Từ 1984 đến 1986: Là trợ lý Bộ trưởng Bộ Ngoại giao.
Từ 02/1987: Là Thứ trưởng Bộ Ngoại giao phụ trách các vấn đề đối ngoại, Chủ tịch Ủy ban Quốc gia UNESCO của Việt Nam.
Từ 6/1991 đến 1/2000: Là Ủy viên TƯ khóa VII, VIII, IX; Thứ trưởng Bộ Ngoại giao phụ trách khu vực châu Âu, công tác Lãnh sự, Chủ nhiệm Ủy ban về người Việt Nam ở nước ngoài, Chủ tịch Ủy ban Quốc gia UNESCO của Việt Nam.
Từ 02/2000 đến 06/2006: Là Ủy viên Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao chính phủ nước CHXHCN Việt Nam, Bí thư Ban Cán sự Đảng Bộ Ngoại giao (3/2000), Chủ tịch Hội đồng thi đua Bộ.
Từ 7/2002: Đại biểu Quốc hội khóa XI.
Từ 8/2002 đến 6/2006: là Ủy viên Hội đồng Quốc phòng - An ninh Quốc gia nước CHXHCN Việt Nam.
27/6/2006: Quyết định xin từ nhiệm và nghỉ hưu theo chế độ.
Những đóng góp cho Ngoại giao Việt Nam
Ông Nguyễn Dy Niên đã công tác suốt hơn 50 năm trong ngành ngoại giao, trải qua nhiều chức vụ, tham gia nhiều cuộc đàm phán quốc tế. Ông đã triển khai mạnh mẽ và thiết thực chủ trương ngoại giao phục vụ phát triển kinh tế, đóng góp có hiệu quả vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Ông là người đầu tiên của ngành ngoại giao đã tổng kết những tư tưởng của Hồ Chí Minh về lĩnh vực ngoại giao và xây dựng khá đầy đủ những tư tưởng này thành một hệ thống "Tư tưởng ngoại giao Hồ Chí Minh" phục vụ công tác giảng dạy và nghiên cứu nghệ thuật ngoại giao mang đặc trưng Việt Nam. Ông cũng đã giới thiệu việc vận dụng một cách có hệ thống và hiệu quả "Tư tưởng ngoại giao Hồ Chí Minh" vào hoạt động đối ngoại, đặc biệt là trong tình hình quốc tế phức tạp ở những năm đầu thế kỷ XXI, góp phần nâng cao vị thế quốc tế của đất nước.[1].
Khen thưởng
Huân chương Kháng chiến chống Mỹ cứu nước hạng Nhất.
