합류:2부 리그 구단 합류. 부전승: 2부 리그 구단 하나(코르도바)가 부전승으로 다음 라운드에 진출. 상대 시드: 2부 리그 구단들은 상호 맞대결. 지역 시드: 추첨에 따라 결정. 토너먼트전 형식: 단판 승부
3라운드
2016년 9월 9일
2016년 10월 12일
11
43 → 32
부전승: 이전에 부전승으로 진출한 적 없는 2부 B, 3부, 혹은 2부 리그 구단들 중 하나(우에스카)가 부전승으로 진출. 상대 시드: 2부 리그 구단들은 상호 맞대결. 지역 시드: 추첨에 따라 결정. 토너먼트전 형식: 단판 승부
32강전
2016년 10월 14일
2016년 11월 30일
16
32 → 16
합류:1부 리그 구단 합류. 상대 시드: 유럽대항전에 참가하는 7개 구단은 남은 2부 B 및 3부 리그 구단 상대. 2부 리그 5개 구단은 1부 리그 구단 상대. 남은 8개 1부 리그 구단은 상호 맞대결. 지역 시드: 하위 리그 구단은 1차전을 안방에서 치름. 토너먼트전 형식:1·2차전
2016년 12월 21일
16강전
2016년 12월 23일
2017년 1월 4일
8
16 → 8
상대 시드: 추첨에 따라 결정. 지역 시드: 하위 리그 구단은 1차전을 안방에서 치름. 토너먼트전 형식: 1·2차전
2017년 1월 11일
8강전
2017년 1월 13일
2017년 1월 18일
4
8 → 4
상대 시드: 추첨에 따라 결정. 지역 시드: 추첨에 따라 결정. 토너먼트전 형식: 1·2차전
2017년 1월 25일
준결승전
2017년 1월 27일
2017년 2월 1일
2
4 → 2
2017년 2월 8일
결승전
2017년 5월 27일
1
2 → 1
스페인 왕립 축구 연맹이 선정한 중립 구장에서 단판 승부. 유로파리그 진출권: 우승 구단은 유로파리그조별 리그 진출권 확보.
1라운드와 2라운드 추첨식은 2016년 7월 22일 13:00(CEST)에 마드리드라스 로사스의 축구 도시RFEF 본부에서 진행되었다.[2] 1라운드에는 세군다 디비시온 B의 33개 구단들과 테르세라 디비시온 리그의 9개 구단들이 참가했다. 추첨함에서 먼저 나온 세군다 디비시온 B의 6개 구단들이 부전승으로 다음 라운드에 진출했고, 나머지 세군다 디비시온 B 구단들과 테르세라 디비시온 구단들이 지역 조건에 따라 다음과 같이 조가 나뉘었다:
32강전 추첨은 2016년 10월 14일, 축구 도시에서 진행되었다. 본선에는 모든 라 리가 구단들이 대회에 합류했다.[4]
32강전 대진표는 다음과 같이 짜였다: 남은 세군다 디비시온 B와 테르세라 디비시온의 6개 구단들은 라 리가 구단들과 편성되었고, 세군다 디비시온의 남은 6개 구단들은 유럽대항전에 참가하지 않는 라 리가 5개 구단들과 2포트에 1포트 구단과 추첨되지 않고 남은 유로파 리그 참가 구단 1개와 짝지어졌다. 남은 라 리가 8개 구단들은 상호 맞대결을 펼쳤다. 다른 리그 단계에 소속된 구단들 간의 맞대결이 펼쳐지는 경우, 하부 리그에 속한 구단이 1차전 경기를 안방에서 치렀다. 이 규정은 16강전에도 적용되었지만, 8강전과 준결승전에서는 적용되지 않고 추첨함에서 나온 순서대로 안방 경기를 치렀다.