2009-10년 UEFA 유로파리그의 우승 팀인 아틀레티코 마드리드는 2010-11년 UEFA 챔피언스리그에 진출하지 못하였기 때문에, 이번 시즌의 조별리그 참가가 확정되었다. 하지만 아틀레티코 마드리드는 코파 델 레이 우승 팀인 세비야가 챔피언스리그에 진출했기 때문에 준우승 팀 자격으로 3차 예선전에 참가할 예정이었기 때문에, 아틀레티코 마드리드의 자리였던 3차 예선전의 1자리가 남게 되어 아래와 같은 변화가 생겼다.
28위 협회 (핀란드)의 컵 대회 우승 팀이 2차 예선전 참가에서 3차 예선전 참가로 변경되었다.
52위 협회 (몰타)와 53위 협회 (산마리노)의 컵 대회 우승 팀들이 1차 예선전 참가에서 2차 예선전 참가로 변경되었다.
한 팀이 챔피언스리그와 유로파리그에 동시에 진출자격이 있을 때, 유로파리그의 자리는 공석으로 둔다. 공석이 되었을 때, 공석은 아래의 규칙에 따라 각국 협회에 재분배된다.
컵 대회 우승 팀 (각 국의 협회의 유로파리그 최상위 진출팀)이 챔피언스리그에도 진출하였을 경우, 그 자리는 공석으로 두고 남아있는 그 다음 순위의 유로파리그진출팀들이 한 계단씩 상승한다. 또는 컵 대회 준우승 팀이 챔피언스리그에 진출하지 않았을 경우 준우승 팀이 진출하게 되고, 아닐 경우 유로파리그에 진출하지 못한 팀 가운데 리그 순위가 가장 높은 팀이 참가한다.
컵 대회 우승 팀이 컵 대회 우승과 리그 순위로 동시에 유로파리그에 진출해 있다면, 리그 순위로 인한 유로파리그 자리는 공석으로 둔다. 그리고 컵 대회 우승 팀 아래의 클럽들이 한 계단씩 상승하여 유로파리그에 진출하게 된다.
리그컵 우승 팀의 자리가 공석일 경우 유로파리그에 진출하지 못한 팀 가운데 리그 최상위 팀이 진출한다.
페어 플레이 랭킹의 자리는 챔피언스리그와 유로파리그에 진출하지 못한 팀 가운데 리그 최상위 팀이 진출한다.
리투아니아: 2009 시즌의 A 리가 준우승 팀이자 리투아니아 컵의 준우승 팀(우승 팀인 에크라나스는 챔피언스리그에 진출함)인 베트라는 2010-11시즌의 UEFA 라이선스를 거부당했기 때문에 출전하지 못하였다.[5] 따라서, 유로파리그 출전권은 리그 순위에 따라 정해졌고, 4위 팀인 샤울랴이가 1차 예선전에서 2차 예선전으로 올라갔고, 5위 팀인 타우라스 타우라제가 1차 예선전에 참가하게 되었다.
스페인: 2009-10 시즌의 프리메라리가의 5위 팀인 마요르카는 채권자의 경쟁으로 인한 상황으로 UEFA 대회에 참가하기 위한 승인 요건에 충족하지 못해 UEFA 유로파리그에 출전할 수 없었다.[6][7] 따라서, 7위 팀인 비야레알이 유로파리그 플레이오프전에 참가하게 되었다.
잉글랜드: 2009-10 FA컵의 우승 팀인 첼시가 챔피언스리그에 진출했기 때문에, 준우승 팀인 포츠머스가 유로파리그에 나가게 되었으나 UEFA 라이선스를 얻지 못했기 때문에 유럽클럽대항전에 진출하지 못했다. 포츠머스는 UEFA, 프리미어리그, 잉글랜드 축구 협회에 탄원을 넣었으나 실패하였다.[9] 따라서 프리미어리그 2009-10의 7위 팀인 리버풀이 3차 예선전 출전 자격을 얻었다.
2010년 8월 27일 모나코에서 48개 클럽의 조별 리그 조 구성과 대진이 정해졌다.[15] 각 조는 라운드 로빈 방식으로 홈과 원정에서 각각 한번씩 경기를 한다. 경기일은 9월 16일, 30일, 10월 21일, 11월 4일, 12월 1-2일, 12월 15-16일이다. 각 조 1위 팀과 2위 팀이 32강전에 올라가 챔피언스리그 조별 리그의 각 조 3위 팀과 함께 토너먼트전을 벌인다.