Родился в крестьянской семье. В 1936 году поступил на Высшие музейные курсы Наркомпроса РСФСР. В 1938 году был призван в ряды РККА и до 1947 года служил на Тихоокеанском флоте. В 1944 году вступил в члены КПСС.
В 1951 году защитил кандидатскую диссертацию «Юго-восточная граница расселения раннеславянских племен» и был принят на работу в Институт истории материальной культуры АН СССР (с 1959 года — Институт археологии) на должность научного сотрудника, позднее — старший научный сотрудник. В 1965 году защитил докторскую диссертацию «Древнее Полесье».
В последний период жизни, будучи уже тяжело больным сердечником, подвергался преследованиям, организованным директором Института археологии академиком Б. А. Рыбаковым из-за своих оригинальных исследований и несогласия поддерживать фальсифицированные научные выводы[источник не указан 1819 дней]. Эти потрясения закончились преждевременной смертью Кухаренко 6 января 1980 года. По утверждению А. Л. Хорошкевич, Рыбаков, не соглашавшийся с тезисом о сравнительно поздней миграции славян с запада, так накричал на Кухаренко, что тот скончался от инфаркта[2].
Научная деятельность
Исследовал археологические памятники железного века на территории Украинского Поднепровья и, в основном, Припятского Полесья. Открыл и раскопал ставшие классическими могильники зарубинецкой культуры (Велемичи I и II, Воронино, Отвержичи). Им было изучено широко известное раннеславянское городище Хотомель VI—X веков.
Ю. В. Кухаренко составил первую сводку латенских вещей на территории Восточной Европы. Им была заложена основа современного понимания пражской культуры как отражения единой собственно славянской культуры V—VII веков.
Основные работы
Книги
Средневековые памятники Полесья. — М.: Изд-во АН СССР, 1961. — 40 с. — (Свод археологических источников. — Вып. Е1-57).
Раскопки у с. Сахновки // Славяне накануне образования Киевской Руси. — М.: Изд-во АН СССР, 1963. — С. 243—250. — (Материалы и исследования по археологии СССР. — № 108).
