두 노선 모두 2면 2선의 상대식 승강장[2]을 갖추고 있으며, 2호선은 지상 고가역과 7호선은 지하역이며, 승강장에는 스크린도어가 설치되어 있다. 2호선 승강장에는 난간형 스크린도어와 7호선 승강장에는 완전 밀폐형 스크린도어가 설치되어 있다. 출구는 모두 6개가 있다. 2호선의 경우 하차 후 개찰구를 통과하지 않고도 화장실을 이용할 수 있지만 7호선은 하차 후 개찰구를 통과해야 화장실에 갈 수 있다. 7호선 승강장에는 어린이대공원역처럼 안전펜스에 적외선 검지 방식 설비가 되어 있었으나, 실효성이 없어서 스크린도어로 대체하였다. 현재 7호선에는 한국스마트카드와의 협력을 통한 개방형 개찰구가 설치되어 있다.
↑7호선 승강장은 2000년 8월 1일에 건대입구 ~ 신풍 구간이 최종적으로 개통되기 전까지는 상선 승강장만을 사용하여 1면 1선으로 운영하였다. 그 이유는 이 역이 2000년 8월 1일까지 시·종착역으로 운영되었는데 남쪽으로는 고가가 이어지다 보니 구조상 회차선을 설치하는데에 무리가 있어서 건대입구역 진입 전에 회차선을 설치하여 이 선로를 이용해서 열차가 상선 승강장으로 바로 들어가는 패턴으로 운행했기 때문이다. 이 때문에 건대입구역 상선 승강장의 행선 안내기에서도 '이번 열차가 전 역을 출발하였습니다.'라고 표출했는데 지금이야 당연히 자양역에서 출발했다는 얘기지만 그 때 당시에는 어린이대공원역에서 출발했다는 말이었다.
