Станція відкрита 26 травня1870 року з початком руху поїздів новозбудованої залізничної лінії Жмеринка — Балта. Назву станція та селище отримане від навколишнього села Вапнярки, що розташоване за 14 км.
У лютому 1899 року прокладена залізнична лінія від Вапнярки до Христинівки, станція Вапнярка набула статусу вузлової. Згодом побудована вузькоколійка на Ямпіль, а на станції відкрито паровозне депо, в якому працювало 270 осіб. Вузькоколійну ділянку на Ямпіль (до станції Добрянка) розібрано у 1990-ті роки, плани її перешиття на стандартну колію були не здійснені через економічну кризу.
5 липня2014 року на Привокзальній площі встановлений пам'ятник на честь воєначальника українського походження Івана Черняховського, одного із наймолодших командувачів фронтів періоду німецько-радянської війни й одного із п'яти радянських командирів фронтів, які загинули під час війни[1].
4 рази на день від станції Вапнярка курсують приміські електропоїзди до станції Жмеринка, майже всі з яких узгоджені для пересадки на приміські електропоїзди від станції Жмеринка до станції Козятин I (через Вінницю). Найчастіше в Жмеринці навіть не потрібно виходити, лише змінюється маршрут електропоїзда, у якого триває зупинка по станції Жмеринка близько 10-20 хвилин. У Жмеринці є можливість здійснити пересадку також на приміські поїзди до станцій Хмельницький, Гречани, Могилів-Подільський та регіональний поїзд«Подільський експрес» № 772/771 сполученням Хмельницький — Київ.
З 1 червня 2021 року призначений приміський електропоїзд Козятин — Вінниця — Жмеринка — Вапнярка — Кодима (формально це три маршрути, але по факту це один електропоїзд, який прямує маршрутом без пересадок та тривалих зупинок.
Продаж автобусних квитків
З 22 лютого2018 року на вокзалі станції Вапнярка працюють залізничні каси, де є можливість придбати проїзні квитки на автобусні рейси внутрішнього та міжнародного сполучення[5].
