Первоначально с 1776 года переулок назывался Большая Полковая улица, по находящемуся в проезде полковому двору Морского ведомства. С 1821 года существовали названия Рыношный переулок, Рыночный переулок, 1-й Рыночный переулок, по находящемуся в начале переулка Никольскому рынку. Параллельно с 1870 года появляется название Никольский переулок[1].
До 1950-х гг. в продолжение переулка существовал мост через Фонтанку[2][3][4], по нему ходил 6-й трамвай[5][6][7], однако в 1957 году было принято решение о разборке моста[8][9].
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Ленинграда. — 3-е изд., испр. и доп. — Л.: Лениздат, 1985. — С. 251—252. — 511 с.
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 82. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.
Зодчие Санкт-Петербурга. XIX — начало XX века / сост. В. Г. Исаченко; ред. Ю. Артемьева, С. Прохватилова. — СПб.: Лениздат, 1998. — 1070 с. — ISBN 5-289-01586-8.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 5-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 2002. — 353 с. — ISBN 5-7711-0019-6.