Kereta api yang pertama kali beroperasi ini pernah melayani lintas Solo Jebres–Jakarta Tanah Abang melalui Pasar Senen sebelum PT KAI mengubah stasiun tujuan akhir menuju Jakarta Tanjung Priok pada 1 Januari 2013 dan diperpendek rute nya hingga Solo Purwosari dari Solo Jebres pada 1 Februari 2014 dan diperpendek rute nya hingga Pasar Senen pada 1 November 2014.[butuh rujukan][2]
Dengan berlakunya grafik perjalanan kereta api (gapeka) terjadi perubahan pola operasi kereta api Bengawan per 1 Desember 2019, karena rangkaian kereta api ini saling bertukar pakai dengan rangkaian kereta api Matarmaja.
Kereta api Bengawan menambah pemberhentian di Stasiun Cikarang Mulai 1 Maret 2022. Kereta api Bengawan menambah pemberhentian di Stasiun Pegaden Baru Mulai 1 Juni 2023[3] Kereta api Bengawan menambah pemberhentian di Stasiun Kebasen Mulai 18 Desember 2024.[4]
Stasiun pemberhentian
Peta rute geografis kereta api Bengawan berdasarkan Gapeka 2025
Catatan: Berdasarkan Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka) 2025 dan dapat berubah sewaktu-waktu.
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh