13명의 지니어스 등장, 12회전을 통해 최종 1인의 승자가 탄생한다. 매 회마다 우승자를 가리는 메인매치와 탈락자를 가리는 데스매치로 진행되며 데스매치를 통해 매 라운드마다 1명이 탈락한다.
메인매치
모든 플레이어가 참여, 메인매치를 통해 우승자와 탈락후보를 가린다.
공동 우승자는 인정되나, 탈락후보는 1명이어야 한다. 최하위가 여러 명일 경우, 우승자(들)가 최하위자 중 한명을 탈락후보로 지목한다
우승자(들)에게는 ‘생명의 징표’가 주어지며 이것으로 데스매치에서 면제될 수 있다. 만약 단독 우승일 경우 10회전 메인매치 '체인 옥션'과 11회전 메인매치 '의심 윷놀이'를 제외한 나머지 메인매치에서 생명의 징표를 2개 얻는다. 이때, 우승자는 생명의 징표 한 개를 양도할 수 있다.
획득한 ‘생명의 징표’는 해당 라운드에서만 사용할 수 있다.
탈락후보는 ‘생명의 징표’를 가진 플레이어들을 제외한 참가자들 중에서 자신과 데스매치를 할 한 명을 지목한다.
폭력이나 절도는 허용되지 않으며, 이를 어기는 플레이어는 메인매치 결과와 상관없이 최하위자가 된다.
데스매치
메인매치의 탈락후보와, 탈락후보가 지목한 1인이 벌이는 1:1게임
이 게임에서 패배한 플레이어는 ‘지니어스 게임’에서 탈락하게 되고, 승리한 플레이어는 생존하여 다음 라운드에 진출하고 블랙가넷을 지급받는다.
매회 오프닝에 데스매치가 적힌 봉투는 모두가 볼 수 있는 장소에 봉인되며 메인매치 이후, 데스매치 진출자가 결정되면 공개된다.
탈락후보가 결정되면, 탈락후보 2명의 가넷은 주최측에 보관한다.
탈락자의 가넷은 소멸되며, 데스매치에서 승리한 플레이어는 자신의 가넷을 돌려받고, 블랙가넷 1개를 추가로 획득한다.
가넷
가넷은 게임 안에서 사용되는 화폐로 참가비, 우승상금 등으로 플레이어들에게 지급된다.
가넷은 1개당 100만원의 가치로 환산된다.
12라운드까지 살아남은 최후의 1인은 가넷을 현금으로 바꿔 상금을 가져가게 된다.
블랙 가넷
매회 데스매치에서 승리한 플레이어에게 1개씩 주어진다. 또한 메인매치 룰에 한하여 받을 수도 있다.
블랙가넷 3개를 사용하면 자신이 탈락후보가 됐을 때 블랙미션에 도전할 수 있다.
블랙가넷은 9회전까지만 사용,양도,교환이 가능하고 10회전에 가넷 2개로 환전된다.
블랙가넷은 시즌 3인 더 지니어스 :블랙가넷 시즌에서만 사용된 아이템이다.
블랙 미션
플레이어는 수리, 기억, 관찰의 3개의 미션 중 하나를 선택해 확인한 뒤, 해당 미션에 도전한다. (선택 전까지 구체적인 미션의 내용은 공개되지 않는다.)
블랙미션에 성공했을 경우, 생명의 징표가 없는 플레이어 중 자신을 대신해 데스매치에 나갈 상대를 지목한다.