Tošenovjan.
Při utkání 38. kola Litvínov–Pardubice v 6. minutě neúmyslně trefil litvínovský útočník Kubinčák kotoučem hlavního arbitra Milana Mináře, který dočasně odstoupil. Během ošetřování převzali povinnosti hlavního arbitra čároví rozhodčí Milan Kis a Alexander Pavlovič. Od 16. minuty opět řídil utkání hlavní Minář, ale v 35. minutě definitivně odstoupil. Jeho povinnosti převzal čárový rozhodčí Pavlovič. Od 3. třetiny řídil utkání na čáře s Milanem Kisem narychlo povolaný Miroslav Petružálek ml.
Hlavní
Všichni
Martin Fraňo
Pavel Hodek
Martin Homola
René Hradil
Jan Hribik
Radek Husička
Antonín Jeřábek
Jaroslav Kubeš
Pavel Mikula
Milan Minář
Vladimír Pešina
Roman Polák
Roman Svoboda
Vladimír Šindler
Robin Šír
Tomáš Turčan
Jaromír Vampola (do 45. kola)
Čároví
Všichni
Miloš Bádal – Roman Pouzar
Stanislav Barvíř – Petr Blümel
Jaromír Bláha – Evžen Kostka
Jaromír Bryška – Luboš Chytil
Lukáš Bejček – Jakub Kabourek
Michal Čech – Pavel Dřínovský
Jan Čížek – Radim Prchal
Jiří Gebauer – Vít Lederer
Václav Guth – Radovan Křivský
Marek Hlavatý – Rudolf Tošenovjan
Milan Kis – Alexander Pavlovič
Martin Kreuzer – David Polonyi
Miroslav Lhotský – Jiří Svoboda
Tomáš Pešek – David Jelínek
Mezinárodní rozhodčí v Extralize
Hlavní
Jari Levonen
Alexej Ravodin
Jozef Kubuš
Pehr Claesson
Daniel Stricker
Čároví
Do sezóny 2008/09 nenastoupil žádný mezinárodní čárový rozhodčí.