Во время Великой Отечественной войны здание станции сильно пострадало в ходе боёв летом 1943 года. Станция оказалась на переднем крае боёв в июле 1943 года.
На станции есть две низкие платформы: одна островная и боковая. Современное здание вокзала двухэтажное (в центре трёхэтажное), каменное, построено в конце 1940-х — начале 1950-х годов, сейчас светло-серого цвета. Внутри памятные залы, украшенные в честь победы на Курской дуге в 1943 году, в том числе портреты военных, участвовавших в боях в районе станции Поныри. На фасаде станции установлены мемориальные доски в честь войск Центрального фронта под командованием генерала К. К. Рокоссовского и в честь самого генерала.[3]
Через станцию проходит значительное количество поездов дальнего следования, но бо́льшая их часть не останавливается на станции, либо делает техническую остановку (без посадки/высадки пассажиров)
Поезда дальнего следования, делающие остановку на станции Поныри, приведены в списке ниже: