2009-10 대회에는 53개 축구협회로부터 총 160개 팀이 참가하게 된다. 참가팀의 수는 UEFA의 리그 점수에 의하여 결정된다. 2008-09년 UEFA컵의 우승 팀이 만약 챔피언스리그에 진출하지 않는다면, 리그에서 유럽 클럽 대항전에 진출할 수 있는 순위가 아니더라도 조별 리그에 바로 참가한다.
배당 시스템은 전년도 우승 팀의 국내 순위에 따라 약간의 차이가 있다.
2009-10 시즌의 UEFA 유로파리그의 참가팀 수는 아래와 같다.
1~6위 협회 : 각 세 팀 참가
7~9위 협회 : 각 네 팀 참가
10~53위 협회 : 각 세 팀 참가 (예외 - 리히텐슈타인, 안도라, 산마리노는 각 한 팀 참가)
아래의 57개 팀이 2차 예선전에 참가할 팀이다. 또한 1차 예선전의 승리팀 23개 팀도 참가한다. 2차 예선전에 참가하는 팀은 UEFA 클럽 랭킹에 따라 시드팀과 비시드팀으로 나뉘고 1차 예선전에서 승리한 23개 팀과 2차 예선전에서 참가하는 클럽을 포함하여 80개 클럽이 참가한다. 1차전은 2009년 7월 16일 (두 경기는 7월 14일)에 경기가 열렸고, 2차전은 7월 23일에 경기가 열렸다.
3차 예선전의 대진은 스위스니옹에서 2009년 7월 17일에서 결정되었다. 2차 예선전에 참가하는 팀은 UEFA 클럽 랭킹에 따라 시드팀과 비시드팀으로 나뉘고 2차 예선전에서 승리한 40개 팀과 3차 예선전에 참가하는 클럽들을 포함하여 70개 클럽이 참가한다. 1차전은 2009년 7월 30일 (한 경기는 7월 28일)에 열렸고, 2차전은 8월 6일 (한 경기는 8월 4일)에 열렸다.
↑ 가나다라사라예보, 겐트, 갈라타사라이, APOP는 원래 첫 경기를 홈에서 하기로 하였으나, 일정이 바뀌게 되어 원정경기를 1차전으로 치렀다.
플레이오프전
플레이오프전에 참가하는 팀은 3차 예선전의 승리팀 35개 팀과 2009-10년 UEFA 챔피언스리그의 3차 예선전에서 패한 15팀을 비롯하여 76개 팀이다. 1차전은 2009년 8월 20일에 펼쳐졌고, 2차전은 2009년 8월 29일에 펼쳐졌다. 다만 샤흐타르 도네츠크와 시바스스포르와의 경기는 샤흐타르의 2009년 UEFA 슈퍼컵 참가로 인해 8월 25일에 열렸다.
↑이 경기에서 88분경 0–2 상황에서 디나모 부쿠레슈티의 팬 한명이 경기장에 난입하였다. UEFA 관리 및 규제부서에서는 이 경기를 디나모의 0 대 3 패배로 하기로 8월 25일에 결정하였다. 조별리그에 진출한 디나모는 처음의 두 번의 홈경기를 무관중 경기로 치렀다.“Dinamo Bucureşti handed default defeat”. UEFA. 2009년 8월 25일. 2009년 8월 25일에 확인함.
조별 리그전
조별 리그의 대진은 2009년 8월 28일, 모나코에 위치한 그리말디 포럼에서 결정되었다. 총 48개 팀이 4팀씩 12개 조로 나뉘어 조별리그를 치른다. 클럽들은 UEFA 점수에 따라 네 개의 포트로 나뉘어 배분되었는데 같은 국가 소속 클럽은 같은 조에 편성되지 않았다. 각 팀은 두 번씩 경기를 펼쳐 상위 두 팀만이 32강전에 진출한다.
이번 조별 리그 동안 대기심을 포함하여 6명의 심판이 경기에 배정되었다. 기존의 3명의 심판과 대기심 외에 각 페널티박스 뒤쪽에 각각 1명씩의 심판을 더 두었다.[5]
2009년 10월 29일, UEFA 관리 및 통제 부서는 디나모 자그레브에게 유로파리그에서의 다음 두 번의 홈경기를 무관중으로 하기로 결정하였다. 이는 티미쇼아라와의 경기중에 디나모 자그레브의 팬이 난입한 것 때문이었다. 또한 디나모 자그레브는 승점 3점이 차감되었다. 클럽 측에서는 항의를 했지만, 항의는 기각되었고 아약스와의 홈경기는 무관중으로 치러졌다. 항의가 처리된 후, UEFA는 승점 3점 차감 대신에 75,000 유로의 벌금을 매겼으며 3년간 유럽 클럽 대항전에 참가 금지시켰다. 이에 따라 디나모 자그레브는 유로파리그에 올라갈 수 있는 순위를 기록하더라도 그 다음 순위를 기록한 팀에게 출전권을 넘겨줘야 한다.[6][7]