У 1841 році закінчив гімназію св. Марії Магдалини в Познані і вступив на навчання в Берлінський університет. Вивчав філологію під керівництвом Карла Людвіга Мішле та історію в Леопольда фон Ранке. У грудні 1844 року захистив докторат з філології на підставі праці про школу Платона. У лютому 1845 року в Берліні склав іспит на вчителя гімназії. Того ж року став викладачем польської, латинської і грецької мов та історії в гімназії св. Марії Магдалини в Познані.
У 1850—1852 роках був надзвичайним професором класичної філології в Краківському університеті. 1853—1854 — викладач польської мови в міські реальній школі в Познані, 1854—1856 — професор класичної філології Інсбруцького університету. Від 1856 року — звичайний професор на кафедрі польської мови і літератури Львівського університету, також викладав історію. Від 1864 року був членом австрійської Шкільної ради (нім.Unterichtsrat) у Відні. Співорганізатор і член галицької Шкільної крайової ради. У 1872—1873 роках був ректором Львівського університету. У грудні 1874 року перейшов на емеритуру.
Пов'язаний з Оссолінеумом: у 1869—1872 і 1882—1913 роках був заступником куратора закладу. Від 1871 року працював у міській раді Львова. У 1872 році став членом Академії знань; член-кореспондент Сербського Наукового Товариства в Белграді. Довголітній посол до Галицького крайового сейму (1876—1889), а в 1881 році став дожиттєвим членом австрійської Палати панів (Herrenhaus) у Райхсраті. Співзасновник Польської матиці у Львові, від 1888 року очолював її Виконавчу раду.
У 1873—1893 роках — співвидавець серії «Monumenta Poloniae Historica» (Пам'ятки історії Польщі). Почесний член Познанського товариства приятелів наук[2]. У 1901 році став головою новозаснованого у Львові Товариства підтримки польської науки[3] і очолював його впродовж 12 років до дня своєї смерті[4].
Антоній Малецький помер 7 жовтня 1913 року у Львові, похований на 67 полі Личаківського цвинтаря.