Утворена у XVIII ст. як Нікопольська єпархія у складі Неокесарійської митрополії. 10 (22) січня1889 року перетворена на митрополію. Проте в Константинопольській православній церкві вже існувала Нікопольська і Превезька митрополія, тому задля уникнення збігу назв митрополію перейменували на Колонійську за містом Колонія (грец.Κολώνεια) — сучасний Коюлхісар у провінції Сівас. При цьому єпархіальний центр лишився в місті Нікополі (грец.Νικόπολη) — сучасний Шебінкарахісар у провінції Гіресун. Християнське населення цієї території було виселене в 1923 році. Нині на території митрополії православних парафій немає.
Правлячий архієрей має титул митрополит Колонійський, іпертим і екзарх Верхнього Понту. З 2003 року кафедра є вакантною.
Очільники єпархії
Дорофей I (1889—1894)
Леонтій (Хутуріотіс) (1894—1899)
Полікарп (Псоміадіс) (1899—1911)
Софроній (Ністопулос) (1911—1917)
Дорофей II (Христідіс) (1917—1919)
Гавриїл (Преметідіс) (1967—2003)
Джерела
Kiminas D. The Ecumenical Patriarchate: A History of Its Metropolitanates with Annotated Hierarch Catalogs. — The Borgo Press, 2009. — P. 106–107. — (Orthodox Christianity, Volume 1) — ISBN 978-1434458766.