계속 승승장구하던 마침내 박준형은 2003년에 KBS 연예대상을 수상했는데, 지금까지의 수상자들은 대부분이 신동엽, 강호동처럼 버라이어티 진행자였던 것에 반해 수상자 중 유일무이하게 개그맨으로 연예대상을 받은 연예인이다.
그 후, MC, 방송인으로서의 활동도 하고 서울종합예술학교의 개그/MC과의 교수를 맡게 되었다. 그러나 그는 계속 《개그콘서트》를 떠나지 않고 '우비 삼남매', '마빡이', '사랑의 가족', '까다로운 변선생', '패션 7080' 등의 무수한 히트 코너에 출연하고 《개그콘서트》내에서도 가장 존경받는 대 선배로 자리매김한다.
그가 공전의 히트를 기록한 코너는 셀 수 없을 정도로 많은데 그 중 연예대상에서 최우수 작품상을 수상한 코너는 박준형의 생활 사투리, 사랑의 가족, 골목대장 마빡이 등이고 단일 개그맨의 최우수작품상 수상횟수도 그의 기록은 아직 깨지지 않을 수도 있다.
그가 그리 많은 코너를 히트시킬 수 있었던 원동력은 그가 개발한 "대학로 극장 시스템"에서 찾을 수 있는데 방송을 위한 개그를 미리 소극장에서 실험해보고 첨삭하는 과정을 계속 반복하는 형식이었다.
훗날 이 시스템은 많은 개콘후배들에게도 도움을 주었으며, 또 다른 공개코미디 《웃찾사》가 발전하는데도 크게 일조한다.
그러나 그는 콤비였던 정종철이 당시 개콘PD와의 불화로 출연정지를 당하게 되고 3개월뒤 《개그콘서트》를 떠나게되자 동생을 혼자 보낼수는 없다며 새로운 도전을 감행. 2008년 초 정종철, 오지헌과 함께 《개그콘서트》를 떠나 MBC 《개그야》, 《하땅사》등의 프로그램에 출연하였다.
2008년 3월 정종철과 오지헌MBC 개그맨 첫 데뷔 이래 처음으로 이적하여 데뷔 자리 옮기고 개그야로 출연하였는데 MBC TV 개그맨 콘테스트 6기 시험에 응시했으나[4] 탈락했다.
2011년에는 SBS의 신설 개그프로그램인 《개그투나잇》에서 강성범과 함께 공동 MC 역할을 맡아 소위 개그콘서트가 아니라 다른 방송의 코미디를 살리기 위해 노력했으며 강성범과 함께 SBS 공채 개그맨 5기에 응시했으나 본인(박준형)은 탈락했고[5] 본인(박준형) 외에도 정종철이 SBS 공채 5기에 응시했지만[6] 탈락하기도 했다.
2012년 《코미디빅리그》로 다시 둥지를 옮기고 새로운 개그실험을 하고 있는 그는 현재 공개방송 코미디를 하고있는 모든 개그맨 중 유일하게 방송3사 코미디를 다 경험한 개그맨이고 동기이자 절친인 개그맨박성호와 함께 공개 코미디 서열 1위에 올라있다.