На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года упоминается как деревня Среднее-Село[6].
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня принадлежит тайному советнику Блоку, число жителей по ревизии: 45 м. п., 47 ж. п. (1838 год)[7]
Деревня Среднее Село обозначена на карте Ф. Ф. Шуберта 1844 года[8].
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня дочери штабс-капитана Блока, 10 вёрст по почтовой, а остальное по просёлочной дороге, число дворов — 10, число душ — 29 м. п.[9] (1856 год)
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня, число жителей по X-ой ревизии 1857 года: 29 м. п., 40 ж. п., всего 69 чел.[10]
Деревня Среднее Село на карте 1860 года
Согласно «Топографической карте частей Санкт-Петербургской и Выборгской губерний» в 1860 году деревня Среднее Село насчитывала 17 дворов, к юго-востоку от деревни на реке Хревица находилась Мыза помещицы Эллертовой[11].
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня владельческая при колодце, по правую сторону реки Луги, число дворов — 12, число жителей: 44 м. п., 48 ж. п.; Часовня православная[12]. (1862 год)
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня, по земской переписи 1882 года: семей — 15, в них 39 м. п., 38 ж. п., всего 77 чел.[10]
СРЕДНЕЕ СЕЛО — деревня, число хозяйств по земской переписи 1899 года — 17, число жителей: 39 м. п., 53 ж. п., всего 92 чел.; разряд крестьян: бывшие владельческие; народность: русская[10]
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Ястребинской волости 1-го станаЯмбургского уезда Санкт-Петербургской губернии.
С 1923 по 1927 год деревня Среднее Село входила в состав Среднесельского сельсовета Ястребинской волости Кингисеппского уезда.
С февраля 1927 года в составе Кингисеппской волости. С августа 1927 года в составе Кингисеппского района[14].
По данным 1933 года деревня Среднее Село являлась административным центром Среднесельского сельсовета Кингисеппского района, в который входили 11 населённых пунктов: деревни Верцы, Ветки, Забелье, Киноши, Муравейно, Поречье, Среднее Село, Сягло, Юрка; посёлок Н. Лелинский и хутор Ивановские, общей численностью населения 916 человек[15].
По данным 1936 года в состав Среднесельского сельсовета входили 13 населённых пунктов, 221 хозяйство и 8 колхозов. Административным центром сельсовета была деревня Ивановское[16].
В 1939 году население деревни Среднее Село составляло 175 человек[14].
Деревня Ветки на карте 1940 года
Согласно топографической карте РККА 1940 года деревня насчитывала 16 дворов. В центре деревни находилась школа.
C 1 августа 1941 года по 31 января 1944 года деревня находилась в оккупации[17].
С 1954 года в составе Пустомержского сельсовета.
В 1958 году население деревни Среднее Село составляло 71 человек[14].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня Среднее Село также находилась в составе Пустомержского сельсовета Кингисеппского района[18][19][20].
В 1997 году в деревне Среднее Село проживали 58 человек, в 2002 году — 51 человек (русские — 88 %), в 2007 году — 61[21][22][23].