З 1986—1998 році — старший інженер, молодший науковий співробітник, науковий співробітник, старший науковий співробітник Інституту українознавства імені Івана Крип'якевича НАН України. У 1996 році здобув вчене звання старший науковий співробітник, у 1999 році — доцент.
У 1994 році захистив кандидатську дисертацію на тему: «Видавнича діяльність Івана Франка у 70—80 рр. 19 ст.».
У 1998—2007 роках — директор наукової бібліотеки Львівського національного університету імені Івана Франка. З його приходом активізувалася
науково-бібліографічна та видавнича діяльність бібліотеки. З ініціативи Богдана Зіновійовича розпочато випуск серійних видань «Українська біобібліографія», «Каталоги книгозбірні», «Мемуари і документи», «Дрібненька бібліотека»; науковий часопис Вісник Львівського університету серія «Книгознавство, бібліотекознавство та інформаційні технології», започатковано факсимільне перевидання низки визначних раритетів українського друку, створений меморіальний читальний зал Івана Франка з унікальним вітражем до його поеми «Мойсей».
У 2007—2010 роках — доцент, професор кафедри історичного краєзнавства Львівського національного університету імені Івана Франка, старший науковий співробітник Інституту українознавства імені Івана Крип'якевича НАН України, старший науковий співробітник Академії сухопутних військ.
У лютому 2011 року йому присвоєно вчене звання професора кафедри історичного краєзнавства.
Богдан Якимович Іван Франко — видавець: книгознавчі та джерелознавчі аспект. — Львів: Видавничий центр ЛНУ імені І. Франка, 2006. — 691 с.
Якимович Б. З. Андрій Чайковський. Спогади. Листи. Дослідження: У 3-х томах / Автор ідеї, головний упорядник і редактор — Б. З. Якимович // Львів: ЛНУ імені І. Франка, 2002.
Російсько-український словник для військовиків (співавтори Б. Якимович, А. Бурячок та М. Демський). — К.: Варта, 1995.
Крип'якевич І. П. Історичні проходи по Львові: книжка-путівник / Іван Крип'якевич; упоряд. тексту, опрац. та прим. Б. Якимовича. — Львів: Апріорі, 2007.
Якимович Б. З., Мацевко Т. М., Гапеєва О. Л., Кисіль В. В., Стадник В. В., Гозуватенко Г. О., Федак Г. О. Патріотичне виховання: Теорія та практика реалізації у Збройних Силах України: Монографія / За ред. доктора історичних наук, професора П. П. Ткачука. — Львів: АСВ, 2012. — 291 с. — ISBN 978-966-2699-16-6.
За визначні наукові здобутки та професійні досягнення Богдана Якимовича було нагороджено численними державними нагородами, серед нагород відомого вченого:
настільна медаль першого Міністра оборони України генерал-полковника Костянтина Морозова (1992);
↑Якимович Богдан. СВІТЛИЙ ОБРАЗ ВИДАТНОГО УКРАЇНЦЯ: до історії пам'ятної медалі Юрія Котермака-Дрогобича та подій «навколомедальних» // Донецький вісник Наукового товариства ім. Шевченка. — Т. 43. — Донецьк, 2017. С. 127—141.
Голубко В. Є., Середяк А. В., Генега Р. Я., Марискевич Т. Г., Мрака І. Б., Федик І. І., Калиняк Л. Д., Масик Р. В., Рутар В. Є.Слово про вченого, колегу, товариша // Наукові зошити історичного факультету Львівського університету. Збірник наукових праць. 2012—2013. Випуск 13–14. — 596 с. — С. 3—4. — ISSN 2078–6077.
Богдан Якимович: Біобібліографічний покажчик / Уклад. Г. Домбровська;. Наук. ред. Ф. Стеблій; ред. Н. Бічуя; Редкол.: Т. Лучук (голова) та ін. — Львів: Видавничий центр ЛНУ імені Івана Франка. — Львів, 2002. — 146 c. — ISBN 966–613–106–4.(Українська біобібліографія. Нова серія; Ч. 7; Біобібліографія вчених університету).