Бакајоко је фудбалски стасавао у академији Црвене звезде из родног Париза, после чега је 2014. године приступио Интеру.[6] У сезони 2015/16. био је део екипе која је освојила Куп Италије за омладинце,[7] док је по окончању наредне сезоне освојио и Скудето у том узрасту.[8] Свој дебитантски наступ у сениорском фудбалу забележио 8. децембра 2016. године на последњој утакмици Групе К Лиге Европе за такмичарску 2016/17.[9] Тада је на терену заменио Андреу Пинамонтија и одиграо последњих 10 минута сусрета са Спартом из Прага.[10]
У јулу 2017. године, уступљен је француском друголигашуСошоу на једногодишњи период.[1][11] Наредног лета је отишао на нову позајмицу поставши члан Санкт Галена пред почетак такмичарске 2018/19.[12][13] После прве сезоне у којој је имао задовољавајући учинак, договорена је нова позајмица са правом откупа 2020. године за 4 милиона евра. Поред крилних позиција где је најпре наступао, Бакајоко је на појединим утакмицама играо на месту десног спољног.[5][14][15] Услед проблема са повредама и слабије форме у односу на претходну сезону, откуп није реализован.[16]
Дана 22. децембра 2020. године, Бакајоко је потписао уговор са београдском Црвеном звездом на три и по године.[2] Према писању медија, клубу је приступио као слободан играч уз договор да Интеру припада 15 процената од будућег трансфера. Истовремено је објављено да је припадајућа зарада играча 12 хиљада евра на месечном нивоу.[17] У свом новом клубу задужио је дрес са бројем 7.[18] У јулу 2022. је раскинуо уговор са Црвеном звездом.[19]
^ аб„Accord pour le prêt d'Axel Bakayoko” [Споразум о уступању Аксела Бакајока]. ФК Сошо, званична презентација (на језику: француски). 10. 7. 2017. Архивирано из оригинала 09. 11. 2020. г. Приступљено 22. 12. 2020.
^ абв„Аксел Бакајоко у Звезди”. ФК Црвена звезда, званична презентација. 22. 12. 2012. Приступљено 22. 12. 2020.
^Pagani, Daniele (13. 12. 2016). „AXEL BAKAYOKO, SULLE ORME DI OBA OBA MARTINS” [Аксел Бакајоко стопама Оба Оба Мартинса] (на језику: италијански). lagazzettadidonflaco.com. Архивирано из оригинала 22. 4. 2019. г. Приступљено 22. 12. 2020.
^„Bakayoko al Sochaux” [Бакајоко у Сошоу]. ФК Интер, званична презентација (на језику: италијански). 11. 7. 2017. Приступљено 22. 12. 2020.[мртва веза]
^„Axel Bakayoko in prestito al San Gallo” [Бакајоко на позајмици у Санкт Галену]. ФК Интер, званична презентација (на језику: италијански). 17. 7. 2018. Приступљено 19. 7. 2019.
^„Axel Bakayoko neu beim FC St.Gallen 1879” [Аксел Бакајоко нови играч ФК Санкт Гален 1879]. ФК Санкт Гален, званична преезентација (на језику: немачки). 17. 7. 2018. Архивирано из оригинала 22. 4. 2019. г. Приступљено 22. 12. 2020.
^„Bakayoko bleibt beim FCSG” [Бакајоко и даље у Санкт Галену] (на језику: немачки). Die Ostschweiz. 2. 7. 2019. Приступљено 19. 7. 2019.
