На карте профессора С. С. Куторги 1852 года обозначена как деревня Пустомержа (Грызова)[4].
ПУСТОМЕРЖИ МАЛЫЕ — деревня графини Зубовой, 10 вёрст почтовой, а остальное по просёлочной дороге, число дворов — 9, число душ — 23 м. п.[5] (1856 год)
МАЛЫЕ ПУСТОМЕРЖИ — деревня, число жителей по X-ой ревизии 1857 года: 24 м. п., 24 ж. п., всего 48 чел.[6]
МАЛАЯ ПУСТОМЕРЖА — мыза владельческая при реке Нейме, по левую сторону Рожественского тракта, число дворов — 5, число жителей: 14 м. п., 12 ж. п.[7] (1862 год)
Деревня Малая Пустомержа на карте 1863 года
Согласно карте из «Исторического атласа Санкт-Петербургской Губернии» 1863 года, река на которой стояла деревня Малая Пустомержа называлась Пустомержа[8].
МАЛЫЕ ПУСТОМЕРЖИ — деревня, по земской переписи 1882 года: семей — 9, в них 34 м. п., 36 ж. п., всего 70 чел.[6]
МАЛАЯ ПУСТОМЕРЖА (ГРЫЗОВА) — деревня бывшая владельческая при реке Чёрной, дворов — 7, жителей — 45. Лавка[9]. (1885 год)
Согласно материалам по статистике народного хозяйства Ямбургского уезда 1887 года, имение при селении Малая Пустомержа площадью 452 десятины принадлежало купцу И. А. Семёнову, имение было приобретено в 1875 году за 8000 рублей[10].
По земской переписи 1899 года:
МАЛЫЕ ПУСТОМЕРЖИ — деревня, число хозяйств — 8, число жителей: 28 м. п., 26 ж. п., всего 57 чел.; разряд крестьян: бывшие владельческие; народность: русская[6]
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Ястребинской волости 1-го стана Ямбургского уезда Санкт-Петербургской губернии.
По данным «Памятной книжки Санкт-Петербургской губернии» за 1905 год отрез земли деревни Малая Пустомержа принадлежал царскосельскому купцу 2-й гильдии Исааку Александровичу Семёнову[11].
Согласно топографической карте 1930 года деревня называлась Пустомержа (Грызово) и насчитывала 14 дворов. В деревне на реке Пустомержа находилась водяная мукомольная мельница.
По данным 1933 года деревня Малая Пустомержа входила в состав Пустомержского сельсовета Кингисеппского района[13]
Согласно топографической карте 1938 года деревня насчитывала 26 дворов[14].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня Малая Пустомержа также находилась в составе Пустомержского сельсовета[15][16][17].
В 1997 году в деревне Малая Пустомержа проживали 7 человек, в 2002 году — 5 человек (русские — 80 %), в 2007 году — 9[18][19][20].
География
Деревня находится в восточной части района на автодороге 41А-002 (Гатчина — Ополье), к югу и смежно с деревней Онстопель.