В Московском метрополитене находится станция «Мякинино», не принадлежащая ГУП «Московский метрополитен», поскольку построена с участием частных капиталовложений компании «Crocus Group» Араса Агаларова. Вместе с этим станция является первой в Московском метрополитене, находящейся в области[11].
По состоянию на 2017 год ГУП «Московский метрополитен» состоял из следующих подразделений и служб:
Руководство метрополитена
Служба пути
Проектно-конструкторское бюро
Ревизорский аппарат
Учебно-производственный центр
Служба пассажирских обустройств ДИ
Служба безопасности
Служба подвижного состава
Служба движения
Служба сигнализации, централизации и блокировки
Служба сбора доходов
Служба электроснабжения
Служба связи
Эскалаторная служба
Служба тоннельных сооружений
Электромеханическая служба
Служба энергоресурсов и развития энергосети
Ситуационный центр
Единый диспетчерский центр (ЕДЦ) Московского метрополитена
1 мая 2005 года начал свою работу Ситуационный центр Московского метро[13]. В 2016 году Московский метрополитен начал реализацию проекта по созданию интеллектуальной системы видеонаблюдения и Центра обеспечения транспортной безопасности[14].
В октябре 2019 года года начал работу Единый диспетчерский центр, расположенный в здании бывшего кинотеатра «Ереван» на Дмитровском шоссе возле станции «Селигерская» Люблинско-Дмитровской линии. Новый центр в режиме реального времени ведёт обработку всех сигналов о чрезвычайных ситуациях, происходящих на территории метрополитена. Операторы центра принимают вызовы, поступающие с колонн экстренного вызова, установленных на большинстве станций, а также просматривают сигналы с камер видеонаблюдения[14][15]. За каждую линию метро отвечает так называемый диспетчерский круг. Сотрудники могут мгновенно обмениваться информацией и принимать решения. При этом цифровые технологии позволяют специалистам ЕДЦ наблюдать за работой всего метро в целом. Они видят, где находится конкретный поезд и сколько людей на станции, как функционируют светофоры и эскалаторы.
1 января 2021 года был снят запрет на управление электропоездов женщинами[23], и с 3 января 2021 года в московском метро они, впервые спустя 40 лет[24] установления его в СССР[25], возобновили работу. Снятие запрета с января 2021 года по август 2023 года касалось только Филёвской линии, поскольку на ней эксплуатируются одни из самых на тот момент современных моделей поездов — «Москва» «первой модификации» (81-765.2/766.2/767.2) — в августе 2023 года запрет на управление электропоездов женщинами был снят для Некрасовской линии[26]. Пересмотр законов также связан с оснащением линий современным оборудованием[27][28]; незаконность запрета на управление электропоездом женщинами, дискриминирующего женщин в России, признана ООН[29].
Заведующий кафедрой Московского государственного университета путей сообщения Леонид Баранов, входивший в комиссию по расследованию крупнейшей катастрофы в Московском метрополитене за всю его историю[37][38][39] и историю метрополитенов России[40] (но не участвовавшего в экспертизе[41]), не согласен с официальной версией о её причинах[42], по которой поезд сошёл с рельсов из-за неправильного закреплениястрелочного перевода — трёхмиллиметровой проволокой[43][44], придерживаясь того, что имела место техническая неисправность — от подвагонного оборудования отвалился редуктор[45] (или иной металлический предмет[42]) и, столкнувшись со стрелочным переводом, заблокировал тележку[45][46], с чем также согласен представитель профсоюза, поставивший под сомнение способ закрепления стрелки трёхмиллиметровой проволокой[47]. В пользу этой версии, помимо прочего, говорят сколы от металлического предмета на шпалах, найденных в ста метрах от места катастрофы. Также, не соглашаясь с официальной версией, эксперты опровергают сам факт подвижности механизма стрелочного перевода извне, взаимодействие его с колёсами поезда и указывают на то, что из соображений безопасности в принципе невозможно закрепить стрелку проволокой[46]. Однако версию с технической неисправностью отвергает машинист и заместитель председателя Независимого профсоюза работников Московского метрополитена Валерий Собачкин[45]. Также, по данным РБК, ГУП «Московский метрополитен» завышал стоимость подвижного состава при попытке возместить ущерб от схода поезда с рельсов[48].
В мае 2021 года СМИ сообщили о том, что ГУП «Московский метрополитен» увольняет сотрудников из-за того, что они зарегистрировались на сайте в поддержку Навального. На 15 мая было уволено не менее 40 человек. Работникам предлагают уволиться по соглашению сторон, а в случае отказа увольняют по статье за прогул. Депутат Мосгордумы от «Справедливой России» Михаил Тимонов назвал массовое увольнение антиконституционным деянием, которое «входит в противоречие в том числе с уголовным кодексом РФ, не допускающим дискриминацию». Независимый профсоюз ГУП «Московский метрополитен» сообщил, что намерен помогать уволенным сотрудникам[49]. Итогом стало восстановление 37 сотрудников с компенсациями простоя и морального вреда[50][51].
24 октября 2024 года стало известно о задержании заместителя начальника метрополитена Дмитрия Дощатова, подозреваемого в присвоении средств для покупки автомобиля Toyota RAV4, взяв два млрд рублей из трёх при строительстве, что сказалось на качестве новых станций[53].
В Московском метрополитене существует проблема нехватки машинистов (по словам председателя профсоюза работников Николая Гостева, 800 человек; из-за переработок взяли больничный 37 машинистов[54][55]), что сказывается на движении поездов по линиям — некоторые из поездов для снижения их парности начали отменять. Руководство метрополитена это опровергает[52]. Кроме того, по сообщениям профсоюза, наблюдается нехватка путевых обходчиков, а напряжённый график без выходных привёл к гибели 28-летнего начальника путевой части. Всё это руководством также опровергается[55].
В Московском метрополитене эксплуатируется электропоезд «Русич», не предназначенный для линий «классического» метрополитена[56][57][58][59][60] — Арбатско-Покровской[61] и, впоследствии, Сокольнической[62], поскольку не рассчитан на их пассажиропоток ввиду количества дверей на состав и их расположение по сравнению с вагонами «стандартных» габаритов[61], что, как считают специалисты по транспорту, отрицательно сказывается на пассажиропотоке[63][64].
В середине апреля 2025 года стало известно, что ГУП «Московский метрополитен» подозревается в коррупционных схемах: так, структуры, связанные с предприятием, требуют с девелоперов заключать договоры на неоправданно высокие суммы для получения ими разрешения на строительство вблизи линий и станций метро, а также затягивание сроков ввода их в эксплуатацию; противоречия технической документации при согласовании с метрополитеном или её подлог с другими, «неугодными» компаниями, может отразиться на безопасности эксплуатации транспортной системы[73]: так, в частности, публиковались данные о проблемах в тоннеле на перегоне между станциями «Тушинская» и «Октябрьское Поле», из-за чего было приостановлено строительство ЖК «Cityzen»[74], но Департамент транспорта опроверг информацию о вызванном ими закрытии движения между «Октябрьским Полем» и «Планерной»[75].
.svg){kind=logo}
