У 1919 році на річках Камі, Білої і Уфі флотилія підтримувала 2-гу, 3-тю та 5-ту армії при обороні проти військ Колчака, а також у контрнаступі. Вона брала участь у взятті міст Чистополь і Сарапул, забезпечувала переправи частин Червоної Армії через Білу і Уфу.
У липні 1919 року у зв'язку з тим, що частини Білої Гвардії відступили на Урал, Волзька військова флотилія була об'єднана з Астрахансько-Каспійською військовою флотилією утворивши Волзько-Каспійську флотилію.
Склад флотилії
Всього флотилія мала:
Друга світова війна
Сформована 27 жовтня 1941 року з кораблів навчального загону. Головна база — місто Ульяновськ. 25 липня 1942 року оголошена діючим об'єднанням, і оперативно підпорядкована командувачеві Сталінградським фронтом. На цей момент до її корабельного складу входили:
— окрема бригада тралення (п'ять дивізіонів тральщиків).
Бригада підпорядковувалася безпосередньо командувачу флотилії, з військами взаємодіяла через начальника інженерних військ фронту;
— група кораблів річки Ахтуба у складі чотирьох бронекатерів; командирові групи оперативно підпорядковувалися канонерські човни «Усиськин» і «Чапаєв», сама група оперативно підпорядковувалася 62А і безпосередньо взаємодіяла з 124-ю стрілецькою бригадою.
До початку Сталінградської битви флотилія проводила тралення фарватеру від мін, проводку судів, відбиття атак ворожої авіації на цивільні судна. З початком Сталінградської битви флотилія оперативно підпорядковувалася командуванню Сталінградського фронту.
У ході битви флотилія надавала частинам Червоної Армії, що обороняються, вогневу підтримку, висаджувала десанти, переправляла частини Червоної Армії, зброю, боєприпаси і продовольство в місто, вивозила із Сталінграду поранених, жінок і дітей.
У складі флотилії були 2 бронекатери, які мали на озброєнні реактивні мінометні установки, виконували завдання «Катюш». За час Сталінградської битви флотилія втратила 3 бронекатери, два з яких були потоплені при висадці десанту, а один при знятті десанту. В той же час за два місяці бойових дій з мобілізованих цивільних судів противником було потоплено 18 пароплавів і 6 пасажирських катерів, а також 12 катери-тральщиків і 6 напівглісерів.
В ході битви флотилією в місто було доставлено близько 90 000 солдатів і офіцерів, 13 000 тонн вантажів. З міста було евакуйовано 52 000 чоловік.
Бубеннов М., Валеев А. «Освобождение Казани от белоинтервентов в 1918 г.» Казань, Татгосиздат, 1939
Варгин Н. Ф. "Комиссар Волжской флотилии (герой гражданской войны Н. Г. Маркин)., М., Госполитиздат, 1961
Васильев В. «Вспоминая героическое прошлое». — «Волжская вахта», 1958, 24 июня
Вишневский В. «БОевая правда о действиях Волжской флотилии на реке Волге, Каме и Белой». — «Морской сборник», 1924, № 8,9
«Военные моряки на фронтах гражданской войны». Военмориздат, 1939
«Вспоминая былые походы. Сборник воспоминаний ветеранов Волжской военной флотилии» (1918–1920), Волго-Вятское книжное издательство, 1968 г.
Давыдов О. «В боях за Волгу». — «Волжская вахта». 1958, 25 марта.
Жадаев Ф. «Десант в Кара-Кумах.» — «Горьковский рабочий», 1958, 2 ноября
Исаев Алексей «Сталинград. За Волгой для нас земли нет.» «Яуза. ЭКСМО.» ISBN 978-5-699-26236-6
Колбин И. Н. «Борьба за Волгу и Каму в 1918 г.» Огиз, «Молодая гвардия», 1931 г.
Колбин И. Н. «Поход Волжской флотилии», — «Правда», 1935, 3 января.
Корягин Г. «Боевой путь», — «Горьковская правда», 1918, 11 июня
Леонтьев А. «Волжская военная флотилия в борьбе с контрреволюцией». — В кн.: «Очерки по истории Октябрьской революции в Нижегородской губернии». Н. Новгород, Истпартотдел губкома ВКП(б), 1928, стр. 88-168
Мордвинов Р. Н. "Волжская военная флотилия в гражданской войне (1918–1920 гг.), Москва, Военмориздат, 1952
Мордвинов Р. Н. «Курсом „Авроры“. Формирование советского Военно-Морского Флота. Начало его боевой деятельности (ноябрь 1917 — март 1919)». М., Воениздат 1962 г. (О Волжской военной флотилии — гл. 3 и 4)
Новожилов А. «Там, где вооружалась флотилия». — «Горьковский рабочий», 1958, 20 июня.
Савин М. «Комиссар флотилии». Пенза, 1957
Сутырин С. «Балтийцы на Волге». (Воспоминания). — «Горьковская правда», 1957, 26 октября.
Фролов Ф. «Комсомольцы-кожановцы». — «Горьковская правда», 1958, 21 февраля.
«Этих дней не смолкнет слава». М. «Речной транспорт», 1958