인천국제공항고속도로 개통 당시 영종도, 용유도 지역의 주민은 사실상 이용할 수 있는 도로가 이 도로밖에 없기 때문에 인천광역시에서는 영종도 지역 주민에 대한 통행료 감면이 끝나는 2007년 3월 31일에 맞춰 인천광역시 공항고속도로 통행료 지원 조례를 2007년 4월 1일에 제정하여 영종도, 용유도 지역 주민들에게 통행료를 지원하여 감면받을 수 있게 하고 있다.[33] 단, 해당되는 주민은 인천 중구(영종도, 용유도, 무의도, 잠진도, 실미도) 및 옹진군 북도면에 주민등록을 필하고 있는 실제 거주 주민이며, 감면대상 차량은 승용차이거나 2톤 미만 화물차, 그리고 16인승 이하 승합차 중 2축 차량만 가능하며, 1가구 당 차량 2대 이내로 1대 당 1일 왕복 1회에 한해 감면받을 수 있다.
통행료 감면을 받으려는 사람은 별도의 통행료 감면카드를 옹진군청이나 인천 중구청에 신청해 발급받게끔 하고 있으며, 발급 받은 감면카드는 주민등록상 함께 등록된 세대원이 사용할 수 있게 하고 있다. 또한 기존 감면카드를 발급받은 이용자가 차량 변경, 등록대상자 변경, 분실 등 변경 사유가 생겼을 경우에는 반드시 재발급을 받도록 하고 있다. 인천광역시에서는 이 감면제도 악용을 방지하기 위해 타 지역 이용객의 이용 패턴(출근시간(06:00~09:00)에서 인천 → 영종 방향 및 퇴근시간(18:00~21:00)에 영종 → 인천 방향으로 이용)을 추적해 적발시 감면카드 사용을 할 수 없게 하고 있다.[34]
특이사항 및 문제점
인천국제공항고속도로는 북로 분기점부터는 인천국제공항으로의 진입의 정시성과 효율성을 높이기 위해 북인천 나들목까지는 원래 전용도로로 2013년6월 27일청라 나들목이 개통되기 전까지는 인천방향에서 영종도[35]외에는 갈 수 없게 되어있었다. 착오 진입시에는 인천공항 요금소에서 편도 통행료를 납부하여 요금소 내에 설치된 회차로를 통해 되돌아가거나 청라 나들목에서 진출해야 했다.
또한 이 고속도로는 일각에서 '한국의 아우토반'이라는 별칭으로 불리며, 과속을 일삼는 폭주족들이 가장 선호하는 코스이기도 하다. 왕복 6~8차선의 넓은 도로, 거의 직선으로 시원하게 뻗은 길, 굴곡 또한 없어 속도를 내기에는 최적의 조건을 갖추고 있다. 이로 인해 자동차 동호인들 사이에 ‘물 좋은 곳’으로 입소문을 타고 있으며, 항공기 이착륙이 끊기는 자정 전후에는 200km/h 안팎의 초고속으로 질주하는 무법자들이 적지 않으며 340km/h이상 달리는 차량도 존재 하는 등 도로 안전이 위협을 받는 고질적인 문제점을 안고 있다.[36]경찰청이 국회에 제출한 2007년부터 2008년 상반기까지의 ‘전국 200km/h 이상 무인 과속 차량 단속 현황'에 따르면, 인천국제공항고속도로가 전체 단속건수의 절반에 육박하는 46%를 차지할 정도로 심각한 수준이다.[37]