У переліку після дати призначення або звільнення з посади зазначено номер відповідного Указу Президента України, для періоду з 2006 р. до 2010 р. і з 2014 р. — постанови або розпорядження Кабінету Міністрів України (зазначені в примітках).
Перші заступники
Біжан Іван Васильович (27 травня 1992 р., № 309 — 24 березня 1993 р., № 101/93; 14 березня 1996 р., № 183/96 — 8 лютого 2002 р., № 114/2002)
Собков Василь Тимофійович, начальник Головного штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України (4 червня 1992 р., № 327 — 25 вересня 1992 р., № 484/92)
Лопата Анатолій Васильович, начальник Головного штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України / начальник Генерального штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України (24 березня 1993 р., № 97/93 — 10 лютого 1996 р., № 125/96)
Затинайко Олександр Іванович, начальник Генерального штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України (12 березня 1996 р., № 178/96 — 30 вересня 1998 р., № 1082/98)
Шкідченко Володимир Петрович, начальник Генерального штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України (30 вересня 1998 р., № 1083/98 — 13 листопада 2001 р., № 1072/2001)
Шуляк Петро Іванович, начальник Генерального штабу Збройних Сил України - перший заступник Міністра оборони України (27 листопада 2001 р., № 1149/2001 — 8 лютого 2002 р., № 115/2002)
Олійник Олександр Миколайович (10 вересня 2003 р., № 1009/2003 — листопад 2004 р.; 18 лютого 2012 р., № 124/2012 — 5 березня 2014 р., № 133-р[1])
Гошовська Валентина Андріївна, перший заступник Міністра оборони України з гуманітарної політики та у зв'язках з Верховною Радою України (13 вересня 2003 р., № 1030/2003 — 7 жовтня 2004 р., № 1185/2004)
Рудковський Дмитро Олександрович, перший заступник Міністра оборони України - керівник апарату Міністерства оборони України (5 жовтня 2004 р., № 1177/2003 — 10 лютого 2005 р., № 220/2005)
Білий Володимир Якович, перший заступник Міністра оборони України з гуманітарної політики та у зв'язках з Верховною Радою України (26 жовтня 2004 р., № 1319/2004 — 25 лютого 2005 р., № 329/2005)
Біжан Іван Васильович (24 грудня 1991 р., № 13 — Указом Президента України від 27 травня 1992 р. № 309 призначений першим заступником Міністра оборони України; 24 березня 1993 р., № 101/93 — 14 березня 1996 р., № 183/96)
Ігнатенко Олександр Степанович, заступник Міністра оборони України по кадрам - начальник управління кадрів Збройних Сил України (27 травня 1992 р., № 311 — вересень 1994 р.)
Лопата Анатолій Васильович (4 червня 1992 р., № 328 — Указом Президента України від 24 березня 1993 р. № 97/93 призначений начальником Головного штабу Збройних Сил України - першим заступником Міністра оборони України)
Олійник Іван Іванович, заступник Міністра оборони України з озброєння - начальник озброєння Збройних Сил України (4 червня 1992 р., № 329 — Указом Президента України від 21 серпня 1993 р. № 349/93 призначений заступником Міністра оборони України; 15 листопада 1993 р., № 534/93 — 3 листопада 1994 р., № 658/94), заступник Міністра оборони України (21 серпня 1993 р., № 349/93 — Указом Президента України від 15 листопада 1993 р. № 534/93 призначений заступником Міністра оборони України з озброєння - начальником озброєння Збройних Сил України)
Михайличенко Григорій Миколайович, заступник Міністра оборони України по тилу - начальник тилу Збройних Сил України (15 листопада 1993 р., № 533/93 — 24 травня 2000 р., № 711/2000)
Собков Василь Тимофійович, заступник Міністра оборони України - командувач Сухопутних військ Збройних Сил України (7 квітня 1994 р., № 142/94 — 30 вересня 1998 р., № 1085/98)
Довгополий Анатолій Степанович, заступник Міністра оборони з озброєння - начальник озброєння Збройних Сил України (14 березня 1996 р., № 182/96 — 13 липня 2000 р., № 879/2000)
Безкоровайний Володимир Герасимович, заступник Міністра оборони України - командувач Військово-морських сил України (8 травня 1996 р., № 319/96 — 28 жовтня 1996 р., № 996/96)
Михтюк Володимир Олексійович, заступник Міністра оборони України - командувач 43-ї ракетної армії (8 травня 1996 р., № 320/96 — 20 серпня 2002 р., № 724/2002)
Антонець Володимир Михайлович, заступник Міністра оборони України - командувач Військово-повітряних сил України (20 червня 1996 р., № 448/96 — 19 травня 1999 р., № 519/99)
Стеценко Олександр Олексійович, заступник Міністра оборони України - командувач Сил протиповітряної оборони України (20 червня 1996 р., № 449/96 — 31 липня 2000 р., № 930/2000), заступник Міністра оборони України з озброєння - начальник озброєння Збройних Сил України (31 липня 2000 р., № 930/2000 — 8 лютого 2002 р., № 116/2002)
Єжель Михайло Броніславович, заступник Міністра оборони України - командувач Військово-морських сил України (28 жовтня 1996 р., № 997/96 — 20 серпня 2001 р., № 648/2001)
Шуляк Петро Іванович, заступник Міністра оборони України - командувач Сухопутних військ Збройних Сил України (30 вересня 1998 р., № 1086/98 — 20 серпня 2001 р., № 650/2001)
Стрельников Віктор Іванович, заступник Міністра оборони України - командувач Військово-повітряних сил України (19 травня 1999 р., № 520/99 — 20 серпня 2001 р., № 649/2001)
Чаповський Олександр Якович, заступник Міністра оборони України по проведенню організаційних заходів у Збройних Силах України (13 квітня 2000 р., № 591/2000 — 8 лютого 2002 р., № 113/2002)
Банних Віктор Іванович, заступник Міністра оборони України з питань військової політики та військового співробітництва (23 квітня 2000 р., № 616/2000 — 5 лютого 2002 р., № 101/2002)
Колотов Віктор Миколайович, заступник Міністра оборони України по тилу - начальник тилу Збройних Сил України (24 травня 2000 р., № 713/2000 — 8 лютого 2002 р., № 117/2002)
Ткачов Володимир Васильович, заступник Міністра оборони України - командувач Сил протиповітряної оборони України (31 липня 2000 р., № 931/2000 — 20 серпня 2001 р., № 651/2001)
Черпицький Олександр Зіновійович, заступник Міністра оборони України - директор Державного департаменту надлишкового майна та земель (24 березня 2010 р., № 618-р[1] — 8 квітня 2011 р., № 427/2011)
Омельянчук Володимир Прокопович, заступник Міністра оборони України (31 березня 2010 р., № 732-р[1] — 30 травня 2011 р., № 631/2011), заступник Міністра оборони України - керівник апарату (30 травня 2011 р., № 632/2011 — 18 лютого 2012 р., № 123/2012)
Можаровський Володимир Миколайович, заступник Міністра оборони України - керівник апарату (18 лютого 2012 р., № 126/2012 — 5 березня 2014 р., № 135-р[1])
Фролова Аліна Євгенівна, заступник Міністра оборони України (2 жовтня 2019 р., № 907-р — 11 березня 2020 р.)
Петренко Анатолій Григорович, заступник Міністра оборони України з питань європейської інтеграції (20 грудня 2017 р., № 942-р — 26 січня 2022 р.[13][14])
Гере Юлій Павлович, заступник Міністра оборони України з питань цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації (27 травня 2020 р., № 575-р — 17 листопада 2021 р., № 1456-р [20])
Халімон Ігор Сергійович, заступник Міністра оборони України (12 червня 2020 р., № 662-р — 21 липня 2021 р.[21])
Гайдук Олег Васильович, заступник Міністра оборони України з питань цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації (30 грудня 2021 р., № 1794-р [32][33] — 14 лютого 2023 р. [34])
Дейнега Віталій Олегович, заступник Міністра оборони України з питань цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації (21 лютого 2023 р.)[38] — 18 вересня 2023 р. [39])
Шевченко Андрій Віталійович, заступник Міністра оборони України з питань європейської інтеграції (21 лютого 2023 р.[38] — 18 вересня 2023 р.[40])
Черногоренко Катерина Леонідівна, заступник Міністра оборони України з питань цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації (з 27 вересня 2023 р.[45] — )
У 2002—2003 рр. посади заступників міністра в Міністерстві оборони України скасовувалися, замість них запроваджувалися посади державних секретарів міністерства та їх заступників.
Посаду було відновлено Постановою Кабінету Міністрів України № 730 від 19 жовтня 2016 р. «Про внесення змін до Положення про Міністерство оборони України»[63][64]
Державні секретарі
Олійник Олександр Миколайович, Державний секретар Міністерства оборони України (25 січня 2002 р., № 69/2002 — 10 вересня 2003 р., № 1008/2003)
Банних Віктор Іванович, Державний секретар Міністерства оборони України з питань міжнародного співробітництва (5 лютого 2002 р., № 102/2002 — помер 14 серпня 2003 р.)