Деревни Верхняя Колония и Средняя Колония известны с 1810 года, как поселения немецких колонистов, приглашённых Александром I для поднятия сельского хозяйства в пригородной зоне Санкт-Петербурга[2].
На «Топографической карте окрестностей Санкт-Петербурга» Военно-топографического депо Главного штаба 1817 года упомянуто селение под названием Колонисты и при нём кирпичный завод[3].
СТРЕЛИНСКАЯ — колония принадлежит ведомству Хозяйственного департамента Министерства внутренних дел, число жителей по ревизии: 131 м. п., 132 ж. п. В оной:
а) Деревянная церковь лютеранская во имя Святых Петра и Павла.
б) Сельское училище, помещённое в деревянном строении[5] (1838 год)
Стрелинская колония отмечена на карте профессора С. С. Куторги 1852 года[6].
Согласно «Топографической карте частей Санкт-Петербургской и Выборгской губерний» в 1860 году Стрелинская колония насчитывала 40 крестьянских дворов, а Новая Стрелинская колония — 12[8].
СТРЕЛИНСКАЯ — немецкая колония (делится на две части НЕЙДОРФ и НЕЙГАУЗЕН) при речке Стрелке, число дворов — 28, число жителей: 232 м. п., 206 ж. п.
Церковь лютеранская. Училище[9]. (1862 год)
В 1885 году Новая Стрелинская колония насчитывала 40 дворов[10].
В конце XIX века колония входила в состав Константиновской волости 1-го станаПетергофского уезда Санкт-Петербургской губернии, в начале XX века — 2-го стана.
К 1913 году количество дворов в Стрелинской колонии увеличилось до 130[11].
С 1917 по 1919 год деревня Средняя Колония входила в состав Стрельнинской волости Петергофского уезда.
С 1919 года в составе Заводского сельсовета Стрельно-Шунгоровской волости.
Согласно топографической карте РККА 1939 года к северу от Средней Колонии, на берегу реки Стрелки, находилась силосная башня. С 1 августа 1941 года по 31 декабря 1943 года колония находилась в оккупации.
С 1955 года в составе Ломоносовского района.
С 1963 года в составе Гатчинского района.
С 1965 года вновь в составе Ломоносовского района[12].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня называлась Средняя Колония и также входила в состав Заводского сельсовета[14][15][16].
В 1997 году в деревне Средняя Колония Заводской волости проживали 50 человек, в 2002 году — 83 человека (русские — 88 %)[17][18].
В 2007 году в деревне Средняя Колония Горбунковского СП проживали 57 человек, в 2010 году — 94, в 2012 году — 65 человек[19][20][21].
↑«Топографическая карта окружности Санкт-Петербурга» на 16 листах в масштабе 1 в. в 1 дм или 1 : 42 000, Военно-топографическое депо Главного штаба, 1817 г.