本頁面列出了病毒 的分類 ,包含病毒 以及類病毒 、普利昂蛋白 、卫星病毒 等亞病毒因子 。
由於病毒並不像其他生物能藉由交配產生後代,因此在種別的定義上與一般生物有所不同。
概论
ICTV 分类法
國際病毒分類委員會 (英文:International Committee on Taxonomy of Viruses,簡稱 ICTV)是国际微生物学联合会 (英文:International Union of microgical Societies)发展、改进和维护通用病毒分类的唯一机构,在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。第七届 ICTV 会议首次规范化了病毒物种 的概念,即病毒分类的分支层次中的最低分類單元 [ 1] 。分類的主要依據是病毒顆粒的特性、抗原特性與生物特性。
到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究,从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的,而来自环境中(如海水、大洋沉积物等)的病毒样品则大部分的序列都是全新的[ 2] 。
病毒分类从域开始,结构如下,分类后缀在括号中:[ 3]
域 Realm(-viria )
亚域 Subrealm(-vira )
界 Kingdom(-viriae )
亚界 Subkingdom(-virites )
门 Phylum(-viricota )
亚门 Subphylum(-viricotina )
纲 Class(-viricetes )
亚纲 Subclass(-viricetidae )
目 Order(-virales )
亚目 Suborder(-virineae )
科 Family(-viridae )
亚科 Subfamily(-virinae )
属 Genus(-virus )
亚属 Subgenus(-virus )
种 Species
物种名称通常以[疾病]病毒的形式出现,尤其是高等动植物。
ICTV 2023版分类表中总共有6个域、10个界、18个门、2个亚门、41个纲、81个目、11个亚目、314个科、200个亚科、3522个属、84个亚属与14690个种。除亚域、亚界和亚纲外,其他级别的分类单元都被使用。共有6个域、1个地位未定纲、22个地位未定科及2个地位未定属被承认[ 4] 。
巴尔的摩分类法
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的合成方式
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩 在1970年代提出了巴尔的摩分类系统[ 5] 。巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类[ 6] [ 7] [ 8] 。
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中,必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制,但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的 RNA 或 DNA ,可以有也可以没有反转录酶 。而且,单链RNA病毒可以是正义 (+)或反义(-)。这一分类法将病毒分为7类:
举一个病毒分类的例子:水痘 病毒,即带状疱疹病毒 ,属于疱疹病毒目 ,疱疹病毒科 ,甲型疱疹病毒亚科 ,水疱病毒属 ;同时,带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类,因为它是双链 DNA 病毒,且不含有反转录酶。
ICTV 2023版病毒分类表
此套分類系统与细胞生物 分类系统有许多共同特征,如分類單元 结构,但也存在一些差异,比如所有分类名称都使用斜体,这与国际藻类、真菌和植物命名法 及国际动物命名法 不同。
包含4界
洛布病毒界 Loebvirae 1门
桑格病毒界 Sangervirae 1门
称徳病毒界 Shotokuvirae 2门
科萨特病毒门 Cossaviricota 3纲
单环编码病毒门 Cressdnaviricota 2纲:编码复制相关蛋白的环状单链 DNA 病毒(Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses,CRESS DNA viruses)
特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1门
包含2界、2科、4属
正 RNA 病毒界 Orthornavirae 6门
双义病毒门 Ambiviricota
双链 RNA 病毒门 Duplornaviricota 3纲
金巨全病毒纲 Chrymotiviricetes 1目
加布里埃尔病毒目 Ghabrivirales 4科
亚目 Alphatotivirineae
科 Botybirnaviridae
金色病毒科 Chrysoviridae
科 Fusagraviridae
巨大双分RNA病毒科 Megabirnaviridae
科 Monocitiviridae
科 Orthototiviridae
科 Phlegiviridae
科 Pseudototiviridae
四组分病毒科 Quadriviridae
科 Spiciviridae
亚目 Betatotivirineae
科 Artiviridae
科 Giardiaviridae
科 Inseviridae
科 Lebotiviridae
科 Megatotiviridae
科 Ootiviridae
科 Pistolviridae
科 Yadonushiviridae
亚目 Gammatotivirineae
呼肠孤病毒纲 Resentoviricetes 1目
维达弗病毒纲 Vidaverviricetes 1目
黄色病毒门 Kitrinoviricota 4纲
光滑裸露病毒门 Lenarviricota 4纲
二十病毒纲 Amabiliviricetes 1目
豪厄尔镇病毒纲 Howeltoviricetes 1目
光滑病毒纲 Leviviricetes 2目
诺顿辛德病毒目 Norzivirales 4科
蒂莫西病毒目 Timlovirales 2科
病毒属 Grandbuvirus
病毒属 Mahrahovirus
病毒属 Nicedsevirus
病毒属 Nordovirus
病毒属 Skrubnovirus
密病毒纲 Miaviricetes 1目
負核糖病毒門 Negarnaviricota 2亚门
小 RNA 病毒超群门 Pisuviricota 3纲
双 RNA 病毒科 Birnaviridae
复制酶置换四体病毒科 Permutotetraviridae
葡萄孢菌病毒属 Botybirnavirus 1种
副RNA病毒界 Pararnavirae 1门
多真菌病毒科 Polymycoviridae
小节肢动物病毒科 Sarthroviridae
烟草坏死卫星病毒属 Albetovirus 3种
绿萝卫星病毒属 Aumaivirus
黍花叶卫星病毒属 Papanivirus
烟草花叶卫星病毒属 Virtovirus
包含2界
地位未定种类
地位未定纲:
地位未定科:
地位未定属:
卫星病毒 Satellite virus
单链核糖核酸卫星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
双链 DNA 卫星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
未定属
Satellite nucleic acid
Single-stranded satellite DNA
Double-stranded satellite RNA
Single-stranded satellite RNA
RNA satellite
未定属
Pospiviroidae
Pospiviroid
Hostuviroid
Cocadviroid
Apscaviroid
Coleviroid
未定属
Avsunviroidae
Avsunviroid
Pelamoviroid
Elaviroid
未定科
缺损干扰 RNA Defective Interfering RNA
Defective interfering particle
参考文献
^ Fields p. 27
As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A“polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are“universal”classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.
^ Delwart, E.L. Viral metagenomics. Rev. Med. Virol. . 2007, 17 (2): 115–131. PMID 17295196 . doi:10.1002/rmv.532 .
^ ICTV Code . talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses . [2020-04-26 ] . (原始内容存档 于2018-07-12).
^ Virus Taxonomy: 2020 Release . talk.ictvonline.org . International Committee on Taxonomy of Viruses . [2020-04-26 ] . (原始内容存档 于2020-03-20).
^ Baltimore, D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect. . 1974,. 70 Series: 57–74. PMID 4377923 .
^ van Regenmortel, M.H.; Mahy, B.W. Emerging issues in virus taxonomy. Emerging Infect. Dis. . 2004, 10 (1): 8–13. PMID 15078590 .
^ Mayo, M.A. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol. . 1999, 144 (8): 1659–1666. PMID 10486120 . doi:10.1007/s007050050620 .
^ de Villiers, E.M.; Fauquet, C.; Broker, T.R.; Bernard, H.U. & zur Hausen, H. Classification of papillomaviruses. Virology . 2004, 324 (1): 17–27. PMID 15183049 . doi:10.1016/j.virol.2004.03.033 .