Обговорення Вікіпедії:Проєкт:Молекулярна біологія

Вітаю! Подивився сюди і на заготовки у інших мовних розділах, але зрозумів, що не дуже розумію, що можна і треба заливати звідти у Вікі. Можеш пояснити, будь ласка, що там на сайті за вкладки, яку інфо про білки з них брати і куди її записувати (себто, у нас є уже якийсь шаблон, який можна використати як картку білка, напр?). Для початку :) Може @Helixitta: ще щось підкаже з цього приводу? Вона ніби теж такою заливкою цікавилася. --Sergento 11:20, 7 грудня 2015 (UTC) Є Шаблон:Білок. А вони робили з pdb? Бо мені той банк не дуже самій добре зрозумілий. uniprot в цьому сенсі набагато легший (IMHO)Відповісти
Але то таке. Приклад. Треба зробити статтю бета-актин. З pdb і uniprot на той же білок (мишачий): {{Білок | назва = Actin, cytoplasmic 1 | зображення = треба шукать | ширина_зображення = | підпис_зображення = | символ = Actb | інші_символи = Beta-actin | атх_префікс = | атх_суфікс = | атх_дод = | номер_CAS = | CAS_дод = | DrugBank = | EntrezGene = | HGNCid = | OMIM = | PDB = х. з. бо там не зрозуміло | PDB_дод = | RefSeq = NP_031419.1 (з uniprot, в pdb нема) | UniProt = P60710 | код_ферменту = | хромосома = людські лише, тому тут нічого | плече = людські лише | смуга = людські лише | локус_дод = людські лише }} + є трохи підпису А це популярний білок. + нашому шаблону {{Білок}} явно не вистачає полів, напр MGI, Pfam. --Helixitta (обг.) 15:56, 7 грудня 2015 (UTC) Я правильно розумію, що в результаті заповнення цієї картки, вийде таблиця з купою лінків на різні бази? і я правильно розумію, що ніякого тексту, хоча б мінімального, бот зварганити не зможе? ну, напр. це білок, який належить до такої-то родини, містить стільки-то амінокислот і ще щось? ну аби стабик вишов мінімальний хоч, але повноцінний. Я б сам собі відповів на ці питання, але ці бази явно для науковців роблені, не розумію, де там що означає... --Sergento 22:01, 7 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Там є текст. Але він англомовний. Напр, з питанням про бета актин: "Function: Actins are highly conserved proteins that are involved in various types of cell motility and are ubiquitously expressed in all eukaryotic cells. Subunit structure: Polymerization of globular actin (G-actin) leads to a structural filament (F-actin) in the form of a two-stranded helix. Each actin can bind to 4 others." Я не знаю, що в такому випадку можна зробити. Автопереклад? --Helixitta (обг.) 22:59, 7 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Цей текст то ясно, що не дуже піде. Я про те, що написати, напр, що він кодується генами сьомої хромосоми (це я знайшов там), було б добре може вказати, якими саме (якщо там є про це десь написано), може коли і ким він відкритий. Тобто якась така інфо, що бот міг би скомбінувати в речення. Може воно не матиме особливої наукової цінності, але виглядатиме стабом, а не самим шаблоном. Он, наприклад, навмання взятий стаб про астероїд із заливки 25725_Маккормік. Там крім картки є два куценьких речення, в яких, в принципі, нема нічого цікавого, але які надають сторінці вигляду стабу. Ну і є розділ з примітками, лінком на список атероїдів, джерелами і кілька навігаційних шаблонів. Цілком стерпний стаб. Давайте й тут щось таке? Щоб допоки хтось перекладатиме текст з подробицями, стаття уже могла існувати і на неї могли бути робочі посилання. --Sergento 08:40, 8 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Добре було б цю всю інформацію з картки ще й описати словами. Щоб потім менше було перекладати.--Oleksandr Tahayev (обговорення) 09:25, 8 грудня 2015 (UTC)Відповісти

@Helixitta та Brunei: Бот наразі може масово штампувати такі заготовки. Якби ви глянули, висловили своє фахове «фє», то можна було б щось вдосконалити. А потому і починати заливати. Особисто я хотів би почути ідеї щодо пошуку вже залитих на Сховище зображень цих сполук і щодо якогось навігаційного шаблоника. Ну і інші ідеї й питання висловлюйте обов'язково. --Sergento 21:21, 9 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Ой, це вже дуже класно. А воно все-все автоматично робить? Бачу, що сергобот, але може ж різне бути. Бо якщо воно все само то зробило, то це просто супер класно!
Одразу питання — а що з тими білками, яких у людини немає? Бо тут воно відправляється в категорію «білки такої-то хромосоми» людини. От хітинази, чи багато яких, там рослинні та ін. не може бути відправлений в ту категорію, бо не закодований у людини.
Про зображення подумаю. --Helixitta (обг.) 16:32, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Є ідея щодо зображення. Як щодо того, щоб витягувати з Вікіданних? --Максим Підліснюк (обговорення) 18:31, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

ААА, я зовсім забув про Вікідані і інтервіки. В принципі, показ зображення із вікіданиих можна прямо у шаблоні налаштувати. Але ясна річ тоді воно працюватиме тільки якщо на ВД це зображення є і тільки якщо правильно встановлені інтервіки. Тоді ще питання: як дізнатися правильний запис на ВД для статті, яка тільки створюється... ботом...--Sergento 21:18, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

я б спробував [[File:{{subst:wikidata/p18}}]] --Максим Підліснюк (обговорення) 21:30, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

так, із зображенням так, я десь це бачив недавно. Але воно працює, тільки коли сторінки вікіданих правильно прив'язана. Але знову повертає до питання про те, як дізнатися правильний запис на ВД для статті, яка тільки створюється... ботом... --Sergento 21:54, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Я б брав по назві в англів і прив'язував. А файл можна додати другим проходом. --Максим Підліснюк (обговорення) 21:58, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Так, мабуть так і буде. Коли не було ВД було постіше у цьому плані - ставив локально інтервік на англ, а там фахові боти їх синхронізували. А тут ще десь щось інше шукати треба....--Sergento 22:05, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

По-перше, так, це воно автоматично. тобто, у той текст сторінки, який завантажив бот, я жодної ручної правки не вносив. Звісно, у коді можуть бути якісь баґи, бо не можна усе виявити і передбачити зробивши тільки один білок, але я певен що за 10-20 білків переважну більшість проблем можна буде виявити і вирішити і що далі він змогтиме працювати доволі самостійно. Якщо є якась інформація у якійсь із БД, яку ти вважаєш за необхідне додавати (не речення тексту, бо з цим скрутно) - кажи, можливо це можна також додавати автоматично. Якщо щось поміняти місцями, виправити, переформулювати - кажи, бо я не фахівець і написав у міру своїх скромних можливостей. Бачиш що уже є і речі такого роду можна робити автоматом.
По-друге, щодо того, чого нема у людей. Чомусь вирішив, що для початку варто позаливати усе, що є, наприклад, у "Chromosome%201" такому списку, тобто спочатку першу хромосому, потім другу і так поки усе не заллється. Людських. Принаймні, наш шаблон Білок при підстановці параметрів локуса скеровує усе на людські хромосоми (я його переписав і додав полів, про які ти говорила, але цієї приив'язки не чіпав), тому й код робив з такою ж прив'язкою. Ну але це можна виправити. Можна, наприклад, дивитися, що написано в полі Organism і залежно від значення перенаправляти в іншу категорію. Наприклад, не писати "Білки 7-ї хромосоми людини" (чи якої там за ліком) як для людей, а писати натомість щось на кшталт "Білки виду Mus musculus". Це можна буде робити автоматично. Так пішло б? Чи почнемо спочатку з людських, а тоді вже думатимемо? --Sergento 21:18, 10 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Тепер шаблон Білки братиме зображення з ВікіДаних, якщо воно там є. Це спрацювало, наприклад, для білка Аннексин_А3 --Sergento 21:10, 11 грудня 2015 (UTC)Відповісти

А можна пропозицію — заливати на Вікідані і підтягувати в шаблон звідти? --Ілля (обговорення) 06:54, 15 грудня 2015 (UTC)Відповісти

А на Вікіданих отримати прапорець бота сильно проблематично? --Sergento 10:04, 15 грудня 2015 (UTC)Відповісти

@Sergento та Максим Підліснюк:,Brunei, в цьому році ми зможемо розпочати заливку білків? На якій стадії ми знаходимось? — Green Zero обг 02:27, 26 грудня 2015 (UTC)Відповісти

На одному з ВЧ говорили про це, досягли деяких домовленостей, які тепер треба почати виконувати. З того, що маю зробити я - внести деякі поправки у стаб. Геліксітта наобіцялася скласти список найбільш значимих білків, з яких варто почати заливку (це те, де без фахівця не обійтися). Ну і як матимемо список, подумаємо ще раз, як ефективніше зробити переклад основної функціональності білків для стабів, аби вони містили якусь не лише табличну інформацію. На цьому етапі можливо можна буде підключити інших небайдужих вікіпедистів. Вважаю список білків ключовим елементом наразі. --Sergento 08:56, 26 грудня 2015 (UTC)Відповісти

я пам'ятаю, я не забула! (просто гальмую і під кінець року накопилося купа справ) але все зроблю. Сподівання на наступний тиждень.--Helixitta (обг.) 09:21, 26 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Добре, тоді будемо координуватись на цій СО, якщо пан Brunei не проти.:) Я ніц не розумію в цих білках, але я у вашій групі підтримці!:) Ми це зробимо! — Green Zero обг 11:46, 26 грудня 2015 (UTC)Відповісти

Додав у списку літератури посилання на бази публікацій і зробив текст/категорії залежними від біологічного виду. --Sergento 18:48, 28 грудня 2015 (UTC)Відповісти

• Дякую усім, хто взявся за цю роботу та долучився тут до обговорення! Почувайтеся тут вільно - як тільки розгрібуся з нагальними справами, одразу підключуся до білкового проекту. --Brunei (обговорення) 13:37, 29 грудня 2015 (UTC)Відповісти

я перекинула обговорення сюди. А ще відкрила наші плани широкому загалу хунти біологів тут Обговорення Вікіпедії:Проєкт:Біологія#Заливка білків у Вікіпедію --Helixitta (обг.) 16:56, 6 січня 2016 (UTC)Відповісти

@Helixitta: Ви не забули, що список обіцяли? :) -- Green Zero обг 17:21, 7 травня 2016 (UTC)Відповісти

список то я знайшла Обговорення користувача:Sergento/Архів 2016#Білки най-най-най але от далі шо робити — не думала і не знаю. Я — slowpoke... --Helixitta (ut) 18:27, 7 травня 2016 (UTC)Відповісти

@Helixitta:@Green Zero:@Sergento:@Максим Підліснюк: Колеги, я нарешті прийшов до тями і готовий взятися за білки.

Спробую підсумувати попередні пропозиції і висловити власні.

• UniProt гарний, але захищений АП, на відміну від вільного PDB. Можливо, все-таки можна тягнути з UniProt окремі речі?
• Щодо списку. Ось тут є база даних білків людини по групах. Чи можна її використати? Раніше було запропоновано почати з цього списку.
• Щодо назв. Давайте почнемо з англомовних абревіатур, а перекладати будемо вручну пізніше, бо україномовні назви є у мізеру білків.
• Щодо основного тексту статті. В УніПрот є додаткові поля з ключовими словами. Наприклад тут це:
  • Keywords - Molecular function: Calcium channel, Ion channel, Voltage-gated channel
  • Keywords - Biological process: Calcium transport, Ion transport, Transport
  • Keywords - Ligand: Calcium

  Чи можна це представити текстом типу Виконує функцію як кальцієвий канал, іонний канал, потенціалзалежний канал. Задіяний у таких біологічних процесах як кальцієвий транспорт, іонний транспорт, транспорт. Лігандом до цього білка є кальцій.?

Щось ще? Мені здається, що ми впораємось. --Brunei (обговорення) 14:25, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

А хіба дані про білки не ті самі на різних базах? Тобто, що саме у базі білків захищене АП?

• Щодо назв, мається на увазі робити так, як колись було спробувано тут: Користувач:SergoBot/ACTB? Взагалі, є код який робить такий стаб. Я за те, аби відштовхуватися від нього. Себто, пропонувати поправки до цього шаблону, бо так простіше побачити, що виходить і що хочеться отримати.
• Ключові слова можна розпарсити і підставити до тексту статті у такому вигляді як ти пропонуєш. Інше питання, що ці ключові слова треба для того поперекладати на українську (зробити словник відповідників). Я не знаю, чи вони повторюються. Якщо є кому перекладати – можна, теоретично, пройтися білками і позбирати там ключові слова, які треба перекласти. А перекладати можна й усією громадою. --Sergento 17:16, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

Насправді, думаю, нічого, окрім дизайну сайту. Так, я думаю, приклад ACTB гарний. Ключові слова точно повторюються - на те вони й ключові слова. У цій базі є основні функціональні групи білків. Де буде список і куди перекладати ключові слова?--Brunei (обговорення) 19:29, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

Що означають основні функціональні групи і чим вони можуть допомогти при заливці? Список ключових слів треба спочатку скласти. Не думаю, що принципово де саме він буде розміщений. Аби був доступний :) Якщо його зробити у вигляді таблиці, то переклад можна поміщати просто у сусідній комірці. Наприклад, так:

Імхо, треба просто для початку почати з якихось білків і зібрати з них ключові слова. Напр, з тієї топ-1000, що Геліксіта колись знаходила. Чи є інша пропозиція, з чого починати? --Sergento 20:09, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

Згода, давай починати. Ось для початку список і табличка ключових слів.--Brunei (обговорення) 20:34, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

Ок. Мені не все зрозуміло зі списком. де там таке позначення, як для ACTB? у цій таблиці, схоже, не для всіх білків такий код є. Якби був усюди, я міг би спробувати за ним із UniProt ключові слова ботом витягти. --Sergento 20:57, 2 липня 2016 (UTC)Відповісти

Тепер все є. Друге значення (P, O, Q з номером).--Brunei (обговорення) 10:59, 3 липня 2016 (UTC)Відповісти

Додав, що зміг витягти. Там, як виявилося, не в кожному є такі ключові слова. Он тільки десь дві з половиною сотні набралося (мабуть навіть де є, добряче повторюються). --Sergento 18:09, 3 липня 2016 (UTC)Відповісти

Клас! Звісно, що повторюються. А щодо деяких білків функції неясні. А чому 3 таблички? Я вже першу переклав. Тепер треба розподілити по 3 функціям: молекулярній, біологічній та з чим зв'язується. Це можна зробити автоматично чи тільки вручну? Майже всі такі ключові слова мають бути вікіфіковані, бо в нас є такі статті.--Brunei (обговорення) 21:19, 3 липня 2016 (UTC)Відповісти

Розфасував за заголовками на Uniprot --Sergento 09:48, 4 липня 2016 (UTC)Відповісти

Дякую! Працюю далі. А вікі-посилання одразу вставляти? --Brunei (обговорення) 11:39, 4 липня 2016 (UTC)Відповісти

У переклади? необов'язково. Якщо переклад відповідає назві статті, то бот їх сам потім легко додасть. Якщо назва статті відрізняється від тексту – то хіба у такому випадку. --Sergento 11:48, 4 липня 2016 (UTC)Відповісти

В цілому переклав. Ще окремі речі треба буде доробити, як і все-таки вікі-посилання пошукати. Переробив формулювання по лігандах.--Brunei (обговорення) 16:05, 4 липня 2016 (UTC)Відповісти

ну, виходить десь отаке. Як на мене, перше речення (молекулярні ф-ї) доволі кострубате, але я хз, може воно справді так має бути. --Sergento 21:10, 5 липня 2016 (UTC)Відповісти

Ага, кострубате. Думаю, як виправити. Ще думаю щодо того, як витягнути локалізацію в клітині чи поза нею.--Brunei (обговорення) 15:08, 6 липня 2016 (UTC)Відповісти

Якщо є десь на цих базах – можна витягнути. Якщо покажеш де, може я теж щось придумаю. --Sergento 19:03, 6 липня 2016 (UTC)Відповісти

Там є підрозділ Subcellular location. Окрім того, подумав, а чи можна оновити наш шаблон "Білок" до англійського, додавши туди не тільки людські гени, але й мишачі? --Brunei (обговорення) 17:51, 11 липня 2016 (UTC)Відповісти

Я можу так само пройтися ботом по Subcellular location і повитягати значення. Аби перекласти їх підійде такий же словник, як для молекулярних функцій зробили? Якщо так підійде, то залишиться придумати, як це має виглядати в стабі. Щодо мишей – то початково закладаав у бота розпізнавання виду, за яким зроблено запис в Юніпрот і якщо це не людина, то трішки змінюється текст (замість людей там пишеться латинська назва того виду) і не додається категорія «білки хромосоми людини». Щодо самого шаблону, то він дає посилання на статтю про хромосому людини у полі «локус». Як на мене, це єдине місце, яке треба підрихтувати. Чи треба ще щось додати, крім поля «вид»? --Sergento 19:50, 12 липня 2016 (UTC)Відповісти

Пропоную нову редакцію. Замість Виконує функцію як писати Цей білок за функцією належить до. У табличці повиправляю. Щодо клітинної локалізації: Локалізований у (мітохондріях, цитоплазмі, екзосомах крові тощо). По шаблону цікаво, як вони зробили ортолог (білок миші) ось тут. --Brunei (обговорення) 18:45, 20 липня 2016 (UTC)Відповісти

Додав список слів із клітинної локалізації. Виникло питання, як їх показувати у стабі? Як на Юніпрот, себто списком і зі вкладеннями? + там є така штука, що не для всіх білків вказано код у базі Юніпрот, а деякі з тих кодів типу застаріли. Принаймні, за кодами Q5TCU6,A8MXQ4,A6NIH1,A6NBZ8,A6NE09,A6NE94,Q9UGV6,A6NH40,A6NN80,B1AP83,Q5JNZ9,A6NNZ4,A6NG42,A8MY38,B7WPE9,Q5SZY0 так пише. Може якось можна це пофіксити? Чи поки обідемося без них? В англійський шаблон гляну ще пізніше. Там вони інфо якось із різних сторінок вікіданих збирають, треба розібратися як :) --Sergento 11:25, 21 липня 2016 (UTC)Відповісти

Там зараз десь 30 білків, які «Локалізований Секретований назовні» --188.163.72.24 01:44, 6 лютого 2017 (UTC)Відповісти

Блін, стільки парився з цими виключеннями, а воно все-одно лажа вийшла. Повиправляю. --Sergento 09:22, 6 лютого 2017 (UTC)Відповісти

• Еластин Так
• Pdx1 Так
• Аланінамінотрансфераза (потім об'єднаємо) Так
• Аспартатамінотрансфераза (потім об'єднаємо) для цього на Вікіданих сторінка не схожа на генову, там нема ніякої інфи ні про білок, ні про хромосоми, ні іншого, тому тут мій бот зовсім безсилий :( --Sergento 12:05, 12 січня 2018 (UTC)Відповісти

  Нічого, тут перепишемо вручну (чи Вікідані). А є десь список білків одним файлом, там унизу Dars прохав?--Brunei (обговорення) 13:10, 12 січня 2018 (UTC)Відповісти

  Якщо чесно, я не дуже зрозумів який список вимагається і думав що то до тебе питання. Список усіх білків? Їх же якось за шаблонами (функціями) поділити треба. --Sergento 13:43, 12 січня 2018 (UTC)Відповісти

• Інсуліноподібний фактор росту 1 Так
• CaMK2A Так
• Передсердний натрійуретичний фактор

  тут багато тексту. його точно треба перезаписати? --Sergento 13:36, 1 лютого 2018 (UTC)Відповісти

  Так, перезапишу потім.--Brunei (обговорення) 21:21, 9 лютого 2018 (UTC)Відповісти

  Можна створити підсторінку, а потім я об'єднаю.--Brunei (обговорення) 14:04, 1 лютого 2018 (UTC)Відповісти

  Загнав сюди Користувач:SergoBot/Передсердний_натрійуретичний_пептид. Видали потім, будь ласка, як не треба буде. --Sergento 14:35, 1 лютого 2018 (UTC)Відповісти

• Також чомусь не створився оцей важливий білок Муцин-2, що є на вікіданих. Так
• CXCL12Так
• Галектин-3Так
• FOXP3Так
• Бета-2-мікроглобулінТак
• Гістамін N-метилтрансферазаТак
• PRDM9Так
• NFS1Так
• Рецептор інсуліноподібного фактору росту 2 типуТак
• Протеїн-тирозин-фосфатаза нерецепторного типу 1Так
• BRAF (ген)Так
• NRIP1 Так
• Менін Так
• FOXP2 Так
• CHEK2 Так
• CDK5R2 Так
• Цистатин C Так
• Парвальбумін Так
• Оклюдин Так
• Коактиватор ядерних рецепторів 3 Так
• Аннексин А3 Так
• Альфа-синуклеїн Так
• mTOR Так
• Альфа-фетопротеїн Так
• Замість перенаправлення Src (ген) треба створити аналог en:Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src Так
• Рецептор ліпопротеїнів дуже низької щільності Так
• RB (білок) Так
• Кіназа Aurora B Так
• АпоЕ-рецептор 2 Так
• DAB1 Так

  але тут немає на ВД інфо про хромосому. це тре доповнити, або переформулювати текст тоді.

• Рецептор ліпопротеїнів низької щільності Так
• Прото-онкоген RET Так
• Рецептор інсуліноподібного фактору росту 1 типу Так
• Ренін Так
• Пролактин Так
• Матриксний Gla-протеїн Так
• Нейрогранін

  є NRGN. якщо я правильно розумію, то їх треба об'єднати Так

• Рилін Так

  зробив Рилін/test

• Ангіогенін Так
• PTEN Так
• Трицелюлін Так
• en:PARK11 створити

  в елементі, прив'язаному до цієї англ статті нема опису. За пошуком PARK11 вікідані видають d:Q18037939 (як одну з назв), а для цього елемента стаття у нас створена.

• Дипептидаза 2

  є сторінка DPEP2. Там швидше за все треба їх об'єднати, чи правильно розставити інтервіки. Чи шось інше.Так

• Тромбін

  Це стаття прив'язана до елементу білка. Створив статтю, прив'язану до елементу гена F2. Треба їх об'єднати, чи залишити,, чи хз як. Там у обидвох є інтервіки.

• Тромбопоетин

  зробив Тромбопоетин/test

• Еритропоетин Так
• en:CYP2J2 створити Так
• ARAF Так
• Глюкозозалежний інсулінотропний поліпептид Так
• ТромбопластинТак
• АцетилхолінестеразаТак
• ЛізоцимТак
• ABCC7Так

  зробив сторінку Регулятор трансмембранної провідності при муковісцидозі. Там уважно тре з інтервіками. Їх або об'єднати, або рознести зовсім. В інших розділах ABCC7 відповідає зараз статтям з іншими назвами.

• Глутарил-КоА-дегідрогеназаТак
• КальцитонінТак
• Ендотеліальна ліпаза

  є сторінка LIPG. як я розумію — це він.Так