На базі 16-ї бригади було створено зведений загін для ведення бойових дій у Чечні. Основою створення загону послужив 370-й загін спеціального призначення. 13-15 січня 1995 року загін у складі 250 осіб здійснив марш за маршрутом Моздок-Беслан-Самашки-Грозний.
Перші втрати загін зазнав 23 січня в районі Чорноріченського мосту через Сунжу — загинули двое бійців. А наступного дня у будівлі, де дислокувалися спецназівці, стався вибух, внаслідок якого загинуло понад 40 людей.
У зв'язку з цим інцидентом щороку 24 січня у 16-й окремій бригаді спеціального призначення відзначається як День Пам'яті. 2 травня 1995 року загін був виведений з території Чечні і був повернутий до пункту постійної дислокації. За час бойових дій 370-й загін втратив убитими 48 вояків[1] за іншими даними — 50[2].
Російско-грузинська війна
У серпні 2008 року підрозділи 16-ї бригади брали участь у захопленні та знищенні баз постачання грузинських військ на території Абхазії[3].
21 травня 2015 року журналіст Руслан Левієв опублікував детальне розслідування, у якому встановив імена і подробиці загибелі на Донбасі 5 травня 2015 року трьох військовослужбовців бригади — Антона Савельєва, Тимура Мамаюсупова та Івана Кардаполова. Згідно з матеріалами розслідування, кадрові контрактники загинули на окупованій території Луганської області[4][5][6].
Бригада брала участь у повномасштабному нападі Росії на Україну. На початок вересня 2022 року загинув заступник командира бригади у званні підполковника, начальник штабу у званні майора, а також командир роти у званні капітана[7].
Склад
Станом щонайменше на 2009 чисельність особового складу — 1800 чол., структура[8]:
штаб (в/ч 54607)
273-й окремий загін спеціального призначення
370-й окремий загін спеціального призначення
379-й окремий загін спеціального призначення
664-й окремий загін спеціального призначення
669-й загін спеціального призначення
1-й батальйон
2-й батальйон
3-й батальйон (370-й окремий загін спеціального призначення)