Народилась 27 травня 1967 року в Москві в сім'ї акторки Лідії Федосєєвої-Шукшиної (нар. 1938) і письменника Василя Шукшина (1929—1974). Старша сестра Ольги Шукшиної (нар. 1968), яка працює в церкві. Є також старша єдиноутробна сестра, Анастасія Вячеславівна Вороніна-Франсишку (нар. 1960)[5].
Вже у півтора роки знімалася в новелі «Братка» (кіноальманаху «Дивні люди», 1969), в 1972 році (разом із сестрою Ольгою) — у ролях дочок Расторгуєва у фільмі «Пічки-лавочки», а два роки по тому зіграла роль Маші (дочки Вишнякова) у фільмі «Птахи над містом» (реж. С. Никоненко, 1974). В 1984 закінчила школу № 1531, поруч із метро «Олексіївська».
З 12 жовтня 1999 по 19 грудня 2014 року вела передачу «Жди меня» на «Первом канале». З 21 січня по 3 червня 2018 року — ведуча програми «У гості вранці» на тому каналі.
17 серпня 2023 року позитивно висловилася про відкриття пам'ятника радянському диктатору Йосипу Сталіну у Великих Луках Псковської області РФ[7][8]
Перший чоловік — Артем Трегубенко, перекладач. Дочка — Ганна Артемівна Трегубенко (нар. 2 липня 1988), вчилася на продюсерському факультеті ВДІКу. Онук — В'ячеслав Трегубенко (нар. 21 листопада 2014 року).
Другий чоловік — Олексій Касаткін, бізнесмен.
Син — Макар Олексійович Касаткін (нар. 20 листопада 1997), наприкінці 2024 року пішов на фронт воювати проти України[9].
Онук — Марк Макарович Касаткін (нар. 20 квітня 2018).
Третій чоловік — Борис Вишняков[10], юрист і бізнесмен. Сини-близнюки — Фома Борисович Вишняков і Фока Борисович Вишняков (нар. 31 липня 2005).
Санкції
Марія Шукшина публічно закликала до агресивної війни, виправдовувала та визнавала збройну агресію РФ проти України, тимчасову окупацію території України.[11]
19 жовтня 2022 року додана до санкційного списку України.[12]
19 липня 2023 року додана до санкційного списку Канади.[13]