2014年，基于全基因组测序（Whole-genome analyses）的鸟类分类系统公布，目前已经取代1980年代的鸟类DNA分类系统 并广泛使用。
下图基于国际鸟类学大会 （IOC）于2019年公布的鸟类发育树[ 1] [ 2]
下图基于Jarvis, E.D. et al. (2014)[ 3] 分支图 ，部分演化支 的名称来自Yuri, T. et al. (2013)[ 4] [ 5]
†大凌河鳥 Dalingheornis
†沙鳥 Elsornis
†始小翼鳥 Eoalulavis
†始華夏鳥 Eocathayornis?
†飞天鸟 Feitianius
†侯氏鸟 Houornis
†遼寧鳥 Liaoningornis
†遼西鳥 Liaoxiornis?
†小反鳥 Microenantiornis
†副原羽鳥屬 Paraprotopteryx
†原羽鳥 Protopteryx
†原家洼鸟 Yuanjiawaornis
†伊比利亞鳥科 Iberomesornithidae
†长翼鸟科 Longipterygidae
†波羅赤鳥 ? Boluochia
†彎齒鳥 Camptodontornis
†長翼鳥 Longipteryx
†長嘴鳥 Longirostravis
†抓握鳥 Rapaxavis
†扇尾鳥 Shanweiniao
†盛京鸟 Shengjingornis
†大平房鳥 Dapingfangornis
†鵬鳥科 Pengornithidae
†石板鸟目 Lithornithiformes （可能为并系群 ）
†石板鸟科 Lithornithidae
†属 Calciavis
†副美洲鹫属 Paracathartes
†裂缝鸟属 fissuravis
†假䳍属 Pseudocrypturus
†石板鸟属 Lithornis
鸵鸟目 Struthioniformes
南方古颚类 Notopalaeognathae
美洲鸵鸟目 Rheiformes
†恐鸟目 Dinornithiformes
䳍形目 Tinamiformes
新平胸类 Novaeratitae
鹤鸵目 Casuariiformes
无翼鸟目 Apterygiformes
†隆鸟目 Aepyornithiformes
†齿翼鸟目 Odontopterygiformes
雁形类 Anserimorphae
†加斯顿鸟形目 Gastornithiformes
†加斯顿鸟科 Gastornithidae
?†驰鸟科 Dromornithidae
†维加鸟形目 Vegaviiformes
雁形目 Anseriformes
†冲突鸟属 Conflicto
†鴨翼鳥屬 Anatalavis
†属 Naranbulagornis
†普瑞斯比鸟科 Presbyornithidae
叫鸭科 Anhimidae鹊鹅科 Anseranatidae†副白眼鸭科 Paranyrocidae
鸭科 Anatidae†奥斯汀鸟属 Austinornis
†拟鸡科 Gallinuloididae
†拟鸡属 Gallinuloides
†似副鹑属 Paraortygoides
†副鹑科 Paraortygidae
†凯尔西塚雉科 Quercymegapodiidae
†凯尔西塚雉属 Quercymegapodius
†陶巴秧鸡属 Taubacrex
†属 Ameripodius
†森鸡科 Sylviornithidae
鸡形目 Galliformes
塚雉科 Megapodidae凤冠雉科 Cracidae雉总科 Phasianoidea
珠鸡科 Numididae齒鶉科 Odontophoridae雉科 Phasianidae†古咬鹃科 Archaeotrogonidae
夜鹰目 Caprimulgiformes
油鸱科 Steatornithidae裸鼻鸱科 Aegothelidae蟆口鸱科 Podargidae林鸱科 Nyctibiidae夜鹰科 Caprimulgidae雨燕目 Apodiformes
†崖雨燕科 Aegialornithidae
雨燕亚目 Apodi
蜂鸟亚目 Trochili
†Palescyvus
†科 Cypselavidae
†科 Jungornithidae
蜂鸟科 Trochilidae鸨形总目 Otidimorphae
蕉鹃目 Musophagidae
鸨形目 Otidiformes
鹃形目 Cuculiformes
鸽形总目 Columbimorphae
鸽形目 Columbiformes
沙鸡目 Pteroclidiformes
擬鶉目 Mesitornithiformes
†松滋鸟科 Songziidae
鹤亚目 Grui
鹤总科 Gruoidea
†科 Geranoididae
†科 Parvigruidae
秧鹤科 Aramidae喇叭鸟科 Psophiidae†始鹤科 Eogruidae
鹤科 Gruidae秧鸡亚目 Ralli
鸻形目 Charadriiformes
奇迹鸟类 Mirandornithes
火烈鸟目 Phoenicopteriformes
†江沙提克鸟 Juncitarsus
†科 Palaelodidae
火烈鸟科 Phoenicopteridae鸊鷉目 Podicipediformes
鹭形类 Ardeae
日鳽总目 Eurypygimorphae
日鳽目 Eurypygiformes
鹭鹤科 Rhynochetidae日鳽科 Eurypigidae鹲形目 Phaethontiformes
†原鹲科 Prophaethontidae
鹲科 Phaethontidae水鸟类 Aequornithes
潜鸟目 Gaviiformes
†属 Gaviella
†科 Colymboididae
潜鸟科 Gaviidae南极鸟类 Austrodyptornithes
鹱形目 Procellariiformes
†拟信天翁科 Diomedeoididae
信天翁科 Diomedeidae鹱科 Procellariidae鹈燕科 Pelecanoididae海燕科 Hydrobatidae企鹅目 Sphenisciformes
基干种类和未定种
企鹅科 Spheniscidae
鹳形目 Ciconiiformes
鲣鸟目 Suliformes
鹈形目 Pelecaniformes
鹈鹕科 Pelecanidae鹭科 Ardeidae鲸头鹳科 Balaenicipitidae锤头鹳科 Scopidae鹮科 Threskiornithidae麝雉目 Strigiformes
陆鸟类 Telluraves
非洲禽类 Afroaves
鹰形总目 Accipitrimorphae
美洲鹫目 Cathartiformes
†异鹫科 Teratornithidae
美洲鹫科 Cathartidae鹰形目 Accipitriformes
鹰科 Accipitridae蛇鹫科 Sagittaridae鹗科 Pandionidae鸮形目 Strigiformes
† 智鸮科 Sophiornithidae†原鸮科 Ogygoptyngidae
†科 Palaeoglaucidae
†原鸱鸮科 Protostrigidae
草鸮科 Tytonidae鸱鸮科 Strigidae佛法僧总目 Coraciimorphae
鼠鸟目 Coliiformes
穴鸟类 Cavitaves
鹃𫁡目 Leptosomiformes
真穴鸟类 Eucavitaves
咬鹃目 Trogoniformes
鴷翠鳥类 Picocoraciae
犀鸟目 Bucerotiformes
演化支 Picodynastornithes
南鸟类 Australaves
叫鶴目 Cariamiformes
†未定属 Elaphrocnemus
叫鶴科 Cariamidae†骇鸟科 Phorusrhacidae
†阿氏鸟科 Ameghinornithidae
†高鸟科 Bathornithidae
†异形鸟科 Idiornithidae
†萨米拉鸟科 Salmilidae
?†潜山鸟科 Qianshanornithidae 真隼形类 Eufalconimorphae
隼形目 Falconiformes
鹦雀总目 Psittacopasserae
鹦形目 Psittaciformes
雀形目 Passeriformes
刺鹩亚目 Acanthisitti
霸鹟亚目 Tyranni
鸣禽亚目 Passeri
琴鸟总科 Menuroidea
吸蜜鸟总科 Meliphagoidea
弯嘴鹛科 Pomatostomidae木鸫科 Orthonychidae其他基础谱系
鸦总科 Corvoidea
冠啄果鸟科 Paramythiidae啸冠鸫科 Psophodidae疣眼鹟科 Platysteiridae丛鵙科 Malaconotidae科 Machaerirhynchidae
钩嘴鵙科 Vangidae科 Pityriaseidae
燕鵙科 Artamidae斑啸鹟科 Rhagologidae雀鹎科 Aegithinidae山椒鸟科 Campephagidae科 Mohouidae
科 Neosittidae
科 Eulacestomidae
科 Oreoicidae
啸鹟科 Pachycephalidae伯劳科 Laniidae绿鹃科 Vireonidae黄鹂科 Oriolidae卷尾科 Dicruridae扇尾鹟科 Rhipiduridae王鹟科 Monarchidae鸦科 Corvidae拟鸦科 Corcoracidae科 Melampittidae
科 Ifritidae
极乐鸟科 Paradisaeidae雀下目 Passerida
莺总科 Sylvioidea
噪眉科 Leiothrichidae雀眉科 Pellorneidae画眉科 Timaliidae绣眼鸟科 Zosteropidae莺科 Sylviidae树莺科 Cettiidae科 Scotocercidae
科 Erythrocercidae
长尾山雀科 Aegithalidae科 Hyliidae
柳莺科 Phylloscopidae鹎科 Pycnonotidae燕科 Hirundinidae马岛莺科 Bernieridae蝗莺科 Locustellidae苇莺科 Acrocephalidae鹪眉科 Pnoepygidae扇尾莺科 Cisticolidae百灵科 Alaudidae黑顶鹪鹩科 Donacobiidae长嘴莺科 Macrosphenidae文须雀科 Panuridae斗鹎科 Nicatoridae鹟总科 Muscicapoidea
雀总科 Passeroidea
雀科 Passeridae岩鹨科 Prunellidae鹡鸰科 Motacillidae朱鹀科 Urocynchramidae梅花雀科 Estrildidae织布鸟科 Ploceidae维达雀科 Viduidae有9枚初级飞羽 的鸣禽
绿森莺科 Peucedramidae燕雀科 Fringillidae总科 Emberizoidea
拟黄鹂科 Icteridae森莺科 Parulidae科 Icteriidae
科 Phaenicophilidae
科 Zeledoniidae
科 Teretistridae
裸鼻雀科 Thraupidae科 Mitrospingidae
科 Rhodinocichlidae
科 Calyptophilidae
科 Nesospingidae
科 Spindalidae
美洲雀科 Cardinalidae鹀科 Emberizidae美洲鹀科 Passerellidae铁爪鹀科 Calcariidae 地位未定
可能为啄花鸟总科 Dicaeoidea
可能为太平鸟总科 Bombycilloidea
可能为山雀总科 Paroidea
可能为䴓总科 Sittoidea或旋木雀总科 Certhioidea
可能为单型总科
可能为单型总科
可能为戴菊总科 Reguloidea
以下各科虽有时被划为雀下目，但更可能是雀形亚目的基群。
科 Chaetopidae
科 Eupetidae
科 Modulatricidae
岩鹛科 Picathartidae叶鹎科 Chloropseidae鸲鹟科 Petroicidae林啸鹟科 Hylocitreidae和平鸟科 Irenidae丽星鹩鹛科 Elachuridae锺雀科 Cracticidae
^ Orders of Birds – IOC World Bird List . [2022-10-18 ] . （原始内容存档 于2022-11-13） （美国英语） . ^ IOCTree v2 (PDF) . [2022-10-18 ] . ^ Jarvis, E.D.; et al. Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds . Science. 2014, 346 (6215): 1320–1331. Bibcode:2014Sci...346.1320J PMC 4405904 PMID 25504713 doi:10.1126/science.1253451 ^ Yuri, T.; et al. Parsimony and Model-Based Analyses of Indels in Avian Nuclear Genes Reveal Congruent and Incongruent Phylogenetic Signals . Biology. 2013, 2 (1): 419–444. PMC 4009869 PMID 24832669 doi:10.3390/biology2010419 ^ Prum, R.O. et al . (2015) A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing . Nature 526, 569–573.
^ Wang M., Wang X., Wang Y., and Zhou Z. (2016). A new basal bird from China with implications for morphological diversity in early birds. Scientific Reports, 6 : 19700. doi :10.1038/srep19700 .
小纲
目
古颚下纲 （Paleognathae）
无翼鸟目 （Apterygiformes）
鹤鸵目 （Casuariiformes）
美洲鸵鸟目 （Rheiformes）
鸵鸟目 （Struthioniformes）
䳍形目 （Tinamiformes）
雞雁小綱 （Galloanserae）
雁形目 （Anseriformes）
鸡形目 （Galliformes）
新鸟小纲 （Neoaves）
鸊鷉目 （Podicipediformes）
鹱形目 （Procellariiformes）
鹈形目 （Pelecaniformes）
鹳形目 （Ciconiiformes）
隼形目 （Falconiformes）
鹤形目 （Gruiformes）
鸻形目 （Charadriiformes）
鸽形目 （Columbiformes）
雀形目 （Passeriformes）
鹦形目 （Psittaciformes）
鹃形目 （Cuculiformes）
鸮形目 （Strigiformes）
夜鷹目 （Caprimulgiformes）
雨燕目 （Apodiformes）
鼠鸟目 （Coliiformes）
咬鹃目 （Trogoniformes）
佛法僧目 （Coraciiformes）
鴷形目 （Piciformes）
犀鸟目 （Bucerotiformes）
鵑鴗目 （Leptosomatiformes）
麝雉目 （Opisthocomiformes）
企鹅目 （Sphenisciformes）
潜鸟目 （Gaviiformes）
叫鶴目 （Cariamiformes）
鲣鸟目 （Suliformes）
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