Мати померла, коли йому було 2 роки й батьку довелося подбати про забезпечення малолітнього сина. Тому останньому передаються в цесію староства марковське та мядельське з державою куранецькою (1593), староства ясвойненське та блуденське (1597), маєток Лососин[be] і староство слонімське (1605), держава губська (1607)[8][7].
У 1611—1625 роках щонайменше 6 разів обирався послом на сейм. Був маршалком Головного трибуналу 1612 року[11]. Протягом 1612—1613 років здійснив другу закордонну подорож до Священної Римської імперії та Італії. Під час неї був присутнім під час виборів нового імператора Матвія (1612), відвідав університетські Падую та Болонью, де вписався до метрик тамтешніх студентів, а на початку 1613 року в Римі мав аудієнцію в Папи Павла V[12][7].
З 1625 року Ян Станіслав брав участь у війні зі Швецією. Від батька, на той час гетьмана великого литовського, отримав керівництво литовським військом. Не маючи військового таланту, під час битви під Вальгофом 16 січня 1626 року він був зненацька заскочений шведами, його корпус був цілковито розбитий. Ця поразка надалі негативно відобразилася на його психічному здоров'ї[16]. Зібравши рештки вояків, почав діяти спільно з польним гетьманомКшиштофом Радзивіллом. У червні 1626 року керівництво литовським військом було передане Александрові Корвін-Госевському, а Ян Станіслав поїхав зі своїм почтом до Пруссії, де перебував король[7].
Пам'ятник Яну Станіславу Сапізі у костелі святого Михаїла Архангела у Вільнюсі
Починаючи з 1627 року здоров'я Сапіги значно погіршилося, він страждав від невідомого психічного захворювання. Упродовж 1628—1629 років їздив «на води» до Богемії й Італії. 1630 року перебув при імператорському дворі Фердинанда II у Відні[17].
Очолював власні військові загони під час Смоленської кампанії 1633 року. Король терпимо ставився до присутності маршалка в своєму оточенні, хоча хвороба все більше давалася взнаки. Останній публічний виступ Яна Станіслава відбувся на початку 1635 року[7].
Помер 10 квітня 1635 року в Ляховичах. Був похований у крипті родової усипальниці Сапігів у костелі св. Михаїла Архангела у Вільнюсі, де раніше були поховані його обидві дружини та син Кароль. У храмі збереглася епітафія (надгробний пам'ятник) на його честь, зроблена на замовлення зведеного брата та спадкоємця Казімєжа Леона, знаходиться над входом до ризниці та крипти[22][23].
Маєтності та фундації
Портрет другої дружини Ґризельди з Водинських (1630-45)
Спадкоємцем всіх маєтностей став зведений брат Яна Станіслав, Казімєж Леон Сапіга[25].
8 серпня 1618 року Ян Станіслав підписав привілей на заснування біля Друї нового міста під назвою Сапєжин, а наступного року отримує для нього магдебурзьке право[26]. Він був фундатором мурованого костелу латеранських каноніків у Слонімі, взяв участь у заснуванні Слонімського костелу та кляштору францисканців, фундував уніатську церкву в Іказні[7]. У 1627—1628 роках ініціював ремонтно-будівельні роботи в Ляховицькому замку та модернізацію бастіонних міських укріплень і замку в Старому Бихові[27]
1631 року одружився вдруге з 17-річною Ґризельдою з Водинських[be] (1614—1633), прийомною донькою маршалка надвірного литовського Кшиштофа Вєсьоловського[21]. Проте дружина померла протягом трохи більше року від весілля, дітей не мали[7].
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 1—2.
↑Urzędnicy Dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku, Spisy, t. XI, Urzędnicy centralni i dostojnicy Wielkiego Księstwa Litewskiego XIV—XVIII wieku: Spisy, Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1994, s. 165.
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 2.
↑ абZłota księga szlachty polskiej, r. XVIII, Poznań 1896, s. 132.
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 2—3.
↑Urzędnicy Dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku, Spisy, t. XI, Urzędnicy centralni i dostojnicy Wielkiego Księstwa Litewskiego XIV—XVIII wieku: Spisy, Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1994, s. 77.
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 5.
↑Urzędnicy Dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku, Spisy, t. XI, Urzędnicy centralni i dostojnicy Wielkiego Księstwa Litewskiego XIV—XVIII wieku: Spisy, Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1994, s. 73.
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 7-8.
↑Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 8-9.
↑Porządek Na Seymie Walnym Elekcyey, miedzy Warszawą a Wolą, Przez opisane Artykuły, do samego tylko Aktu Elekcyey należące, vchwalony y postanowiony. Roku Pańskiego, M. DC. XXXII. Dnia 27. Września, s. 6.
↑Suffragia Woiewodztw y Ziem Koronnych, y W. X. Litewskiego, Zgodnie ná Naiásnieyssego Władisława Zygmunta … roku 1632 … Woiewodztwo Krákowskie., [b.n.s.]
↑Porządek Na Seymie Walnym Elekcyey, miedzy Warszawą a Wolą, Przez opisane Artykuły, do samego tylko Aktu Elekcyey należące, vchwalony y postanowiony. Roku Pańskiego, M. DC. XXXII. Dnia 27. Września, s. 17.
↑ абSapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891, s. 9.
↑Vasiliūnienė, Dalia. Bažnytinio paveldo muziejus. Muziejaus gidas. — Vilnius: Bažnytinio paveldo muziejus, 2010. — ISBN 978-609-95148-0-2. — С. 12.
Sapiehowie: materjały historyczno-genealogiczne i majątkowe. T. 2., Petersburg: nakł. rodziny, 1891.
Гісторыя Сапегаў: жыццяпісы, маёнткі, фундацыі — Мн.: Віктар Хурсік, 2017. — 586 с. — ISBN 978-985-7025-75-6.
Грыцкевіч А. Сапегі // Вялікае княства Літоўскае: Энцыклапедыя. У 3 т. / Рэдкал.: Г. П. Пашкоў (гал. рэд.) і інш.; маст. З. Э. Герасімовіч. — Мн.: Беларуская Энцыклапедыя, 2005. — Т. 2: Кадэцкі корпус — Яцкевіч. — ISBN 985-11-0378-0. — С. 548.
Энцыклапедыя гісторыі Беларусі. У 6 т.: Т. 6., Кн. 1: Пузыны — Усая / Рэдкал.: Г. П. Пашкоў (галоўны рэд.) і інш.; Маст. Э. Э. Жакевіч. — Мн. : БелЭн, 2001. — ISBN 985-11-0214-8. — С. 225.