2009년4월 17일, 제대후 플레잉코치 자격으로 원소속팀 CJ 엔투스에 복귀하였다. 개인리그 예선에 출전하는 등 선수로서의 활동도 계속 하였다.
2010년6월 23일, 플레잉 코치 이재훈이 후진 육성에 전념하기 위해 선수 은퇴를 결정한후, 신한은행 프로리그 09-10 5라운드 4주차 5경기 1세트 화승 오즈의 이제동과의 경기(패)를 끝으로 프로게이머 생활을 마무리했다.
같은날 경기장에서 은퇴식을 치뤘고 이후 CJ 엔투스의 코치로 승격되었다.
스페셜 포스2 종목을 맡았으며 이후 스페셜 포스 프로리그가 폐지된 2012년부터 2014년까지 팀의 리그 오브 레전드 종목 코치를 맡고 있다.
방송경기와의 악연
이재훈은 초창기 정상급 프로토스 유저이자 대테란전 최강자중 하나로 인정받아 왔지만, 데뷔 초부터 유독 방송경기와는 인연이 없었으며, 여러 '명경기의 희생자'가 되기도 했다.
2001년 3번의 스타리그 예선에서 모두 최종예선까지 진출한 후 탈락.
2002 KPGA 2차리그 8강 대이윤열전 '50게이트 사건' - River of Flame 맵에서의 경기. 이재훈은 앞마당만 먹은 이윤열을 상대로 거의 전멀티를 다 가져가며 전 맵에 게이트웨이를 무려 50여개나 짓는 등 압도적으로 유리했으나 타이밍을 노린 이윤열의 괴력에 점점 밀리며 결국 역전패를 당하고 말았다.
2003 올림푸스 스타리그 16강 대임요환전 - 토스전에 약한 것으로 알려진 임요환을 이기면 숙원이던 스타리그 8강 진출을 달성할 수 있는 상황, 토스에게 유리한 것으로 알려진 맵 기요틴에서 시작위치도 대각선이 걸리는 등 모든 상황이 이재훈에게 웃어주었지만 타이밍을 노린 바카닉 한방러쉬에 그대로 밀리며 패배, 탈락하고 말았다. 이 경기에서 전용준 캐스터의 신들린 듯한 중계[2] 또한 오랫동안 화제가 되었다.
WCG 2005에서 우승할 수 있었던 것도 '공식리그 방송이 아니었기 때문'이라는 평가가 있다.
원래는 랜덤유저로서, GO팀(현 CJ엔투스) 시절에는 모든 종족으로 팀원들의 연습을 도왔다고 한다.
DC 인사이드 스타크래프트 갤러리에서는 파파곰이라는 별명으로 불리고 있다. 이에서 변형되어 퐈퐈곰, 팦파곰 등으로 불리곤 한다. 이는 슈마GO시절의 소속선수 곰 세마리(아빠곰 이재훈, 둘째곰 전상욱(이후 이적에 따라 '가출곰'으로 바뀜), 아기곰 마재윤) 이야기에서 기인한다.
한량토스라는 별명은 확실히 승기를 잡았음에도 몰아치지 않고 안전한 플레이만을 계속한다 하여 붙여진 별명이나, 그의 너그럽고 한량해 보이는 외모에도 그 이유가 있다.
