2000—2001 — старший прокурор відділу нагляду за додержанням законів органами внутрішніх справ та податкової міліції при провадженні оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства управління нагляду за законністю оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства прокуратури Херсонської області;
2001 — старший прокурор відділу роботи з кадрами прокуратури Херсонської області;
2001 — заступник начальника відділу нагляду за додержанням законів спеціальними підрозділами по боротьбі з організованою злочинністю прокуратури;
2001 — заступник начальника відділу нагляду за виконанням законів спецпідрозділами та іншими державними органами, які ведуть боротьбу з організованою злочинністю і корупцією управління нагляду за законністю оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства прокуратури Херсонської області;
2001 — прокурор Високопільського району Херсонської області;
2001—2004 — начальник відділу нагляду за виконанням законів спецпідрозділами та іншими державними органами, які ведуть боротьбу з організованою злочинністю і корупцією управління нагляду за законністю оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства прокуратури Херсонської області;
2004 — начальник відділу нагляду за додержанням законів спецпідрозділами та іншими установами, які ведуть боротьбу з організованою злочинністю управління нагляду за додержанням законів органами, які проводять оперативно-розшукову діяльність, дізнання та досудове слідство прокуратури Херсонської області;
2004 — заступник начальника відділу нагляду за додержанням законів органами внутрішніх справ при провадженні оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства управління нагляду за додержанням законів органами, які проводять оперативно-розшукову діяльність, дізнання та досудове слідство прокуратури міста Києва.
2005—2008 — начальник відділу нагляду за додержанням законів органами СБУ, державної митної служби та державної прикордонної охорони при провадженні оперативно-розшукової діяльності, дізнання та досудового слідства прокуратури Києва;
2011—2014 — відряджений з органів СБУ на посаду заступника керівника Головного контрольного управління Адміністрації Президента України;
2014 — у розпорядженні голови СБУ;
26 червня 2014 року призначено заступником Генерального прокурора України — начальником Головного управління процесуального керівництва у кримінальних провадженнях слідчих центрального апарату та нагляду за додержанням законів у воєнній сфері та затверджено членом колегії Генеральної прокуратури України;
2 вересня 2019 року Генеральний прокурор Руслан Рябошапка підписав наказ про звільнення з посади Головного військового прокурора Анатолія Матіоса.[10]
15 жовтня 2019 року звільнений з військової служби у запас (у зв'язку з проведенням організаційних заходів)[11]
15 травня 2020-го отримав посвідчення адвоката й почав роботу адвокатом у Луцьку. Крім нього, того ж дня адвокатами стали кілька його підлеглих з військової прокуратури: Ольга Миргородська, Дмитро Хортів, Віталій Опанасенко[12].
Брав участь в конкурсі на посаду глави Державного бюро розслідувань, відмовився пояснити походження майже 34 млн грн «дивідендів» від невідомого бізнесу його дружини.[14] Згідно з декларацією, його дохід у 2014 році становив 264 тис. грн, а дружини — 34,7 млн грн.[15]
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 2 вересня 2019. Процитовано 2 вересня 2019.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
Матіос А. В. Попередження правопорушень в сфері державного управління // Юридична Україна. — 2006. — № 2. — с.34-38
Матіос А. В. Державне управління в умовах адміністративно-правової реформи // Юридична Україна. — 2005. — № 4 — с.30-33
Матиос А. В. Система правонарушений, посягающих на государственное управление (В сб.: «Современное законотворчество: теория и практика». Материалы Международной научно-практической конференции. Изд-во МГУ,-2006.- с. 178—180.).