У 1892—1895 рр. — викладач законознавства в Київському кадетському корпусі; працював також як приватний учитель. У 1897—1898 рр склав іспити на магістра державного права й отримав звання приват-доцента в Київському університеті.
У 1895—1899 рр. — професор кафедри російської історії Київського університету. У 1899—1911 рр. — завідувач кафедрою історії російського права Томського університету; водночас (1906—1912 рр.) — один з редакторів газети «Сибирская жизнь».
Після захисту у грудні 1912 р. докторської дисертації, 1913 р. за конкурсом одноголосно обирають одночасно на кафедру історії російського права Демидівського юридичного ліцею (м. Ярославль) і в Казанський університет. Однак до викладання у цих навчальних закладах Малиновський так і не приступив через підозру влади на його політичну неблагонадійність.
У 1913—1917 рр. — професор кафедри історії російського права Варшавського університету. Влітку 1915 р. у зв'язку з окупацією Варшави німецькими військами разом з університетом евакуйований до Ростова-на-Дону.
у 1917—1920 рр. — професор Донського університету. Впродовж 1917 р. відзначився як активний громадський діяч (голова Ростовського міського комісаріату, пізніше — гласний міської думи і голова культурно-освітньої комісії міської управи). У 1919 р. — член ради при начальнику управління народної освіти Особливої наради при головнокомандувачі збройними силами на півдні Росії; тоді ж розпочав співробітництво з УАН.
30 червня 1920 р. його заарештовують і обвинувачують в контрреволюційній діяльності. 24 липня 1920 р. Колегією ДонНК М. засуджений за цим обвинуваченням до вищої міри покарання, яку постановою Президії ВНК від 22 грудня 1920 р. замінено 15 роками позбавлення волі, а згодом — згідно з постановою Комісії з перегляду справ у таборах від 19 травня 1921 р. на підставі декрету ВЦВК про амністію — термін покарання було скорочено до 5 років.
У 1921—1922 рр. відряджений на роботу до Інституту радянського права Наркомюсту РСФРР. Працює дійсним членом Інституту в секціях судового права і кримінології та конституційного права, у відділі правових матеріалів, бере активну участь у розробці проекту Кримінального кодексу РСФРР та підручника з кримінального права, пише низку наукових праць на тематику радянського права.
З 1 липня 1922 р. до лютого 1924 р. відбував позбавлення волі в Іванівському таборі, м. Москва.
З 1928 р. тимчасово (до обрання академіком кримінального права) виконував обов'язки голови Комісії радянського кримінального права. Досліджував історію кримінального права Великого князівства Литовського, радянське кримінальне і кримінально-виконавче право.
1930 р. звільнений з посад і виключений зі складу ВУАН.
Реабілітований 12 січня 1993 р.
Науковий доробок
Як учений О. О. Малиновський сформувався під впливом відомого фахівця з історії права, професора М. Ф. Володимирського-Буданова, котрий був науковим керівником його магістерської та докторської дисертацій (обидві захищені в Київському університеті Святого Володимира). Малиновський був яскравим представником школи дослідників західно-руського права, котру заснували М. Ф. Володимирський-Буданов та Ф. І. Леонтович. Малиновський Досліджував давньоукраїнське право доби Київської Русі, Великого князівства Литовського, історію кримінального права, українське звичаєве право, а у своїх пізніших працях досліджував ще й право радянського періоду.
Малиновский И. А. Параллельный и систематический указатели уголовных законов Литовского статута по трем его редакциям. — Университетские Известия. — 1896. — № 3. — С. 1 — 50.
«Рада Великого княжества Литовского в связи с боярскою думою древней Руси» т. 1—2. 1903—14.
Малиновский И. А. Древности русского права: Курс, читанный проф. И. А. Малиновским в 1918/19 академических годах в Донском археологическом институте. — Ростов н/Д, 1919. — 460 с.
Сучасні перевидання окремих праць вченого здійснено Інститутом права імені Оникія Малиновського Національного університету «Острозька академія» за участі Західного регіонального наукового центру Національної академії правових наук України.
Станом на початок 2014 р. перевидано в серії «Антология правовой мысли»:
Берзін П. С. Міграція представників київської школи кримінального права в період громадянської війни (1918—1920 рр.)// Митна безпека. (Науковий журнал Національної академії Державної митної служби України) — 2010 — № 2. Серія «Право» — С. 100-110. // www.nbuv.gov.ua/portal/Soc…/Berzin.pdf
Наукова спадщина академіка О. О. Малиновського і сучасність: матеріали Всеукр. наук.-практ. конф., 4-6 груд. 2008 р., м. Рівне / Ін-т держави і права ім. В. М. Корецького НАН України [та ін.]; [редкол.: І. Б. Усенко (голова) та ін.]. — К.: [б. в.], 2010. — 231 с. — Бібліогр. в кінці ст. — 250 экз. — ISBN 978-966-02-5769-6
Антологія української юридичної думки. В 10-ти тт. Т. 7: Кримінальне право. Кримінальний процес [Текст] / упор.: О. М. Костенко, О. О. Кваша; за заг. ред. Ю. С. Шемшученко. — К.: ВД «Юридична книга», 2004. — 616 с.
Профессора Томского университета: Биографический словарь / отв. ред. С. Ф. Фоминых. — Томск: Изд-во Том. ун-та. 1996. — Вып. 1: 1888—1917. — 288 с.
Морозова Ольга. Цари, казаки, красные командиры… Семь очерков в жанре историко-психологического портрета. — Ростов н/Д: Издательство ЮНЦ РАН, 2010. — 276 с. — ISBN 978-5-902982-94-4