Агентства створюються відповідно до актів вторинного законодавства (див. Право Європейського Союзу) для виконання специфічних технічних, наукових або адміністративних завдань. Перші агентства виникли у 1970-х роках, але більшість із них почали роботу в 1994 або 1995 роках після того, як Європейська Рада в Брюсселі (жовтень 1993 року) нарешті вирішила (внаслідок тривалих суперечок), в яких країнах розмістять штаб-квартири семи з них.
Нині сімнадцять організацій відповідають визначенню агентств Європейського Союзу, хоча називають їх по-різному: центр, бюро, фундація тощо. Залежно від повноважень і партнерів або клієнтів усі агентства за видом діяльності можна поділити на чотири групи:
Агентства, що сприяють функціонуванню внутрішнього ринку
Бюро гармонізації внутрішнього ринку — Office for Harmonisation in the Internal Market, OHIM (Аліканте, Іспанія);
Бюро Спільноти з прав на різновиди рослин — Community Plant Variety Office, CPVO (Анже, Франція);
Європейський моніторинговий центр з наркотиків та наркотичної залежності — European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction, EMCDDA (Лісабон, Португалія);
Європейський моніторинговий центр з расизму та ксенофобії — European Monitoring Centre on Racism and Xenophobia, EUMC (Відень, Австрія).
Союзне агентство по контролю рибальства — Community Fisheries Control Agency (CFCA) (Брюссель, Бельгія)
Союзне управління охорони рідкісних рослин — Community Plant Variety Office (CPVO) (Анже, Франція)
Європейське хімічне агентство — European Chemicals Agency (ECHA) (Хельсінкі, Фінляндія)
Агентство Європейського Союзу з фундаментальних прав людини — European Union Fundamental Rights Agency (FRA) (Відень, Австрія)
Орган спостереження за Європейською супутниковою системою глобального позиціювання — The European GNSS Supervisory Authority (GSA) (Брюссель, Бельгія)
Агентства, що підтримують соціальний діалог на європейському рівні
Європейський центр розвитку професійної освіти — European Centre for the Development of Vocational Training, Cedefop (Салоніки, Греція);
Європейська фундація з поліпшення умов життя та праці — European Foundation for the Improvement of Living and Working Conditions, EUROFOUND (Дублін, Ірландія);
Європейське агентство з безпеки й охорони здоров'я на роботі — European Agency for Safety and Health at Work, EU-OSHA (Більбао, Іспанія)