До складу ПФУ входять чотири окремих галузевих інститути — основний інститут, педагогічний, технологічний та інститут архітектури і мистецтв. Загальне число факультетів — 37, наукових структурних підрозділів — 70, серед яких 10 НДІ, а також КБ, ЦКП, навчально-наукові лабораторії (в тому числі спільні з установами РАН), 20 структур інноваційної діяльності (у тому числі 2 дослідні виробництва, 2 технопарку, 2 бізнес-інкубатора, 19 центрів колективного користування, 9 інноваційно-технологічних центрів) та інші, в яких працюють близько 800 наукових співробітників, у тому числі 354 кандидата і 45 докторів наук. Загальна чисельність студентів — близько 56 тисяч чоловік.
Один з провідних університетів Росії, станом на 2006 рік, в останньому офіційному рейтингу Федерального агентства з освіти займає четверту сходинку серед класичних університетів.
Розташований в двох містах Ростовської області: у Ростові-на-Дону, де знаходяться всі центральні адміністративні органи університету, а також дві галузеві інституту, і в місті Таганрозі, де знаходиться Технологічний інститут ЮФУ.
Існує проект створення навчально-науково-побутового кампусу в Західному житловому мікрорайоні м. Ростова-на-Дону, для спрощення внутріуніверсітетской логістики та поліпшення умов праці та проживання співробітників та студентів ПФУ.
Перший набір студентів у реорганізований Південний федеральний університет був проведений в 2007 році.
16 січня 2010 за розпорядженням уряду РФ N13-р Південний федеральний університет отримав статус федерального державного автономного установи
Голова Уряду Росії Д. А. Медведєв своїм Розпорядженням № 988-р від 18 червня2012 призначив Борівська Марину Олександрівну ректором федерального державного автономного освітньої установи вищої професійної освіти «Південний федеральний університет» строком на 5 років.
Андрєєв Сергій Васильович — радянський і російський футболіст і футбольний тренер. Майстер спорту міжнародного класу (1980). Сергій Андрєєв відомий за виступами та тренерській роботі в ростовських клубах СКА та «Ростсельмаш» і в збірній СРСР.
Достанко Анатолій Павлович — академік Національної академії наук Білорусі, доктор технічних наук, професор, заслужений винахідник СРСР, двічі лауреат Державних премій УРСР в галузі науки і техніки і Республіки Білорусь (за підручники).
Котова Тетяна Миколаївна (1985) — російська співачка, володарка титулу «Міс Росія 2006», колишня учасниця української жіночої поп-групи «ВІА Гра» (2008—2010)
Рябов Микола Тимофійович — державний діяч, дипломат, голова ЦВК РФ, Надзвичайний і Повноважний посол РФ в Чеській Республіці, Республіці Азербайджан, Республіці Молдова (2007).
Саннікова Ольга Павлівна (1948) — доктор психологічних наук, професор Південноукраїнського національного педагогічного університету імені К. Д. Ушинського.
Софронов Анатолій Володимирович — радянський письменник, поет, публіцист, сценарист і драматург. Лауреат двох Сталінських премій, Герой Соціалістичної Праці.
Туріщева Людмила Іванівна — радянська гімнастка: чотириразова олімпійська чемпіонка, багаторазова чемпіонка світу та Європи, Заслужений майстер спорту СРСР.
Тянтова Катерина — російська модель, переможниця конкурсів краси.