Альфонса нарадзіўся ў Саморы і быў адзіным сынам караля Фердынанда II і Уракі Партугальскай. Стаўшы кіраўніком Леона, прыняў актыўны ўдзел у Рэканкісце, адваяваўшы ў арабаў практычна ўсю Эстрэмадуру.
Адной з найважнейшых падзей яго кіравання было скліканне ў 1188 годзе Кортэсаў Леона — першага еўрапейскага парламента, паводле праграмы ЮНЕСКА «Памяць свету».[4] Пайсці караля на гэты крок вымусілі складаная эканамічная сітуацыя ў пачатку яго кіравання і неабходнасць павелічэння падаткаў: было неабходна падняць падаткі на бяздольныя класы, якія пратэставалі. Тады Альфонса склікаў асамблею дваран, духавенства і прадстаўнікоў гарадоў, якія запатрабавалі кампенсацый і кантролю за расходамі кароны.
Пасля таго, як Альфонса VIII Кастыльскі быў разбіты ў бітве пры Аларкасе, Альфонса IX пры дапамозе мусульман уварваўся ў Кастылію. У 1197 годзе ён ажаніўся са сваёй кузінай Берэнгарыяй Кастыльскай для ўмацавання міру паміж Леонам і Кастыліяй. З прычыны таго, што пара была ў блізкім сваяцтве, на караля і каралеўства Папам Цэлестынам III быў накладзены інтэрдыкт. У далейшым Папа змяніў сваё рашэнне, пакінуўшы толькі аднаго Альфонса адлучаным ад Царквы, што, зрэшты, не вельмі клапаціла караля, які меў падтрымку ўласнага духавенства.
У 1218 годзе Альфонса заснаваў універсітэт у Саламанцы, найстарэйшы ў Іспаніі.
Грабніца Альфонса IX
У канцы жыцця кароль адправіўся ў Сант’яга-дэ-Кампастэла наведаць мошчы Святога Якава, якога вельмі шанаваў. Па дарозе адчуў сябе дрэнна і спыніўся ў Вільянуэва-дэ-Сарыя, дзе і памёр 23 ці 24 верасня 1230 года. Паводле тэстаменту, быў пахаваны ў саборы Сант'яга побач з бацькам.
Фернанда (каля 1192 — жнівень 1214), не быў жанаты і не пакінуў нашчадства
Блажэнная Санча (каля 1193—1270). Быўшы спадчынніцай Альфонса, магла прэтэндаваць на трон, аднак у выніку перамоў паміж яе маці і другой жонкай бацькі каралевай не стала, наўзамен атрымала добрую спадчыну і сышла ў манастыр. Пасля смерці кананізавана.
Дульса, званая таксама Альдонса (каля 1194—1195 года — пасля 1243 года), незамужняя, пражыла ўсё жыццё з маці. Дзяцей не мела.
Альфонса[es] (1202—1272) — быў тройчы жанаты: у першым шлюбе з Мафалдай Гансалес дэ Лара[es], дачкой і спадчынніцай Гансала Перэс дэ Лара, сеньёра Маліна і Меса і Санчы Гомес дэ ла Каса дэ Траба, ад якой меў сына і дачку; у другім шлюбе з Тэрэзай Гансалес дэ Лара[es], дачкой Гансала Нуньес дэ Лара і Марыі Дыяс дэ Ара і Азарга, ад якой меў адну дачку; у трэцім шлюбе з Маёр Альфонса дэ Менесіс[es], дачкой Альфонса Тэлеса дэ Менесіса і Марыі Ямез дэ Лімія, ад якой меў сына і дачку. Апроч дзяцей ад трох шлюбаў, Альфонса меў шасцярых пазашлюбных дзяцей.
Апроч дзяцей ад законных шлюбаў, Альфонса меў мноства пазашлюбных дзяцей, з якіх пэўна вядома толькі пра пятнаццаць. Адна з пазашлюбных дочак, Альдонса, была выдадзена замуж за рыцара Педра Понсэ дэ Кабрэра. У знак паходжання ад каралёў Леона іх нашчадкі прынялі прозвішча Понсэ дэ Леон.