Родился во Владимире в семье священника. Семи лет он был отдан учиться священным книгам и, как скоро навык в Божественном Писании, начал проявлять усердие к храму Божию.
Устраивая обитель, преподобный Пахомий желал уединения и вскоре удалился в пустынное место близ Нерехты, где построил Троицкий храм и в глубокой старости скончался 23 марта 1384 года.
Мощи
6 мая 1675 года мощи преподобного Пахомия были обретены нетленными, но оставлены под спудом. Благодаря многочисленным чудотворениям почитание святого быстро распространяется в округе. В Троицком соборе в его имя устраивается придел и каменная гробница над мощами.
17 февраля 1993 года администрация Костромской области передала корпуса бывшего Пахомиева монастыря Костромской епархии. В настоящее время Троицкий храм полностью восстановлен и благоукрашен, а в монастыре дополнительно построены новый сестринский корпус и богадельня. Мощи преподобного Пахомия являются одной из важнейших святынь обновлённого монастыря и привлекают многочисленных паломников.
Житейския молвы, преподобне,/ отвергся и, яко птица, обрет в пустыни безмолвие,/ и в ней водворився составил еси обитель Пресвятыя Троицы,/ в молитвах же и трудех прилежа Богови,/ процвел еси яко финикс,/ быв образ утешения духовнаго,/ преподобне отче Пахомие,/ моли Пресвятую Троицу спастися душам нашим.
В пустыни безмолвствуя,/ единствующу тя, Богоносе, взыскующу ти Господа,/ Богу же тебе не оставльшу единому быти в пустыни,/ и Того повелением снидошася к тебе неколико братии,/ с нимиже ти молящуся Господеви,/ Троице пречестен храм воздвиже,/ в немже предстояще, преподобне Пахомие,/ молися о спасении душ наших.
Дмитриев Л. А.Житие Пахомия Нерехтского // Словарь книжников и книжности Древней Руси. Вып. 1 (XI — первая половина XIV в.) / АН СССР. ИРЛИ; Отв. ред. Д. С. Лихачев. — Л.: Наука, 1987. — 493 с. — С. 320—321
Преподобный Пахомий Нерехтский и его обитель. К 325-летию всероссийского прославления в лике святых (1675—2000 гг.). — Кострома, 2000. — 60 с.
Жития русских святых. — М.: Изд-во «Сибирская благозвонница», 2008. — Т. 1. — С. 100—105. — ISBN 978-5-91362-096-5.
Бардовская У. К., Макшакова Т. А. Отголоски культа Пахомия Нерехтского в культурно-языковом сознании жителей Нерехтского района Костромской области // Живая старина. — 2020. — № 2 (106). — С. 18-21.