Шпајер е познат по т.н. „Шпајерска протестација“ на Царскиот собор од 1529 г. со која разни кнезови се заложиле за повлекување на забраната врз делата на реформаторотМартин Лутер, и со тоа удирајќи ги темелите на протестантството.
Најпрвин градот се нарекувал Новиомагус и Кивитас Неметум по тевтонското племе Немети кое се доселило на ова подрачје. Во VI век е засведочено името Спира, изведено од франкиската населба Вила Спира близу гратчето.
Времеследен преглед
10 п.н.е. — поставен првиот римски воен логор (меѓу градскиот дом и епископскиот дворец).
150 — гратчето обележано како Новиомагус на светската карта на старогрчкиот географ Птоломеј.
346 — за првпат споменат епископ на гратчето.
IV век — градот Кивитас Неметум обележан на картата „Појтингерова табла“.
V век — Уништен Кивитас Неметум.
VII век — гратчето е одново подигнато под името Спира, наречен по блиска франкиска населба.
1076 — светиот римски цар Хајнрих IV тргнува од Шпајер на патот за Каноса за да се сретне со папата.
1084 — основана првата еврејска заедница во Шпајер.
1096 — крстоносната војска на грофот Емих ги пустоши еврејските заедници во Рајнската област; Шпајерскиот епископ Јован ги засолнил Евреите во својот дворец, а потоа ги однел во тврдина вон градот. Решено е дека повредувањето на Евреи ќе се казнува со отсекување на раката.[2]
1527 - 1689 — Шпајер е седиште на Царскиот камерен суд.[3]
1526 — Шпајерскиот царски собор (рајхстаг) носи одлука за привремена толеранција кон лутеранските учења и богослужба.
1529 — На Шпајерскиот царски собор лутеранските кнежевства на царството изразуваат силно незадоволство во врска со противреформациските, воведувајќи го поимот протестантство.
1635 — маршалот на Франција, Ирбен де Маје-Брезе, заедно со војводата Жак Номпар де Комон ги освојвуаат Хајделберг и Шпајер.
1689 — француската војска прави големи штети врз градот.
1792 - 1814 — Шпајер паѓа под француска власт по Битката кај Шпајер.
1816 — Шпајер станува управно седиште на областа Пфалц и Рајнскиот округ на Баварија (подоцна наречен Баварски Пфалц), и останува таков сè до крајот на Втората светска војкна.
1883 - 1904 — изградена спомен-црква овековечувајќи ја Протестацијата од 1529 г.
1947 — отворена Државната академија за управна наука (подоцна преименувана во „Германски универзитет за управни науки“ - Шпајер[4]).
1990 — градот одбележува две илјади години постоење.