Команда была основана в 1990 году первым президентом ЦСКАВиктором Мурашко[3], как филиал ФК ЦСКА[4], но из-за нехватки средств клуб просуществовал недолго. В 1991 году команда ЦСКА провела первые международные матчи с командами «Монако[фр.]» (2:1), «Людвигсбург[нем.]» (4:1) и «Акрополис» (3:1)[3]. На высшем уровне в чемпионате России играл в 1992—1993 годах. Высшее достижение — девятое место в 1993 году.
Вторая попытка создания ЦСКА была в 2014 году[5]. Команда взяла старт в первом дивизионе и заняла 7-е место среди восьми участников зоны «Запад».
В 2015 году, после распада «Зоркого», на вакантное место в высшем дивизионе стала претендовать «Россиянка», решившая заявить в элиту команду, составленную из игроков дублирующего состава и «УОР-Россиянки». Так как две «Россиянки» в одном дивизионе руководство чемпионата не допустило, клуб подал заявку как ЦСКА[6]. В 2016 году женский футбольный клуб ЦСКА был восстановлен. Первый матч возрождённая команда провела 29 апреля 2016 года против «Чертаново» (1:1)[7].
13 июля 2017 года женская команда ЦСКА вошла в структуру ПФК ЦСКА[8]. 24 сентября того же года на стадионе «Электрон» в Великом Новгороде ЦСКА с минимальным счётом обыграл «Чертаново» в финальном матче Кубка России и завоевал первый трофей в своей истории[9]. 16 марта 2018 года команда провела первый международный матч с белорусским клубом «Минск» (1:2)[10][11].
Наивысшим достижением команды является двукратное чемпионство в Чемпионатах 2019 и 2020 гг. В последующие четыре сезона 2021, 2022, 2023 и 2024 гг. команде удалось добиться лишь 2-го места в Чемпионате. Также, в 2022 и 2023 годах был снова завоеван Кубок России. ЦСКА участвовал в первых 4-х Суперкубках России, при этом выиграла его впервые только в 2024 году.
8:0 — самая крупная победа клуба в Чемпионате («Рубин» — ЦСКА, 22 апреля 2023 и «Рязань-ВДВ» — ЦСКА, 18 ноября 2023)
11:0 — самая крупная победа клуба в Кубке («Академия футбола» — ЦСКА, 20 июня 2019)
1:0 — самая крупная победа клуба в Суперкубке (ЦСКА — «Зенит», 8 июня 2024)
4:1 — самая крупная победа клуба в Лиге Чемпионов (ЦСКА — «Суонси», 18 августа 2021)
2:0 — самая крупная победа клуба в Первом дивизионе (ЦСКА — «Истра», 1 июня 2014)
Самые крупные поражения:
0:7 — самое крупное поражение клуба в Чемпионате (ЦСКА-Новая Инициатива — «Текстильщик», ?.?.1992)
1:4 — самое крупное поражение клуба в Кубке (ЦСКА — «Россиянка», 28 августа 2016)
1:2 — самое крупное поражение клуба в Суперкубке («Локомотив» — ЦСКА, 18 июня 2022), 0:1 («Локомотив» — ЦСКА, 8 марта 2021)
1:2 — самое крупное поражение клуба в Лиге Чемпионов («Аполлон» — ЦСКА, 21 августа 2021), 0:1 («Санкт-Пёльтен» — ЦСКА, 19 ноября 2020)
0:7 — самое крупное поражение клуба в Первом дивизионе («Торпедо» (Москва) — ЦСКА, 27 августа 2014)
Беспроигрышные серии:
в чемпионатах России (2018—2019): началась в матче «Торпедо»—ЦСКА (счёт 0:2, 29.09.2018) и завершилась в матче ЦСКА—«Енисей» (счёт 2:0, 16.11.2019) и составляет 22 матча (20 побед и 2 ничьих);
в официальных матчах (2018—2019) (ЧР, КР и СКР): началась в матче «Торпедо»—ЦСКА (счёт 0:2, 29.09.2018) и завершилась в матче ЦСКА—«Чертаново» (счёт 2:0, 17.09.2019) и составляет 22 матча (20 побед и 2 ничьих).
Личные (с 2016 года)
1-й гол клуба в высшем дивизионе забила Эльвира Тодуа (ЦСКА — «Чертаново», 29 апреля 2016)[12]
наибольшее количество игр за клуб — Габриэль Онгене (184 матча (151 в Чемпионате + 25 в Кубке + 4 в Суперкубке + 4 в Еврокубках) — на момент окончания сезона 2024)
лучший бомбардир команды — Габриэль Онгене (62 мяча (59 в Чемпионате + 3 в Кубке) — на момент окончания сезона 2024)
↑ 123В сезонах 1989—1994 очки начислялись таким образом: 2 очка за победу, 1 за ничью и 0 за поражение
↑после сезона 1993 ЦСКА в связи с финансовыми трудностями прекратил существование в межсезонье
↑ 12в сезонах 2022—2023 итоговое количество очков определялось по сумме 50% очков, набранных в матчах Предварительного этапа и 100% очков, набранных в матчах Заключительного этапа. В случае, если при делении очков получалось не целое число, очки округлялись до целого числа в меньшую сторону
Кубок России
По состоянию на 5 октября 2024 года
без учёта мячей забитых в сериях послематчевых пенальти
Первая молодёжная команда ЦСКА была создана на базе самарской спортшколы ЦСК ВВС в 2017 году, и в первом же сезоне заняла 2 место во Втором дивизионе 2017[59][60]. В 2018 году команда заняла 2 место в зоне «Волга» Второго дивизиона 2018[61]. В 2019 году молодёжная команда выступала под названием «СКА-СШОР по ИВС Московской области» и представляла город Красноармейск в чемпионате Московской области[62] (отборочный этап Первенства России среди женских команд Второго дивизиона, зона "Московская область"), где команда заняла второе место, а в финале последнего розыгрыша Второго дивизиона (2019) команда заняла 5 место[63].
Сезон 2020 года стал по-настоящему первым в истории клуба для молодёжной команды ЦСКА[64]. В розыгрыше Первой лиги 2020 команда ЦСКА-2 заняла 7-е место в зоне «Центр»[65].
С 2021 года молодёжная команда ЦСКА-М играет в Молодёжной лиге и в сезонах 2021 и 2023 становилась Чемпионом лиги.
12:0 — самая крупная победа клуба в Молодёжном первенстве (в матчах «Енисей-м»—ЦСКА-м, 7 июля 2023, ЦСКА-м—«Енисей-м», 29 июля 2023)
Самые крупные поражения:
1:3 — самое крупное поражение клуба в Молодёжном первенстве (в матче «Ростов-м»—ЦСКА-м, 27 августа 2022), 0:2 (в матчах ЦСКА-м—«Зенит-м», 5 июня 2021, «Локомотив-м»—ЦСКА-м, 16 октября 2022, «Зенит-м»—ЦСКА-м, 18 августа 2024, «Краснодар-м»—ЦСКА-м, 13 октября 2024)
Личные достижения
лучший бомбардир команды (молодёжное первенство) — Анастасия Самсонюк (32 мяча — на момент окончания сезона 2024)
↑в сезоне 2023 (Заключительный этап) статистика дана по фактически сыгранным матчам — в комментариях даны показатели, учитывавшие в официальной статистике результаты матчей с командами Предварительного этапа, которые также вышли в Заключительный этап за 1-8 места из группы А (Локомотив-м, Рубин-м, Енисей-м)
↑в сезоне 2024 (Заключительный этап) статистика дана по фактически сыгранным матчам — в комментариях даны показатели, учитывавшие в официальной статистике результаты матчей с командой Предварительного этапа, которая также вышла в Заключительный этап за 1-10 места из группы Г (Ростов-м)