작품의 무대가 되는 곳은 교토부, 마이즈루시 이므로 , 교토 부경에서 아야노코지 후미마루이 등장하고 , 또한 오사카 부경에서 핫토리 헤이조 (하평무 청장), 토야마 긴시로 (서원상 반장), 오오타키 고로 (김대용 반장)가 등장한다 .
대한민국과 미국과 중국의 경우 이 극장판에서 일본 문화와 관련된 내용과 일제 전범기를 사용하는 해상자위대의 해군기인 욱일기가 포함되어 있고 이번 시리즈는 해군과 이지스함을 대상으로 나와 일본의 군국주의를 미화할 가능성이 높아 대한민국 국민 정서상 이를 대신하여 극장판 9기 - 수평선상의 음모편이 대체 상영되었으며 미국과 중국도 17기랑 마찬가지로 개봉되지 않았다.
아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다. 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다. 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란 (유미란), 코고로 (유명한), 그리고 소년 탐정단 (어린이 탐정단). 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다. 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다. 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .
