Невдовзі після єпископа смерті навчальний процес зупинили. Причинами занепаду університету були поряд з недостатнім фінансуванням та вбивством канцлера університету його камердинером також скарги на розпусний спосіб життя студентів.
Повторно заснований у 1582 році князем-єпископом Юліусом Ехтером фон Меспельбрунном (1545—1617). Цього разу фінансування стало надійнішим, а приписи студентам строгішими. З медичним факультетом було об'єднано великий Юліанський шпиталь. У 1596 році, зокрема, університет був навчальним закладом під опікою ордену єзуїтів.[21]
Університет носить два ім'я — засновника, князя-єпископа Юліуса та курфюрста (згодом короля) Баварії Максиміліана I, при якому університет було секуляризовано.
Наприкінці XIX століття в бібліотеці університету було близько 10 000 томів. Студентів (1889) — 1588 осіб. При Університеті було засновано «Вегнерівське зібрання предметів витончених мистецтв», міську картинну галерею та нумізматичний кабінет.
У 1895 році у Вюрцбурзькому університеті Рентген відкрив X-промені.
Сучасний стан
Стара будівля університету
У 2007/2008 навчальному році понад 20 тисяч студентів (з них 58 % жінок). Бюджет близько 250 мільйонів євро. Член Коїмбрської групи та асоціації German U15.
Bärmig, Henning. Die Personalbiographien der an der Medizinischen Fakultät der Alma Mater Julia zu Würzburg von 1582–1803 lehrenden Professoren mit biographischen Angaben. Medizinische Dissertation Erlangen 1969.
Lebensbilder bedeutender Würzburger Professoren. Degener, Neustadt an der Aisch 1995 (= Quellen und Beiträge zur Geschichte der Universität Würzburg. Band 8).
Süß, Peter A. Grundzüge der Würzburger Universitätsgeschichte 1402–2002. Eine Zusammenschau. Degener, Neustadt an der Aisch/Rothenburg ob der Tauber 2007 (= Quellen und Beiträge zur Geschichte der Universität Würzburg. Band 10).
Süß, Peter A. Kleine Geschichte der Würzburger Julius-Maximilians-Universität. Würzburg: Ferdinand Schöningh, 2002.
TU9 — асоціація технічних університетів TU9 (Technischer Universitäten in Deutschland). U15 — асоціація дослідницьких і медичних університетів German U15 (Universitäten in Deutschland).