У 1990 та 1991 роках їздив до Німеччини, США і Канади, де зустрічався з діячами української діаспори, працював в архівах УВАН. Сергій Білокінь був дійсним членом УВАН (2006) та Академії наук вищої школи України.
Був упорядником, науковим редактором і автором переднього слова до першого тому другого, уточненого чотиритомного видання Української малої енциклопедії, що вийшов 2016 року у київському Університетському видавництві «Пульсари».
Білокінь С. І. Двадцять років «єврейської державності» в Україні, 1918-38 // Сучасність. — 2004. — Лютий. — Ч. 2 (514). — С. 63—70. Посилання [Архівовано 28 листопада 2021 у Wayback Machine.]
Білокінь С. Автокефальний протоієрей Кирило Стеценко // Україна. Наука і культура / Академія наук УРСР; Тов-во «Знання» УРСР. — Київ, 1991. — Вип. 25. — С. 318—326.
Білокінь С. Видавнича діяльність товариства «Друкарь» // Пам'ятки України: історія та культура: науково-популярний ілюстрований журнал / М-во культури і туризму України. — Київ, 2012. — № 4 (174). — С. 20—37.
Голод 1932—1933 років в Україні: причини та наслідки / С. І. Білокінь, О. М. Веселова, Т. В. Вронська, О. І. Ганжа, В. В. Головко та ін.; Відп. ред. В. М. Литвин. — Київ: Наукова думка, 2003. — 888 с.
Білокінь С. І. Закоханий у вроду слів / С. І. Білокінь. — Київ, 1990. — 42 с.
Збірник пам'яті українського бібліографа Федора Максименка = A collection dedicated to the memory of Ukrainian bibliographer Fedir Maksymenko / МОНУ ; ЛНУ ім. Івана Франка, Наукова бібліотека ; [упоряд.: Г. Домбровська, Л. Панів ; редкол.: В. Кметь (голова), С. Білокінь, Я. Дашкевич та ін.]. — Львів: [Коло], 2008. — 364 с.
Білокінь С. Із практики поекземплярного дослідження українських совєцьких видань // Записки Львівської наукової бібліотеки ім. В. Стефаника: збірник наукових праць / Львівська наукова бібліотека ім. В. Стефаника. — Львів, 2008. — Вип. 1 (16). — С. 223—236.
Білокінь С. Із старого листування: Віктор Олександрович Романовський, 1890—1971 рр. // Спеціальні історичні дисципліни: питання теорії та методики: збірка наукових праць / НАН України, Ін-т історії України. — Київ, 2004. — Числ. 11, ч. 2 : До 10-річчя заснув. відділу спец. іст. дисциплін Ін-ту історії України НАН України. — С. 84—120.
Крути. Січень 1918 року: документи, матеріали, дослідження, кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут» ; упоряд. Я. Гаврилюк ; [ред. кол. : Білокінь С. І., Брюховецький В. С., Гаврилюк Я. Д. та ін.]. — Київ: Просвіта, 2008. — 840 с.
Крути. Січень 1918 року: док., матеріали, дослідж., кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут» ; упоряд. Я. Гаврилюк ; [редкол.: Білокінь С. І. (голова) та ін.]. — Вид. 2-ге випр. і допов. — Київ: Просвіта, 2010. — 879 с.
Білокінь С. Крутяни // Крути. Січень 1918 року: док., матеріали, дослідж., кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут» ; упоряд. Я. Гаврилюк ; [редкол.: Білокінь С. І. (голова) та ін.]. — Вид. 2-ге випр. і допов. — Київ: Просвіта, 2010. — С. 709—731.
Білокінь С. Масовий терор як засіб державного управління в СРСР (1917—1941 рр.): Джерелознавче дослідження / С. Білокінь; НАН України. — Київ, 1999. — 448 с. — (Україна у ХХ ст. ; Т.1).
Білокінь С. Микола Зеров // Літературна Україна: газета письменників України. — Київ, 2013. — 25 квітня (№ 17). — С. 8—9.
Михайло Драгоманов. Бібліографія (1861—2011) / КНУТШ, Наукова б-ка ім. М. Максимовича ; [упоряд. : Мороз М. О., Короткий В. А., Тіщенко І. І., Гриценко І. С., Білокінь С. І. ; редкол. : Гриценко І. С. (гол.), Драгоманова Н. С., Короткий В. А., Нестеренко В. Г., Пшеничний Є. В., Тіщенко І. І. та ін.]. — Дрогобич: Коло, 2011. — 740 с.
Білокінь С. Місце Федора Ернста в історії культури XX ст. // Пам'ятки України: історія та культура: науково-популярний ілюстрований журнал / М-во культури України. — Київ, 2012. — № 10 (180): До 120-річчя від дня народження Федора Ернста. — С. 4—19.
Білокінь С. На зламах епохи. Спогади історика / НАН України; Ін-т історії України; Сергій Білокінь. — Біла Церква: Видавець Олександр Пшонківський, 2005. — 336 с.
Білокінь С. І. На шляхах інституціоналізації: до соціальної історії гуманітарних наук в Україні, XX ст. / Сергій Білокінь ; за ред. Остапа Ханка. — Київ : Видавець Остап Ханко, 2009. — 40 с.
Білокінь С. Неопублікована Шевченкознавча студія Дмитра Антоновича // Студії мистецтвознавчі / НАН України, Ін-т мистецтвозн., фольклористики та етнології ім. М. Т. Рильського. — Київ, 2011. — Ч. 2 (34): Архітектура. Образотворче та декоративно-вжиткове мистецтво. До 197-ї річниці від дня народження і 150-х роковин від дня смерті Тараса Шевченка. — С. 105—114.
Політичні репресії в Україні (1917—1980-ті рр.): бібліографічний покажчик / НАН України ; Головна редакційна колегія науково-документальної серії книг «Реабілітовані історією» ; Відділ з розробки архівів ВУНК-ДПУ-НКВС-КДБ ; [упоряд. : С. Калитко, О. Рубльов, Р. Подкур ; авт. вступ. статей: С. Білокінь, Р. Подкур, О. Рубльов]. — Київ ; Житомир: Полісся, 2007. — 456 с.
Білокінь С. Починався на Печерську // З іменем Святого Володимира: Київський університет у документах, матеріалах та спогадах сучасників: у 2 кн. / [упоряд. В. Короткий, В. Ульяновський]. — Київ: Заповіт, 1994. — Кн. 1. — C. 222.
Білокінь С. І. Православні єпархії України 1917—1941 рр. // Історико-географічні дослідження на Україні: Збірник наукових праць / Шевченко Ф. П. — Київ: Наукова думка, 1992. — С. 100—120.
Білокінь С. І. Представник школи С. Г. Навашина в Америці (до 100-річчя від дня народження Л. Д. Зафійовської) / С. І. Білокінь, В. Ф. Лапчик // Вісник Київського національного університету імені Тараса Шевченка / Київський національний університет імені Тараса Шевченка. — Київ, 2001. — С. 77—78.
Спадщина: Літературне джерелознавство. Текстологія / НАН України, Ін-тут літератури ім. Т. Г. Шевченка ; [редкол. : С. Білокінь, В. Бородін, Г. Бурлака та ін. ; відп. ред. Г. Бурлака]. — Київ: Фоліант. — Том 3. — 2007. — 479 с.
Білокінь С. «Споличив легкість і літературну вправність викладу із вдумливою аналізою…» // Слово і час: науково-теоретичний журнал / НАН України; Ін-т літератури ім. Т. Г. Шевченка; Національна спілка письменників України. — Київ, 2010. — № 6 (594). — С. 20—35.
Білокінь С. Тарас Шевченко й Гетьманщина // Слово і час: науково-теоретичний журнал / НАН України ; Ін-т літератури ім. Т. Г. Шевченка ; Нац. спілка письменників України. — Київ, 2012. — № 9 (621). — С. 3—17.
↑Сергій Білокінь. Клуб творчої молоді "Сучасник" (1960-1965):. [інавґураційна лекція Почесного професора Національного університету "Києво-Могилянська академія" Сергія Білоконя, виголошена 1 вересня 2012 року]. Архів оригіналу за 28 жовтня 2016. Процитовано 28 жовтня 2016. [Архівовано 2016-10-28 у Wayback Machine.]
↑Заявление Ассоциации еврейских организаций и общин (Ваада) Украины в связи с инаугурационной лекцией Сергея Белоконя в НаУКМА //Президиум Ваада Украины, сентябрь 2012
↑Аксинья Куріна. Крепчает(рос.). Архів оригіналу за 18 жовтня 2017. Процитовано 18 жовтня 2017.