대한민국프로축구 2군리그는 1990년에 처음으로 창설되지만 1990년 단 한 시즌 동안만 운영되다가 폐지되는데 그 해 6월 15일 대전(포철 VS 럭키금성/대우 VS 현대(야간경기))[1], 7월 28일(유공 VS 포철/럭키금성 VS 현대(야간경기)) 7월 30일(현대 VS 대우/포철 VS 럭키금성(야간경기)) 8월 1일(현대 VS 포철/대우 VS 유공(야간경기)) 광주에서[2] 2군리그 경기가 개최됐다. 그러다 2000년에 프로축구 2군리그가 재창설되고, 2009년부터 리그 명칭이 R리그(리저브리그)로 확정되었다.
2009 시즌에는 제주 유나이티드가 경기 불황으로 불참하고[3] K리그 신생팀인 강원 FC도 2군 리그에 불참하나, 경찰 축구단의 참가로 14개팀으로 치러졌다. 2010 시즌에는 강원 FC도 R리그에 참가했다.[4] 2010 시즌부터는 선수를 보호하고 기량을 점검한다는 R리그의 취지에 따라 포스트시즌(R리그 챔피언십)이 폐지된다.[5] 2012 시즌을 앞두고 K리그 승강제의 사전 작업으로 R리그 폐지가 검토되면서 프로축구연맹과 대학축구연맹이 마찰을 빚기도 했다.[6] 결국 2012 시즌에도 R리그는 존속하나 리그 참가가 자율시행제로 바뀌고, 구단 소속 3명을 제외하고는 만 23세 이하 선수만 출전할 수 있도록 하는 등 제도적 개편을 거친다.[7] 2012 시즌을 끝으로 R리그는 공식적으로 중단된다. 2013년에 전북, 대전, 경남, 상주 등 4개 구단이 자발적으로 R리그 재개를 시도해봤지만,[8] 클럽팀들의 자체적인 리그운영이 한계에 부딪혀 그 해 여름에 중단된다.
2군리그 원년 1990 시즌은 전•후기 리그로 나누어 진행되었으나 챔피언 결정전 없이 단일리그로 변경하여 리그 순위로 최종 순위를 결정하였다.
양대 리그 우승 및 준우승 팀들(4팀)끼리 교차로 플레이오프를 치르고, 플레이오프에서 우승한 팀들끼리 챔피언 결정전을 갖는 방식
양대 리그로 나누어 진행한 후 별도의 챔피언 결정전 없이 각 리그별 우승 및 준우승 팀이 2군리그 전체를 공동 우승 및 공동 준우승 하는 방식
리그별 우승 팀(3팀) 및 와일드카드(최고 승점을 기록한 준우승 팀)이 플레이오프에 진출해 맞붙고, 플레이오프에서 우승한 팀들끼리 챔피언 결정전을 갖는 방식
2009 시즌부터 기존의 프로축구 2군리그는 R리그(리저브리그, R League)라고 새롭게 명명되었다.
대한축구협회와의 협의를 통해 2021시즌부터 K리그 구단들이 '프로 B팀’을 운영할 경우 K4리그에 참가할 수 있도록 했으며, 이에 따라 K리그 구단들은 2021시즌부터 R리그(2군 리그)에 참가하거나 별도 B팀을 구성하여 K4리그에 참가하는 것 중 하나를 선택할 수 있게 된다
구단별 우승 횟수
(~2021)
한국프로축구연맹은 연고 이전과 상관없이 현재 구단이 해당 전신 구단의 역사와 기록을 승계하는 것을 공식 통계 원칙으로 하고 있다.[10]