Тој се вклучил во организираните активности за заштита на правата на Македонците во Бугарија во февруари 1990 година, на возраст од 16 години и бил еден од учесниците на првиот македонски протест во Софија во март 1990 година по падот на комунизмот. Бил член и активист на ОМО Илинден во периодот 1990-1996 година. Во 1997 година земал активно учество во процесите на обединување на македонското движење, што довело до формирање на ОМО Илинден - ПИРИН. Во 2004 година е избран за копретседател, а од 2006 година е копретседател на ОМО Илинден-ПИРИН. Бил задолжен за односи со медиумите и меѓународните односи и како таков во овој период учествувал во повеќе изјави, интервјуа, средби со странски дипломати, организации за човекови права, меѓународни комисии и политичари.[1]
Како претставник на Македонците од Бугарија, пратеник на ОМО Илинден - ПИРИН и весникот Народна Волја, посетил повеќе земји и разговарал со многу македонски организации и Македонци во САД, Канада, Австралија и други.[1] Во 2016 година во име на ОМО Илинден - ПИРИН, одржал прес-конференција во Европскиот парамент, каде ги запознал со проблемите што ги имаат малцинствата во Бугарија. И со кусиот рок со кој располагале за ова излагање, успеале да добијат поддршка на 141 пратеник и да ги информираат европските депутати дека во Бугарија постои и македонско малцинство, дека има проблеми со малцинствата, дека има и една партија на која и покрај тоа што е демократска и ги исполнува сите законски услови, државата не ѝ дозволува да дејствува легално.[4]
Докторска дисертација
Докторската дисертација со наслов „Поимите „Словени“ и „Бугари“ во Македонија и Бугарија од VII до XIII век (феномен и значење)“ ја напишал во Бугарија, а ја одбранил во Скопје на 17 јануари2013 година пред комисија составена од еден академик (акад.д-р Ѓорѓи Поп-Атанасов), тројца професори (проф.д-р Коста Аџиевски, проф.д-р Александар Атанасовски и проф.д-р Бобан Петровски) и еден вонреден професор. Докторската дисертација на Стојко Стојков претставува значаен научен придонес во македонското средновековни студии и придонесува за расветлување на многу прашања од македонската средновековна историја (624 страници труд со преку 2500 фусноти).[1]
Новинарство
Во 2003 година почнал да соработува со весникот „Народна Волја“, а од април 2007 година станал заменик-главен уредник на овој македонски весник. Како новинар го создал и организирал објавувањето на билтенот „Македонски глас“ и активно учествувал во изработката на речиси сите материјали на партијата. Стојков продолжил по истиот пат и во научната и новинарската област, како и во движењето за заштита на правата на Македонците во Бугарија.[1]
(2021) Многуимените други: Македонија како пресечна точка на другоста на средновековниот Балкан. Во: Прилози за историјата на Македонија и македонската култура. МАНУ, Скопје, стр. 147-165. ISBN 978-608-203-316-7
(2020) Persecution of “Non-Existent”: Repression of Macedonians in Bulgaria during the Communist Period (1944 – 1989). Во: Macedonia & its Questions. Studies on Language and Culture in Central and Eastern Europe (34). Peter Lang, Berlin, pp. 205–255. ISBN 978-3-631-81911-1
(2018) Свети Климент: Од Епископа словýнска до επισκοπου βουλγαριασ. Трансформација во разбирањето на категориите Словени и Бугари во византиските извори. Во: Милениумското зрачење на Св. Климент Охридски Скопје, 28 – 29 октомври 2016 година Скопје. МАНУ, Скопје, pp. 219–238. ISBN 978-608-203-228-3
(2021) За македонците се говори – с тях не се говори - Българо-македонската историческа война. Marginalia.
(2021) The continuation of communist-era totalitarian policies in the European Union: the case of Bulgaria, the Macedonian minority and Macedonia’s EU integration. Security Dialogues, 12 (1). pp. 49–67. ISSN 1857-7172
(2020) From ‘Nations’ to ‘Archontias’ (II) Terms ‘Sclavinia’ and ‘Sclavoarchontia’ and Incorporation of Balkan Slavs in Byzantium. Slověne, International journal of Slavic studies, 9 (2). pp. 7–37. ISSN 2305-6754
Butusova, Natalija and Stojkov, Stojko (2020) Subjective and objective in the national self-identification of Macedonians in Bulgaria. Balkan Social Science Review, 16. pp. 227–245. ISSN 1857-8772
(2019) Македонско малцинство няма и не може да има“. Докога!? (Недостигащата гледна точка). Маргиналия.
(2019) Самопризнания: Атанас Шопов за положението в Македония. Народна волја (8 - 12). p. 10. ISSN 1310-4136
(2019) За дебатите, блатото и догматите. Народна волја (10-11). p. 5. ISSN 1310-4136
(2019) Историята като палачинка. Народна волја (4-7). p. 10. ISSN 1310-4136
(2019) Идентитет, наука и политика: идеите за етногенеза во македонската медиевистика 1944 – 1991 (II): Интерпретација на етногенезата во трудовите на македонските медиевисти во 1970-те и 1980-те. Review of the Institute of History and Archaeology RIHA, 6 (1). ISSN 2671-3144
(2019) Some Observations on the Appearance and Use of the Term Sclavinia in the Middle Ages. Гласник на институтот за национална историја, 63 (1-2). pp. 33–58. ISSN 0583-4961
(2019) The term Sclavinia in Byzantine sources:Re-examination of the chronological framework. Monumenta, 4. pp. 413–435. ISSN 1857-999x
Stojkov, Stojko and Butusova, Natalija (2018) О проблемах гарантирования прав македонского национального меньшинства в Болгарии. Сравнительное конституционное обозрение, 124 (3). pp. 15–32. ISSN 1812-7126
(2018) МПЦ меѓу бермудскиот триаголник на православниот етнофилетизам и маѓепсаниот круг на очајот. Народна воля македонски вестник за теория, история, култура и изкуство.
(2018) „Склавинија“ кај Теофилакт Симоката. Историја, 53 (1). pp. 15–40. ISSN 0579-0263
(2018) Отрицание на отрицателите. Да погледнем истината в очите. Народна волја (4-12). p. 10. ISSN 1310-4136
(2018) Идентитет, наука и политика: идеите за етногенеза во македонската медиевистика 1944 – 1991. I. Развој на идеите за етногенезата од 1949 до 1970-те години. Review of the Institute of History and Archaeology RIHA, 5 (1). pp. 42–66. ISSN 2671-3144
(2018) Царство, етницитет, наследства, интерпретации: Самoиловото царство меѓу националните митови и научните контроверзии. 1000 години од битката на Беласица и од смртта на цар Самоил. pp. 113–138. ISSN 978-9989-159-78-7
Стојко Стојков и Верица Јосимовска (2017) Идеите за етногенеза на македонскиот народ пред 1944. Review of the Institute of History and Archaeology, RIHA, 4 (1). pp. 80–93. ISSN 2671-3144 eISSN: 2671-3152 (In Press)
(2017) Планирање на минатото - сонување на иднината: народи, етногенези и политика во бугарската и македонската медиевистика. 70години институт за историја - 70 години македонска историографија. pp. 177–216.
(2017) Свети Климент како наш и каков? Meѓународна научна конференција Климентово дело. pp. 175–194. ISSN ISBN 978-608-244-404-8
Josimovska, Verica and Stojkov, Stojko (2016) Organization of illegal sanitation service in Macedonia during the WWII. Review of the Institute of History and Archaeology, RIHA, 3 (1). pp. 117–131. ISSN 2671-3144 eISSN: 2671-3152
(2016) Изучувањето на македонската национална историја во бугарските училишта. Состојби, предизвици и перспективи во воспитанието и образованието во Република Македонија: зборник на трудови. ISSN 78-608-242-037-0
Stojkov, Stojko and Butusova, Natalija (2016) Государственная национальная политика как гарантия национального самоопределения (на примере России и Болгарии). Современное общество и право, 23 (2). pp. 91–99.
Стојко Стојков и Наталија Бутусова (2016) За гаранцијата на правата на македонското национално малцинство во Бугарија. Proceedings, International scientific conference Social change in the global world (2). ISSN ISBN 978-608-244-353-9
Стојко Стојков и Верица Јосимовска (2016) Организирање на илегалната санитетска служба на територијата на Македонија в време на НОБ. Review of the Institute of History and Archaeology, RIHA, 3 (1). pp. 117–131. ISSN 2671-3144 eISSN: 2671-3152
Стојко Стојков и Тевдовски Љубен (2016) Некои прашања во врска со бугарскиот поход против Берзитија. Review of the Institute of History and Archaeology, RIHA , 3 (1). pp. 90–109. ISSN 2671-3144 /e: 2671-3152
(2016) Концепции за решавање на Македонското прашање на страните на весникот Пиринско дело (1945 – 1947). Гласник на институтот за национална историја, 1 (60). pp. 225–248. ISSN 0583-4961
(2016) Македонското малцинство во Бугарија од признавање кон негирање 1948 – 1989. Годишен зборник на ФОН, 6 (1). pp. 67–86.
(2016) Јазик Словенски во старословенските текстови (IX – XIV век). Историја, Здружение на историчарите на Република Македонија, 50/51 (1). pp. 121–146. ISSN 0579-0263
(2015) Фикцијата на објективните критериуми против правото на самоопределување: примерот на македонското малцинство во Бугарија. Зборник на научни трудови, Втора научна меѓународна конференција Општествени промени во глобалниот свет, 03-04 септ. 2015, Штип, 2. pp. 660–676. ISSN 978-608-244-267-9
(2015) Македонское меньшинство в Болгарии и бессилие международной правозащитной системы. Человек в глобальном мире, материалы Международной научной конференции (Воронеж, 18–20 мая 2015 г.). ISSN ISBN 978-5-9273-2207-7
(2015) По следите на истината или опит за прехвърляне на вината?! Makedonski glas, 35-36. pp. 13–15.
(2015) Фалшификация или актуализация на паметта? Народна воля македонски вестник за теория, история, култура и изкуство (12-4). pp. 10–11.
(2015) Bitola plate - dilemmas and interpretations. Самуиловата држава во историската, воено-полиитчката, духовната и културната традиција на Македонија, 2. pp. 80–105. ISSN ISBN 978-608-65524-6-6
(2015) Бугарскиот етнос и мултиетничка Бугарија: константа и еволуција на сфаќањата во византиските извори во X век. Гласник, 59 (1-2). pp. 63–86. ISSN 0583-4961
(2014) Национални мистификации – от песента до смъртта. Народна волја македонски вестник за теория, история, култура и изкуство, 12. pp. 10–11.
(2014) Крунисувањето на Самуил за цар и митот за царот евнух. Гласник на институтот за национална историја, 58 (1-2). pp. 73–92. ISSN 0583-4961
↑ 1,01,11,21,31,41,5„НАРОДНА ВОЛЈА“. web.archive.org. 2019-04-04. Архивирано од изворникот на 2019-04-04. Посетено на 2022-01-28.CS1-одржување: бот: непознат статус на изворната URL (link)
