일산선 개통과 함께 영업을 개시한 역으로, 당초부터 일산선 역 신설과 함께 경의선 측도 건설되었다. 수도권 전철 경의·중앙선의 역은 기존 일산선 역에 연결되는 형태로 건설되어 출입구와 대합실 일부를 공유하며, 독자적인 출입구는 설치되어 있지 않다.
개찰구는 지상 2층 일산선 측에 위치하며 지상 2층에 수도권 전철 경의·중앙선과 연결되는 환승 통로가 있다. 승강장은 일산선 역이 지상 3층, 경의·중앙선 역이 지상 1층에 있으며 수도권 전철 서해선 역도 승강장을 공유한다.
일산선, 경의선, 교외선 등이 교차하나 실제 경의선과 교외선의 분기역은 능곡역이다. 일산선은 고가로 통과하기 때문에 삼각선 등의 연결 선로가 존재하지 않고, 교류 방식인 한국철도공사 관할의 타 전철화 노선과 달리 서울 지하철 3호선과의 직결을 위해 전력 공급을 직류로 받는다. 결정적으로 일산선은 우측통행이기 때문에, 일산선-경의선-교외선 상호 간 직접적 연계는 사실상 불가능하다.
2009년경의선 전철이 개통하기 이전에 통근열차가 대곡역에 정차했다. 당시에는 일산선 대합실에서 경의선 승강장을 잇는 통로가 있었지만, 지금은 사용하지 않는 대신 일산선과 수도권 전철 경의·중앙선을 연결하는 환승 통로로 대체됐다. 다만 기존 환승 통로보다 지나치게 우회하여 문제의 소지가 많다는 특징이 있다.