2006년 AFC U-17 챔피언십 본선 진출 팀은 다음과 같이 결정되었다. 본선 조 추첨은 2006년 4월 17일에 싱가포르에서 진행되었다. A조에는 대한민국·싱가포르·일본·네팔, B조에는 이란·예멘·이라크·타지키스탄, C조에는 조선민주주의인민공화국·사우디아라비아·라오스·미얀마, D조에는 중국·시리아·방글라데시·베트남이 각각 편성되었다.[1]
1 라오스는 본선 조 추첨에서 C조에 편성되었으나 2005년 4월에 라오스에서 열린 AFC U-13 축구 대회에서 연령 초과 선수를 출전시킨 사실이 아시아 축구 연맹(AFC) 징계위원회의 조사 결과를 통해 발각되어 실격 처리되었다.[2] 라오스의 자리는 다른 팀으로 대체되지 않았으며 C조는 3개 팀만으로 경기를 치렀다.