Народився в селі Рудники Підгаєцького повіту Тернопільського воєводства (Польща) — нині Підгаєцький район на Тернопіллі. Закінчив Коломийське педучилище (1955), історичний факультет Чернівецького університету (1963), аспірантуру в КДУ ім. Т. Г. Шевченка (1968). У 1968 р. захистив кандидатську, а в 1980 р. — докторську дисертації; з 1970 р. — доцент, з 1981 р. — професор.
Тематика наукових досліджень охоплює ключові проблеми історії України, українознавства, методології, історіографії, джерелознавства та архівознавства.
Є автором близько 600 наукових, науково-популярних та навчально-методичних праць, у т.ч. 102 індивідуальних і колективних монографій, 32 підручників та навчальних посібників, укладач низки документальних збірників. 14 праць опубліковані іноземними мовами. Серед них:
Общественные науки в высшей школе. (співавтор). — К.:Вища школа,1980.- 296 с.;
Историография истории Украинской ССР. (співавтор).- К.:Наукова думка,1986.- 557 с.;
Джерелознавство історії України. Довідник. (Заст.керівн.автор. кол.).- К.,1998.-212 с;
Архівознавство. Підручник. (керівн. автор. колект.) — К.,1998.- 316 с.; друге, доп.- (за ред. Я.Калакури, І. Матяш).-К.,2002.-356 с.;
Історія української культури. Зб. документів і матеріалів. — К.:Вища школа, 2000.- 607 с.;
Історична наука: термінологічний і понятійний довідник.(співавтор). — К.:Вища школа, 2002.- 430 с.;
Нариси історії архівної справи в Україні.(співавтор). — К.: «КМ академія», 2002.- 610 с.;
Українська історіографія.: Курс лекцій.- К.:Генеза, 2004.- 496 с.; Вид. друге, доповн. — 2012.
Історія української та зарубіжної культури. Навч. посібник. Вид. шосте, доп.(співавтор).-К.:Знання-Прес,2007.- 358 с.;
Історичні засади українознавства. К.: НДІУ.- 2007.- 381 с. ;
Історія українознавства (співавтор). — К.: Академвидав, 2011. −512 с.;
Українознавче дослідження: теорія та методологія. — Тернопіль: «Джура», 2012. — 294 с.;
Науковий інструментарій українознавця (співавтор).- К.: ННІУВІ, 2012. — 376 с.;
Україна найдавнішого часу — XVIII століття: цивілізаційний контекст пізнання (співавтор). — Кн. І. — К.- Чернівці-Тернопіль: Астон, 2012. — 700 с. та ін.
Українська культура: цивілізаційний вимір (співавтор). – К. : ІПіЕНД ім.І.Ф.Кураса,, 2015. – 496 с.
Історик і влада. (співавтор). – К.: ІІУ НАН України, 2016. – 543 с.
Ментальний вимір української цивілізації (співавтор).. – К.: ІПіЕНД ім.І.Ф.Кураса, 2017. – 512 с.
Менеджмент в архівній справі.- К.:ВПЦ «Київський університет»,, 2018.- 240 с.
Ярослав Мудрий та його доба: тисячолітній досвід українського державотворення (співавтор). ‒ К.: Київський університет ім. Б. Грінченка, 2019. ‒ 284 с.
Антропологічний код української культури і цивілізації — Книга 1–2. — К.: ІПіЕНД ім.І.Ф.Кураса, 2017. (співавтор).
Підготував 15 докторів та 52 кандидати наук. Був головою спеціалізованої вченої ради з захисту докторських і кандидатських дисертацій, членом експертної ради ВАК. Нині працює у двох спеціалізованих радах, є членом редколегії трьох міжвідомчих наукових збірників і одного журналу.
Звання і нагороди
Заслужений працівник вищої школи України (1984), Відмінник народної освіти України (1997), Заслужений професор Київського національного університету імені Тараса Шевченка (2003), Почесний професор Прикарпатського національного університету ім. Василя Стефаника та Переяслав-Хмельницького педагогічного університету ім. Григорія Сковороди (2017)
Ярослав Степанович Калакура. Біобібліографічний довідник. — ISBN 978-966-439-555-4. — К., 2012. — 159 с.
Алексієвець Л.М. Слово про автора професора Калакуру Я. С. // Україна–Європа–Світ. Міжнародний збірник наукових праць. Серія: Історія, міжнародні відносини. Вип. 20. Тернопіль: Вид-во ТНПУ ім. В. Гнатюка, 2017. 371-377
Палієнко М. Г. Нове архівне мислення: внесок професора Ярослава Калакури у розвиток українського архівознавства //Архіви України, 2017. – Вип.5-7. – С. 277-290.
Реєнт О.П. До 80-річчя доктора історичних наук, професора Я.С.Калакури //Український історичний журнал, 2017. - №5. С.225-231.